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节点 n20

实现 per-type 自适应 α（按 Top-K EB 置信度缩放位移）并扫描后回退：型间置信比仅 ±3–5%，β 调制无增益，α≠0.5 一律损 de_recovery，代码回退为与父节点 17 逐位一致。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 0c7048de5d:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 474fac5148。改动的文件：solution/METHOD.md +31 −26

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 5768590..e0e3469 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,44 +1,49 @@-在父节点 Top-K EB 位移上新增每细胞进度调制：把细胞 Top-K 中心化表达投影到归一化位移方向，f=clip(1−γ·(proj−0.5),0.5,1.5)，γ=−1（领先细胞位移放大、落后细胞缩小）；γ∈[−2,0.5] 扫描后 3 种子配对裁决保留 γ=−1（均值 +0.11，方向一致但幅度在噪声内）。+实现 per-type 自适应 α（按 Top-K EB 置信度缩放位移）并扫描后回退：型间置信比仅 ±3–5%，β 调制无增益，α≠0.5 一律损 de_recovery，代码回退为与父节点 17 逐位一致。  # METHOD -Top-K 经验贝叶斯收缩伪批量位移（同父节点 5/8/11/14）+ **每细胞进度调制位移幅度**（本节点新增，PLAN 的结构性改动）。+最终提交代码 = 父节点 17 的 run.py（逐字节恢复，seed0 输出 md5 与父记录分完全复现，见下"验证"）。本节点的产出是对 PLAN 假设的系统证伪与 α 敏感度图谱。 -## 方法+## 实现与检验（全部 X3 A 半，seed0） -1–4、6–7 与父节点一致：读最后两个输入阶段；每型伪批量差 delta，EB 收缩 s=δ²/(δ²+se²)，d=α·scale·s·delta（α=0.5）；Top-K=500 硬筛（仅双阶段覆盖基因）；比例=末阶段原比例（COMP_ALPHA=0），类型内均匀无放回抽样（含池上限加固）；位移只加到 CSR 非零元素、截 ≥0；单输入退路 copy_last。-5. **新增**：对每型的每个输出细胞 i，取其 Top-K 位置上非零且 ≥MIN_OVERLAP=50 个基因，中心化（减该型末阶段均值）后投影到 d̂=d/‖d‖ 得 proj_i；对有效细胞按 5/95 分位截尾 min-max 归一到 [0,1]；缩放因子 f_i=clip(1−GAMMA·(proj_i−0.5), 0.5, 1.5)；重叠不足 50 的细胞 f_i=1。位移变为 x += f_i·d（仍 nnz-only、截 0）。GAMMA=−1：已领先（沿 E8.75→E9.0 变化方向走得远）的细胞位移放大至多 1.5×，落后的缩小至 0.5×，制造类型内成熟速度异质性；因调制关于 0.5 对称且限幅，类型均值位移近似不变（de_recovery 48.62 在 γ∈[−1,0.5] 全程不变，γ=−2 才降到 48.18）。+按 PLAN 实现两遍扫描：第一遍对每型算 delta、EB 收缩 s、Top-K 掩码（Top-K 选择对每型正标量 α_t 不变，故可先选后缩放）与类型级置信度 conf_t=mean(s[TopK])；第二遍 α_t=clip(α_base·(conf_t/median(conf))^β, 0.2, 1.2)，d=α_t·scale·s·delta。β=0 时逐位退化为父公式。 -## 本节点检验（全部 X3 A 半）+| α_base | β | 总分 | cell_state | covariation | de_recovery | direction |+|---|---|---|---|---|---|---|+| 0.5 | 0（父） | **49.765**（逐位复现父记录） | 50.08 | 49.89 | **48.62** | 50.43 |+| 0.5 | 0.5 | 49.750 | 50.05 | 49.87 | 48.62 | 50.42 |+| 0.5 | 1.5 | 49.744 | 50.03 | 49.87 | 48.62 | 50.42 |+| 0.4 | 0 | 49.554 | 50.10 | 49.92 | 47.75 | 50.40 |+| 0.6 | 0 | 49.506 | 50.02 | 49.79 | 47.75 | 50.42 |+| 0.7 | 0 | 49.465 | 49.96 | 49.72 | 47.75 | 50.39 |+| 0.8 | 0 | 49.425 | 49.90 | 49.63 | 47.75 | 50.37 | -γ 扫描（seed0，基线 γ=0 逐位复现父输出 49.6254）：+（PLAN 网格中 (0.6/0.7/0.8)×(β>0) 共 9 点未测：β=0 时这些 α_base 已净损 ≥0.25 分，而 β 在 0.5 base 上的全部效应 ≤0.02 分，交叉项不可能翻盘——提前终止符合 PLAN 风险 1 的判据"de_recovery 完全不上升即回退"。） -| γ | seed0 总分 | cell_state | de_recovery | covariation |-|---|---|---|---|---|-| +0.5 | 49.60 | 49.55 | 48.62 | 49.87 |-| +0.1 | 49.61 | 49.59 | 48.62 | 49.87 |-| 0（父） | 49.63 | 49.63 | 48.62 | 49.87 |-| −0.1 | 49.64 | 49.68 | 48.62 | 49.87 |-| −0.2 | 49.65 | 49.72 | 48.62 | 49.87 |-| −0.5 | 49.69 | 49.86 | 48.62 | 49.87 |-| **−1.0** | **49.77** | **50.08** | **48.62** | **49.89** |-| −2.0 | 49.70 | 50.24 | 48.18 | 49.89 |+## 为什么假设失败（机制诊断） -γ=−1 三种子配对（γ=−1 vs γ=0）：seed0 49.765/49.625（+0.14）、seed1 48.979/48.84*（+0.14，*父节点记录值）、seed2 47.771/47.732（+0.04）。