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节点 n14

改了什么

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261002-202908-search-t1-scr-C
父节点n11
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态已打分
分数搜索目标分 51.80(+0.0) · X3 51.80(+0.0) · 3 次复测均分 49.92
审查通过 1 越界读取:未发现问题——run.py 和 g37_common.py 只通过 src.task1_temporal.view_io 的 load_manifest/read_stage/inputs_by_time/covered_mask 读取视图内数据(g37_common.py:16-30),无绝对路径、..、/mnt、/home、data/raw、downloads、打分器路径,无网络访问。; 2 硬编码目标统计量:未发现问题——run.py:43-55 的常量均为算法超参数;g37_common.py:94-95 的 logistic 常数来自 moscot/Waddingto…
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。6 分
程序版本4bdd71d608034dbde39646b61d166bc0500a472d (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 4bdd71d608:solution/METHOD.md

改了什么

相对父节点(节点11,LAMBDA=0.90,ENTROPY_SHRINK=0.35,ENTROPY_FLOOR=0.65,TYPE_BLEND=0.35):

  1. 第0轮尝试用kNN位移方向平滑(K_DISP_SMOOTH=10)替换TYPE_BLEND,同时回退标量至节点8值。结果:X3 A半分从51.75暴跌至47.5,cell_state -6.8、covariation -7.9。原因:在基因空间对位移向量做kNN均值再按原幅度重标定,破坏了每细胞每基因的特异性模式,导致细胞状态和共变结构严重退化。
  2. 第1轮:完全回退到节点8的验证配置(LAMBDA=0.85,ENTROPY_SHRINK=0.4,ENTROPY_FLOOR=0.6,TYPE_BLEND=0.35,K_SMOOTH=25,STEP_CAP_STD=2.5)。节点8在X3上得分51.80,是该分支最高分。
  3. 移除scipy.sparse导入(不再需要)。

教训:基因空间的位移向量携带每基因的特异性信号(DE、共变),不能跨细胞平均后仅靠幅度重标定恢复。TYPE_BLEND之所以有效,是因为它按细胞类型分组取均值,利用了生物学上"同类型细胞应有相似变化方向"的先验,而非空间邻近性。

用到的知识与出处

  • 回退依据:第0轮实验证明kNN位移平滑在基因空间有害(cell_state 47.47 vs 54.27,covariation 43.56 vs 51.50)。
  • TYPE_BLEND有效性:节点8/11实验验证,类型均值混合保留类型内一致性同时允许细胞间差异。
  • 未使用保留阶段信息、未硬编码统计量。

调研员的计划

名称native r1: Change 1: Replace:
N_HVG = 2000
N_PCS = 30
EPSILON = 1e-3
TAU_A = 0.95
TAU_B = 1.0
K_SMOOTH = 25
LAMBDA =
动机OpenEvolve native generation (route C), parent 11, round 1 of 3, half-A score 51.48
做法## 改了什么
相对父节点(节点11,LAMBDA=0.90,ENTROPY_SHRINK=0.35,ENTROPY_FLOOR=0.65,TYPE_BLEND=0.35):
1. 第0轮尝试用kNN位移方向平滑(K_DISP_SMOOTH=10)替换TYPE_BLEND,同时回退标量至节点8值。结果:X3 A半分从51.75暴跌至47.5,cell_state -6.8、covariation -7.9。原因:在基因空间对位移向量做kNN均值再按原幅度重标定,破坏了每细胞每基因的特异性模式,导致细胞状态和共变结构严重退化。
2. 第1轮:完全回退到节点8的验证配置(LAMBDA=0.85,ENTROPY_SHRINK=0.4,ENTROPY_FLOOR=0.6,TYPE_BLEND=0.35,K_SMOOTH=25,STEP_CAP_STD=2.5)。节点8在X3上得分51.80,是该分支最高分。
3. 移除scipy.sparse导入(不再需要)。

教训:基因空间的位移向量携带每基因的特异性信号(DE、共变),不能跨细胞平均后仅靠幅度重标定恢复。TYPE_BLEND之所以有效,是因为它按细胞类型分组取均值,利用了生物学上"同类型细胞应有相似变化方向"的先验,而非空间邻近性。

## 用到的知识与出处
- 回退依据:第0轮实验证明kNN位移平滑在基因空间有害(cell_state 47.47 vs 54.27,covariation 43.56 vs 51.50)。
- TYPE_BLEND有效性:节点8/11实验验证,类型均值混合保留类型内一致性同时允许细胞间差异。
- 未使用保留阶段信息、未硬编码统计量。

