Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 20:28(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n5

copy_last, expression x0.98 (fake Engineer, node 5)

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261002-194506-search-t2-g24-fake
父节点n1
子节点n6、n8
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态已打分
分数搜索目标分 49.96(+1.3) · proxy 49.96(+1.3) · 3 次复测均分 49.79
审查通过 fake review of node 5
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。不到 1 分
程序版本f2001690107174f83e9d28038401c474250a92e8 (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git f200169010:solution/METHOD.md

copy_last, expression x0.98 (fake Engineer, node 5)

Test run only.

调研员的计划

名称fake-plan-5
动机test node 5; idea improve
做法perturb the heart / edge weights of the parent's reweighting
风险none (fake)

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 01e29415f7。改动的文件:solution/METHOD.md +3 −0、solution/README.md +0 −4、solution/run.py +7 −13

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdnew file mode 100644index 0000000..7be0495--- /dev/null+++ b/solution/METHOD.md@@ -0,0 +1,3 @@+copy_last, expression x0.98 (fake Engineer, node 5)++Test run only.diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mddeleted file mode 100644index 49dbaae..0000000--- a/solution/README.md+++ /dev/null@@ -1,4 +0,0 @@-# copy_last(T2:heart:val_interp)--输出目标之前最近的输入阶段(proxy 与 final 都是 E8.25_late),表达和坐标原样。E8.25_late 有 58,716 个细胞,超过榜上限 17,616,按细胞类型分层无放回抽到上限。-proxy 预期 ≈ 48.6(seed 0 实测 48.64;表达 44.1 / 状态 51.4 / 形状 49.4 / 邻域 49.6)。低于地板 50 的原因:地板是整份参考阶段本身,de_score 恰为 0;抽样后的子集相对参考阶段有抽样噪声造成的假差异(`_de_raw` 0.196),de_score 变负。合规上限迫使抽样,所以这是合法 copy_last 的实际地板。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 0595dc9..6eb34c2 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,11 +1,5 @@ #!/usr/bin/env python3-"""copy_last (T2): the latest input at or before the target, with its own coordinates.--Interpolation boards take the lower bracket stage, extrapolation boards the-last input; this is the floor's reference stage on the proxy. Cells are drawn-stratified by cell type only when the stage exceeds the board's max_cells.-Expression and coordinates are unchanged.-"""+"""fake-5: copy_last with expression scaled x0.98 (fake Engineer, T2 test run)."""  from __future__ import annotations @@ -16,6 +10,8 @@ import numpy as np from src.task2_spatial.sample import take from src.task2_spatial.view_io import anchor_entry, load_manifest, panel_genes, read_stage, write_t2 +SCALE = 0.98+  def main() -> None:     parser = argparse.ArgumentParser()@@ -23,17 +19,15 @@ def main() -> None:     parser.add_argument("--out", required=True)     parser.add_argument("--seed", type=int, default=0)     args = parser.parse_args()-     manifest = load_manifest(args.data)     genes = panel_genes(args.data, manifest)     stage = read_stage(args.data, anchor_entry(manifest), genes)+    pass     n = int(np.clip(stage.n, manifest["min_cells"], manifest["max_cells"]))     rng = np.random.default_rng(args.seed)-    if n <= stage.n:-        rows = np.sort(take(stage.labels, n, rng))-    else:  # fewer cells than min_cells: resample with replacement-        rows = np.sort(rng.choice(stage.n, size=n, replace=True))-    write_t2(args.out, stage.X[rows].toarray(), stage.coords[rows], genes, seed=args.seed)+    rows = np.sort(take(stage.labels, n, rng)) if n <= stage.n else np.sort(rng.choice(stage.n, size=n, replace=True))+    X = stage.X[rows].toarray() * SCALE+    write_t2(args.out, X, stage.coords[rows], genes, seed=args.seed)   if __name__ == "__main__":

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k016Degenerate-solution checks for population predictionsnotes/handover/02_知识学习路线.md
k007Interval staging and held-out-window filtering of external datanotes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md
k023Time-split validation with a held-out intermediate or next time pointnotes/handover/02_知识学习路线.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么heart / edge weights
各组分数的变化cell_state:0.43
expression_change:3.86
local_spatial:0.6
shape_scale:0.26
family_idother
假设是否成立是
经验
  1. node 5: d_score 1.283
mechanism_active是
下一步建议
  1. try another weight

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 fake
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。1
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 21 · 输出 5 · 思考 0
任务(第一行)分析节点 n5 的打分结果,写 ANALYSIS.json
最后的回答(摘录)
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/5/analyst.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/5/analyst.stderr

工程师

角色工程师 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 53 · 输出 13 · 思考 0
任务(第一行)按计划修改程序:fake-plan-5
最后的回答(摘录)
wrote solution/run.py with heart x2.0, edge x0.3 (ok)
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/5/engineer.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/5/engineer.stderr

调研员

角色调研员 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 17 · 输出 4 · 思考 0
任务(第一行)为节点 n5(改进,父节点 n1)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
PLAN.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/5/researcher.jsonl 0 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/5/researcher.stderr

审查员

角色审查员 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 12 · 输出 3 · 思考 0
任务(第一行)审查节点 n5 的程序是否越界读取、写死目标、钻评分器漏洞
最后的回答(摘录)
verdict pass
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/5/reviewer.jsonl 0 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/5/reviewer.stderr