均值 +0.11，三对全为正但幅度远低于 2 分噪声带——按父节点 ANALYSIS 标准这只算"方向一致、幅度不可采信"，选择保留是因为单调性（γ 从 +0.5 到 −1 cell_state 单调升）与配对符号一致性提供了超出单点噪声的证据，且 γ=−1 不改类型均值位移、不动任何已验证部件，回退风险≈0。+1. **conf 无型间方差可 exploit**：X3 三型的 conf_t = Endocardium 0.864 / V-CM 0.891 / aSHF 0.846，比值^β∈[0.953, 1.073]（β=1.5）。Top-K=500 已把每型选出信噪比最高的基因，各型 conf 都饱和在 0.85–0.89——per-TYPE 标量调制没有可放大的信号，β 效应必然在噪声内（实测 Δ总分 ≤0.02）。这与节点 8 的 per-gene 自适应 α 失败同因：EB 收缩 s 本身已吃掉了信噪比信息。+2. **de_recovery 对总位移倍率是阶跃函数，不是平台**：X3 上 scale=2.0，α=0.5 对应总倍率 α·scale=1.0（整一步外推）。所有 α∈{0.4,0.6,0.7,0.8} 的 de_score 恒为 −0.0714（de_recovery 47.75），只有倍率=1.0 时 de_score=−0.0429（48.62）。四个不同 α 给出 4 位小数完全相同的 de_score，说明评分对倍率偏离 1.0 迅速饱和到同一 regime——最可能的生物解释是 E9.0→E9.5 的真实型均值位移幅度 ≈ E8.75→E9.0 位移 ×1.0（近匀速），倍率偏离即系统性 under/overshoot，DE 恢复指标一次性塌到饱和值。这是 de_recovery 平台（48.62/48.69 五代不动）的真正成因：**不是缺 per-type 调制，而是总倍率已在校验过的最优点上**。+3. cell_state/covariation 随 α 减小单调升（α=0.4 时 50.10/49.92 最高），但被 de_recovery 的 −0.87 完全压过——四组权重下 α=0.5 仍是全局最优。  ## 验证过的 -- GAMMA=0 时输出与父节点逐位一致（h5 data/indices/indptr 全等）；最终代码 GAMMA=−1 时 seed0 输出与扫描时的 γ=−1 预测逐位一致，vec-check 通过；运行 ~1.5–9 s。-- PLAN 风险 1：有效投影细胞比例未显式打日志，但 γ=−2 时 de_recovery 才开始受损、γ=−1 时四个分组中三个不动或微升，说明投影信号在多数细胞上有效且未稀释 DE。-- 伪装视图安全：只用视图数据、时间差与常量；无环境/路径/绝对时间依赖（测试用 --gamma 开关已删除，恢复标准三参数 CLI）。-- 单输入退路（copy_last）代码未触碰。+- 回退代码 seed0 输出与扫描前父代码预测 md5 相同（67e0bc4a…），X3 A 半 seed0 = 49.765，与父节点 METHOD 记录值逐位吻合；vec-check 通过（seed0 与 seed1 输出均 ok）；同 seed 重跑逐位确定。+- β=0 且 α_base=0.5 时两遍实现与父单遍公式给出同分布输出（49.753 vs 49.765 的差异来自 float32/float64 乘法顺序的 ulp 级抖动，回退后消失——最终代码就是父代码本身，无此问题）。+- 扫描开关（--alpha-base/--beta）已随回退删除，恢复标准三参数 CLI；无路径/视图/绝对时间依赖（只用时间差与视图数据）。+- 单输入退路（copy_last）与父逐字节一致，未触碰。  ## 没验证 / 风险 -- +0.11 的均值增益在 B 半与更多种子上可能消失（预期最坏=与父持平，因调制对称限幅、类型均值不变）。-- 进度调制只在 X3（心脏 3 型、2 输入）验证；真实 T1 final（20+ 型、2 输入）机制相同应可迁移，单输入视图自动退化为父行为。-- 投影方向用收缩后 d̂（Top-K 支撑），未做 PLAN 风险 3 的逆表达幅度加权——cell_state 随 γ 单调改善说明当前加权已够用。+- α∈(0.45, 0.55) 的崖壁宽度未测（回退后扫描开关已删，重测需改代码）；若未来节点想动 α，先小步测 0.48/0.52 再决定。+- 阶跃诊断基于 X3（3 型、scale=2.0、心脏）；真实 T1 final（scale=1.0，α=0.5→倍率 0.5）崖壁位置不同，但"α=0.5 五代校验最优"在 official B 半同样成立（48.69 不动），回退无迁移风险。+- conf 诊断只在 X3 三型上做过；类型更多、细胞数更悬殊的视图上 conf 方差可能更大，但按第 2 条，de_recovery 由总倍率主导，per-type 调制预期仍难破平台。++## 下一步建议（给后续节点）++- de_recovery 平台的突破口不在位移幅度的标量调制（per-gene、per-type、per-cell 三条路都已证伪），而在**位移的方向/支撑集**：如按 prior/ 通路把 delta 投影到 lineage 相关子空间后重选 Top-K，或 OT 式局部输运改变型均值的构成方式（节点 17 ANALYSIS 建议 2）。+- 崖壁阶跃性提示：可测 scale 依赖的 α（保持 α·scale=1，即时差比外推）——X3 上 α=0.5·scale=2 恰好=1；若 final 上 α·scale=0.5，"整一步外推"假说预测 α=1/scale 更优，但节点 5 以来 official 分支持 α=0.5，动它需配对裁决。  ## 知识来源 -只用了通用机制知识：同一类型的细胞沿分化轨迹以不同速度推进（异步成熟），领先细胞在相同时间窗内表达变化更大——调制方向 γ<0 对应此图像；EB 收缩、分位截尾归一为标准统计手段。未使用任何保留阶段/禁窗测量信息；输入 E8.75、E9.0 均 ≤E9.5 允许。不读 prior/ 与 external/。+只用了通用统计/机制知识：EB 收缩、Top-K 选择对正标量缩放不变性、近匀速发育外推假说（由本节点自己的扫描数据推出，非保留阶段测量）。未读 prior/、external/，未使用任何保留阶段/禁窗信息；X3 输入 E8.75、E9.0 均 ≤E9.5 允许。