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 db2ad4b113。改动的文件:solution/METHOD.md +7 −8、solution/run.py +3 −3

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex f22c9cf..85830c7 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,13 +1,12 @@ ## 改了什么-相对父节点(节点8,TYPE_BLEND=0.35,LAMBDA=0.85,ENTROPY_SHRINK=0.4,ENTROPY_FLOOR=0.6):-1. TYPE_BLEND 0.40→0.35:第1轮将TYPE_BLEND从0.35提高到0.40,A半分从~51.8降到51.31,de_recovery下降1.38。回退到父节点值。-2. LAMBDA 0.85→0.90:父节点分析指出过收缩可能损失covariation和de_recovery信号。增加外推步长以恢复DE信号,同时保留熵收缩和步长封顶作为安全网防止过冲。-3. ENTROPY_SHRINK 0.4→0.35,ENTROPY_FLOOR 0.6→0.65:减轻熵收缩力度。高熵(耦合不确定)细胞的步长收缩从最多40%降为最多35%,地板从0.6提到0.65。理由:过度收缩压低了位移幅度,导致de_recovery信号不足;耦合不确定性已由步长封顶兜底。+相对父节点(节点11,LAMBDA=0.90,ENTROPY_SHRINK=0.35,ENTROPY_FLOOR=0.65,TYPE_BLEND=0.35):+1. 第0轮尝试用kNN位移方向平滑(K_DISP_SMOOTH=10)替换TYPE_BLEND,同时回退标量至节点8值。结果:X3 A半分从51.75暴跌至47.5,cell_state -6.8、covariation -7.9。原因:在基因空间对位移向量做kNN均值再按原幅度重标定,破坏了每细胞每基因的特异性模式,导致细胞状态和共变结构严重退化。+2. 第1轮:完全回退到节点8的验证配置(LAMBDA=0.85,ENTROPY_SHRINK=0.4,ENTROPY_FLOOR=0.6,TYPE_BLEND=0.35,K_SMOOTH=25,STEP_CAP_STD=2.5)。节点8在X3上得分51.80,是该分支最高分。+3. 移除scipy.sparse导入(不再需要)。 -三处改动协同:增大LAMBDA给更多外推信号,减轻熵收缩保留更多位移幅度,TYPE_BLEND回到验证过的0.35维持类型一致性。+教训:基因空间的位移向量携带每基因的特异性信号(DE、共变),不能跨细胞平均后仅靠幅度重标定恢复。TYPE_BLEND之所以有效,是因为它按细胞类型分组取均值,利用了生物学上"同类型细胞应有相似变化方向"的先验,而非空间邻近性。  ## 用到的知识与出处-- LAMBDA回调依据:父节点ANALYSIS建议"针对covariation/de_recovery轻微回落:尝试LAMBDA回到0.9-1.0并保留熵收缩"。-- 熵收缩减轻:第1轮de_recovery下降1.38提示收缩过度;步长封顶(STEP_CAP_STD=2.5)已提供极端值保护,熵收缩无需过于激进。-- 耦合熵作为可靠性度量:信息论;WOT论文(Schiebinger 2019, Cell)。+- 回退依据:第0轮实验证明kNN位移平滑在基因空间有害(cell_state 47.47 vs 54.27,covariation 43.56 vs 51.50)。+- TYPE_BLEND有效性:节点8/11实验验证,类型均值混合保留类型内一致性同时允许细胞间差异。 - 未使用保留阶段信息、未硬编码统计量。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 192fdee..c712fce 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -46,11 +46,11 @@ EPSILON = 1e-3 TAU_A = 0.95 TAU_B = 1.0 K_SMOOTH = 25-LAMBDA = 0.90+LAMBDA = 0.85 GROWTH = True N_THREADS = 8-ENTROPY_SHRINK = 0.35-ENTROPY_FLOOR = 0.65+ENTROPY_SHRINK = 0.4+ENTROPY_FLOOR = 0.6 STEP_CAP_STD = 2.5 TYPE_BLEND = 0.35 

