Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 20:28(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n16

copy_last, expression x1.03 (fake Engineer, node 16)

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261002-194506-search-t2-g24-fake
父节点n2
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态已打分
分数搜索目标分 47.52(-12.0) · proxy 47.52(-12.0)
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。不到 1 分
程序版本fff639b8bb3e1fb1fbcdc65d90fb9bc40bd5e61b (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git fff639b8bb:solution/METHOD.md

copy_last, expression x1.03 (fake Engineer, node 16)

Test run only.

调研员的计划

名称fake-plan-16
动机test node 16; idea improve
做法perturb the heart / edge weights of the parent's reweighting
风险none (fake)

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 d4e88be703。改动的文件:solution/METHOD.md +3 −0、solution/README.md +0 −6、solution/run.py +10 −30

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdnew file mode 100644index 0000000..86314ef--- /dev/null+++ b/solution/METHOD.md@@ -0,0 +1,3 @@+copy_last, expression x1.03 (fake Engineer, node 16)++Test run only.diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mddeleted file mode 100644index 3cb16cd..0000000--- a/solution/README.md+++ /dev/null@@ -1,6 +0,0 @@-# mix(T2:heart:val_interp)--T2 方法卡的心脏插值选择:`mix`,align=procrustes(xy 用共有类型质心 Kabsch,z 保持为切片轴,只定符号),scale_damp=1。取目标前后最近的两个输入,t=(目标−a)/(b−a),把两朵云缩放到 log 线性 RMS,按 (1−t, t) 分层抽真实细胞,表达和坐标一起走;细胞数 log 线性后夹到 [1000, 17616]。代码在 `modeling/src/task2_spatial/`(`view_io.py` + `methods.interpolate`)。-proxy(E8.25_late + E9.5 → E8.75,t=0.4)预期 59.12(seed 0 实测 59.116,与方法卡一致;表达 63.7 / 状态 66.5 / 形状 53.2 / 邻域 53.0)。-final(E8.25_late + E8.75 → E8.5,t=0.5):n=17616,RMS 277.1,共有类型 31,与 `data/processed/t2/T2__heart__val_interp__mix.h5ad` 逐位相同。-已知弱点:代理两端 RMS 都大(354/335),测不到心脏尺度的非单调;proxy 只有 5 个共有类型,对齐在 final 上更可靠。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 8c61767..3d14821 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,28 +1,16 @@ #!/usr/bin/env python3-"""mix (T2 interpolation): real cells from both bracketing inputs, drawn (1−t, t).--Brackets the target with the nearest inputs before and after it, puts both in-one frame (``ALIGN``), rescales both clouds to the log-linear RMS-exp(log r_a + SCALE_DAMP·t·Δlog r), and draws cells stratified by type:-round(t·n) from the later stage, the rest from the earlier one. Expression and-coordinates travel together. n is log-linear in t, clipped to the board range.-Parameters are the T2 card's choice for this board (selected_params.json).-If the target is not bracketed, falls back to the latest input before it.-"""+"""fake-16: copy_last with expression scaled x1.03 (fake Engineer, T2 test run)."""  from __future__ import annotations  import argparse-import json-import sys  import numpy as np -from src.task2_spatial.methods import interpolate from src.task2_spatial.sample import take-from src.task2_spatial.view_io import board_params, interp_bracket, load_manifest, panel_genes, read_stage, write_t2+from src.task2_spatial.view_io import anchor_entry, load_manifest, panel_genes, read_stage, write_t2 -PARAMS = {"align": "procrustes", "scale_damp": 1.0}+SCALE = 1.03   def main() -> None:@@ -31,23 +19,15 @@ def main() -> None:     parser.add_argument("--out", required=True)     parser.add_argument("--seed", type=int, default=0)     args = parser.parse_args()-     manifest = load_manifest(args.data)     genes = panel_genes(args.data, manifest)-    a, b, t = interp_bracket(manifest)-    if b is None:-        stage = read_stage(args.data, a, genes)-        n = int(np.clip(stage.n, manifest["min_cells"], manifest["max_cells"]))-        rows = np.sort(take(stage.labels, min(n, stage.n), np.random.default_rng(args.seed)))-        write_t2(args.out, stage.X[rows].toarray(), stage.coords[rows], genes, seed=args.seed)-        return-    stage_a = read_stage(args.data, a, genes)-    stage_b = read_stage(args.data, b, genes)-    params = board_params(manifest, "mix", PARAMS, args.seed)-    expr, coords, info = interpolate(stage_a, stage_b, t, params)-    keep = {k: info.get(k) for k in ("t", "n", "rms_a", "rms_b", "out_rms", "n_shared_types", "z_dot", "z_flipped", "align")}-    print(json.dumps({"bracket": [a["stage"], b["stage"]], **keep}, default=float), file=sys.stderr)-    write_t2(args.out, expr, coords, genes, seed=args.seed)+    stage = read_stage(args.data, anchor_entry(manifest), genes)+    pass+    n = int(np.clip(stage.n, manifest["min_cells"], manifest["max_cells"]))+    rng = np.random.default_rng(args.seed)+    rows = np.sort(take(stage.labels, n, rng)) if n <= stage.n else np.sort(rng.choice(stage.n, size=n, replace=True))+    X = stage.X[rows].toarray() * SCALE+    write_t2(args.out, X, stage.coords[rows], genes, seed=args.seed)   if __name__ == "__main__":

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k027Joint expression-geometry generation with relative geometrynotes/competition/03_solution_landscape.md
k003Fused Gromov-Wasserstein mapping for spatial snapshots10.1038/s41586-024-08453-2
k007Interval staging and held-out-window filtering of external datanotes/official/来件/virtualembryo.ai/rules.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么heart / edge weights
各组分数的变化cell_state:-16.17
expression_change:-21.28
local_spatial:-5.39
shape_scale:-5.09
family_idother
假设是否成立否
经验
  1. node 16: d_score -11.9827
mechanism_active是
下一步建议
  1. try another weight

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 fake
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。1
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 21 · 输出 5 · 思考 0
任务(第一行)分析节点 n16 的打分结果,写 ANALYSIS.json
最后的回答(摘录)
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/16/analyst.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/16/analyst.stderr

工程师

角色工程师 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 54 · 输出 13 · 思考 0
任务(第一行)按计划修改程序:fake-plan-16
最后的回答(摘录)
wrote solution/run.py with heart x1.6, edge x0.25 (ok)
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/16/engineer.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/16/engineer.stderr

调研员

角色调研员 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 17 · 输出 4 · 思考 0
任务(第一行)为节点 n16(改进,父节点 n2)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
PLAN.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/16/researcher.jsonl 0 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-194506-search-t2-g24-fake/nodes/16/researcher.stderr