Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 20:28(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n83

heart_jcf_peri reweighting, heart x1.7, edge x0.2 (fake Engineer, node 83)

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261002-163712-search-t1-drafts-fake
父节点(种子,没有父节点)
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。草稿
状态已打分
分数搜索目标分 48.71 · X3 48.71
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。不到 1 分
程序版本2d295986cdaf1911e9397226b63a4a3d821ebb19 (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 2d295986cd:solution/METHOD.md

heart_jcf_peri reweighting, heart x1.7, edge x0.2 (fake Engineer, node 83)

Test run only.

调研员的计划

名称fake-plan-83
动机test node 83; idea graph_fate
做法perturb the heart / edge weights of the parent's reweighting
风险none (fake)

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:这个提交的上一版(种子程序:相对空仓库)。改动的文件:solution/METHOD.md +3 −0、solution/run.py +40 −0

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdnew file mode 100644index 0000000..a72cd39--- /dev/null+++ b/solution/METHOD.md@@ -0,0 +1,3 @@+heart_jcf_peri reweighting, heart x1.7, edge x0.2 (fake Engineer, node 83)++Test run only.diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pynew file mode 100644index 0000000..9ebdc17--- /dev/null+++ b/solution/run.py@@ -0,0 +1,40 @@+#!/usr/bin/env python3+"""fake-83: heart_jcf_peri weights perturbed by the fake Engineer (test run)."""++from __future__ import annotations++import argparse++from src.task1_temporal.reweight import heart_reweight+from src.task1_temporal.view_io import (+    inputs_by_time,+    labels_of,+    load_manifest,+    panel_genes,+    read_stage,+    target_n_cells,+    write_prediction,+)++HEART_WEIGHT = 1.7+EDGE_WEIGHT = 0.2+N_CELLS = 4000+++def main() -> None:+    parser = argparse.ArgumentParser()+    parser.add_argument("--data", required=True)+    parser.add_argument("--out", required=True)+    parser.add_argument("--seed", type=int, default=0)+    args = parser.parse_args()+    manifest = load_manifest(args.data)+    genes = panel_genes(args.data, manifest)+    last = read_stage(args.data, inputs_by_time(manifest)[-1], genes)+    pass+    n = target_n_cells(manifest, N_CELLS)+    X = heart_reweight(last.X, labels_of(last), n_cells=n, heart_weight=HEART_WEIGHT, edge_weight=EDGE_WEIGHT, seed=args.seed)+    write_prediction(X, genes, args.out, seed=args.seed)+++if __name__ == "__main__":+    main()

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k041Within-stage pseudotime and graph toolkit offline: scanpy DPT/PAGA/Leiden, Palantir, CellRank 210.1186/s13059-019-1663-x (PAGA); 10.1038/s41587-019-0068-4 (Palantir); 10.1038/s41592-024-02303-9 (CellRank 2)
k038RNA velocity family (scVelo, dynamo, CellRank velocity kernel): not applicable to T1 files; substitutes10.1038/s41587-020-0591-3 (scVelo); 10.1016/j.cell.2021.12.045 (dynamo); 10.1038/s41592-024-02303-9 (CellRank 2)
k031Offline OT toolkit in the sandbox: moscot TemporalProblem, wot OTModel, POT, geomloss10.1038/s41586-024-08453-2 (moscot); 10.1016/j.cell.2019.01.006 (Waddington-OT)

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么heart / edge weights
各组分数的变化cell_state:0.51
covariation:1.62
de_recovery:0.36
direction:0.95
family_idgraph_fate
假设是否成立是
经验
  1. node 83: d_score 0.7996
mechanism_active是
下一步建议
  1. try another weight

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 fake
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。1
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 21 · 输出 5 · 思考 0
任务(第一行)分析节点 n83 的打分结果,写 ANALYSIS.json
最后的回答(摘录)
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-163712-search-t1-drafts-fake/nodes/83/analyst.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-163712-search-t1-drafts-fake/nodes/83/analyst.stderr

工程师

角色工程师 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 53 · 输出 13 · 思考 0
任务(第一行)按计划修改程序:fake-plan-83
最后的回答(摘录)
wrote solution/run.py with heart x1.7, edge x0.2 (ok)
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-163712-search-t1-drafts-fake/nodes/83/engineer.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-163712-search-t1-drafts-fake/nodes/83/engineer.stderr

调研员

角色调研员 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 17 · 输出 4 · 思考 0
任务(第一行)为节点 n83(草稿,父节点 nNone)写改进计划 PLAN.json,思路 graph_fate
最后的回答(摘录)
PLAN.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-163712-search-t1-drafts-fake/nodes/83/researcher.jsonl 0 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/test/20261002-163712-search-t1-drafts-fake/nodes/83/researcher.stderr