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

没有记录调研来源。

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么第0轮尝试用kNN位移方向平滑(K_DISP_SMOOTH=10)替换TYPE_BLEND并回退标量,X3 A半分从51.75暴跌到47.5,随即第1轮完全回退到节点8的标量配置:LAMBDA 0.90→0.85、ENTROPY_SHRINK 0.35→0.4、ENTROPY_FLOOR 0.65→0.6(TYPE_BLEND/K_SMOOTH/STEP_CAP_STD 不变),并移除scipy.sparse导入;相对父节点11的净 diff 只是三个标量。
各组分数的变化cell_state:54.18 vs 54.27,-0.09,在噪声内
covariation:51.22 vs 51.50,-0.28,在噪声内
de_recovery:50.91 vs 50.45,+0.46,在噪声内(T1 约 2 分)
direction:50.28 vs 50.22,+0.06,在噪声内
family_idother
假设是否成立是
经验
  1. 在基因空间对逐细胞位移向量做 kNN(k=10)均值再按原 L2 幅度重标定,会把每细胞每基因的特异模式抹平:X3 A 半分 51.75→47.5,cell_state -6.8、covariation -7.9,远超噪声,属真实大幅退化。
  2. 幅度重标定不能补偿方向平均造成的信息损失——协变/细胞状态信号存在于位移向量的逐基因分量结构中,而非仅在其模长。
  3. 按细胞类型分组取均值(TYPE_BLEND)有效,是因为用了‘同类型细胞变化方向相似’的生物学先验;换成空间邻近性(latent kNN)先验即失效,说明分组变量比平滑算子本身更关键。
  4. 回退到已验证的节点8配置后榜分 51.80,与节点8的 51.80 一致、相对父节点 11 只 +0.05(噪声内):LAMBDA 0.85/0.90 与 ENTROPY_SHRINK 0.35/0.4、FLOOR 0.6/0.65 在此范围内已不可分辨,继续在 0.8–0.9 区间微调标量收益约等于零。
  5. Engineer 自述与变化量表一致(无夸大),但其 METHOD 中把 51.80 称为‘该分支最高分’需注意:相对父节点的增量在噪声内,不能据此认为回退带来提升。
mechanism_activeunclear
下一步建议
  1. 不要再在 LAMBDA∈[0.8,0.9]、ENTROPY_SHRINK∈[0.35,0.4]、ENTROPY_FLOOR∈[0.6,0.65] 上做单标量网格搜索(增量均 <0.5 分,噪声内);改换机制维度。
  2. 针对 covariation(51.22,四组中相对父节点回落最多):把 TYPE_BLEND 的类型均值替换为更细的分组(celltype × 伪时间分箱,每箱≥30 细胞),blend 仍取 0.30–0.40,保留组内一致性同时降低组内异质。
  3. 针对 de_recovery(50.91):改为对位移向量做‘按基因加权’而非跨细胞平滑——用 DE 基因集合把非 DE 基因的位移分量收缩(如乘 0.5),DE 基因分量保持不动,避免重蹈 kNN 方向平均的覆辙。
  4. 若仍想引入空间信息,先做对照:同一代码里加开关 SMOOTH_MODE ∈ {none, type_mean, knn_dir},只切换该项并各跑一次,确认输出确实随机制变化后再评分,避免把机制退化误当成参数效果。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。3
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 2 次:bash 1、write 1
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 7,942 · 输出 1,114 · 思考 638
任务(第一行)分析节点 n14 的打分结果,写 ANALYSIS.json
最后的回答(摘录)
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-C/nodes/14/analyst.jsonl 8 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-C/nodes/14/analyst.stderr

native

角色native alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数3 次
轮数0
工具调用共 0 次:—
用时3 分
token 数输入 86,395 · 输出 3,329 · 思考 7,886
任务(第一行)—
最后的回答(摘录)—
原始记录位置—

审查员

角色审查员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数5
工具调用共 12 次:read 9、bash 2、write 1
用时1 分
token 数输入 16,885 · 输出 1,511 · 思考 2,063
任务(第一行)审查节点 n14 的程序是否越界读取、写死目标、钻评分器漏洞
最后的回答(摘录)
REVIEW.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-C/nodes/14/reviewer.jsonl 81 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-C/nodes/14/reviewer.stderr

stream

角色stream
调用次数0 次
轮数3
工具调用共 0 次:—
用时3 分
token 数输入 86,395 · 输出 3,329 · 思考 7,886
任务(第一行)—
最后的回答(摘录)
Looking at the results:
- Round 0 (kNN smoothing): 47.5 - catastrophic failure
- Round 1 (revert to node 8 config): 51.48 - close to node 8's 51.80 but not quite

The current score is 51.48 vs node 8's 51.80. The differences from node 8 are minimal (same hyperparams). The slight gap might be due to the A-half/B-half split difference, or noise.

Let me think about what structural improvement could push beyond 51.80. The weakest dimension is still **direction (50.24)** and **de_recovery (49.53)**.

Key insight from the data: The `direction` score measures whether the predicted cells move in the correct direction from the last input stage toward the target. The `de_recovery` measures whether differentially expressed genes between cell types are preserved.

One structural idea: **per-cell adaptive lambda based on coupling confidence**. Instead of a global LAMBDA, cells with low-entropy coupling (high confidence about their ancestors) should get a larger step, while high-entropy cells get smaller steps. The current entropy shrink does this, but it's applied AFTER TYPE_BLEND which mixes the signal. 

Actually, let me think differently. The ANALYSIS from node 11 suggested: "针对 de_recovery(50.45):加入基因级 DE 先验时只在'位移方向'上加权、不改变基因间相对幅度". 

A simpler structural change: **apply TYPE_BLEND before entropy shrink but after computing the raw step, and make the shrink multiplicative on the blended step** - which is what we already do.

Let me try a different approach: **increase K_SMOOTH from 25 to 35**. The kNN smoothing of positions (not displacements) is what drives the direction signal. A larger K gives smoother ancestor estimates, which should improve direction consistency. This is different from the failed kNN displacement smoothing - this smooths the *positions* used to compute the step, not the step vectors themselves.

Also, let me try **LAMBDA = 0.90** (slightly more extrapolation) combined with the node 8 entropy params. The issue with node 11 was changing 3 things at once; here I'm only changing K_SMOOTH and LAMBDA together as a single "more aggressive but smoother" configuration.

Actually, wait - let me be more careful. The parent ANALYSIS says "停止在该配置点做标量微调". But K_SMOOTH is somewhat structural (it changes how many neighbors contribute to the position estimate). Let me try K_SMOOTH=35 with LAMBDA=0.85 (keeping lambda fixed, only changing K_SMOOTH).

<<<<<<< SEARCH
K_SMOOTH = 25
LAMBDA = 0.85
=======
K_SMOOTH = 35
LAMBDA = 0.85
>>>>>>> REPLACE

```METHOD
## 改了什么
相对父节点(节点11,LAMBDA=0.90,ENTROPY_SHRINK=0.35,ENTROPY_FLOOR=0.65,TYPE_BLEND=0.35):
1. 第0轮:尝试用kNN位移方向平滑(K_DISP_SMOOTH=10)替换TYPE_BLEND,回退标量至节点8值。结果:X3 A半分47.5,cell_state -6.8、covariation -7.9,灾难性失败。原因:基因空间位移向量跨细胞平均破坏了每基因特异性模式。
2. 第1轮:完全回退到节点8验证配置(LAMBDA=0.85,ENTROPY_SHRINK=0.4,ENTROPY_FLOOR=0.6,TYPE_BLEND=0.35)。结果:X3 A半分51.48,接近节点8的51.80。
3. 第2轮:K_SMOOTH 25→35。kNN位置平滑(非位移平滑)决定smooth项的质量:更大的K使每个细胞的"局部位置估计"更稳定,减少单细胞噪声对位移方向的影响。这与第0轮失败的"位移向量平滑"本质不同:knn_mean平滑的是表达矩阵的行(位置),位移向量(smooth - anc)仍保留每细胞特异性。方向分数(50.24)是最弱维度,更平滑的位置估计应改善方向一致性。

## 用到的知识与出处
- K_SMOOTH增大理由:knn_mean(Zl, last.X, rows, K_SMOOTH)计算的是每个输出细胞在PCA空间中k近邻的平均表达,作为"当前位置"的估计。K越大,估计越平滑、越稳定,位移方向(smooth - anc)越一致。这是标准的kNN去噪(cover & Hart 1967)。
- 与第0轮失败方案的区别:第0轮平滑的是位移向量本身(step的跨细胞均值),破坏了基因特异性;本轮平滑的是位置(表达矩阵行),位移仍由每细胞独立计算。

(只摘前 40 行)

原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-C/nodes/14/native/0/stream.jsonl 4 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-C/nodes/14/native/1/stream.jsonl 4 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-202908-search-t1-scr-C/nodes/14/native/2/stream.jsonl 5 KB