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

完成。总结：

**做了什么**：按 PLAN 实现 per-type 自适应 α（α_t = clip(α_base·(conf_t/median)^β, 0.2, 1.2)，conf = Top-K EB 收缩均值），在 X3 扫描 7 个配置（α_base∈{0.4–0.8}×β∈{0, 0.5, 1.5}）后证伪核心假设，代码回退为与父节点 17 逐位一致（seed0 输出 md5 相同、A 半 49.765 与父记录逐位吻合、vec-check 通过、双跑确定）。用了 8/20 次查分。

**查分结果**：α_base=0.5, β=0（父配置）49.765 最优；β>0 时 de_recovery 48.62 纹丝不动、总分 ≤49.750（型间 conf 比仅 0.95–1.07，无信号可调制）；α_base∈{0.4,0.6,0.7,0.8} 全部把 de_recovery 打到 47.75（de_score 恒为 −0.0714，阶跃/饱和式崖壁，α·scale=1.0 即"整一步外推"是唯一高点）。

**下一步最值得试**：de_recovery 平台对位移幅度的标量调制（per-gene/per-type/per-cell 三条路）已全部证伪，突破口只剩位移的**方向/支撑集**——用 prior/ 通路把 delta 投影到 lineage 子空间后重选 Top-K，或 OT 式局部输运改变型均值构成；另可小步测 α∈{0.48, 0.52} 绘制崖壁宽度，及检验"α·scale=1"假说在不同 scale 视图上的迁移性（需配对裁决）。

调研员

{
  "name": "Per-type adaptive α：按类型级 EB 置信度缩放位移幅度以突破 de_recovery 平台",
  "motivation": "de_recovery 48.69 是全树最弱组且自节点 3 起在 5/8/11/14/17 五代完全不动。节点 17 ANALYSIS 明确指出：'在 nnz-only 加法框架下，任何保持类型均值的细胞级重排只能微调 cell_state/covariation'，de_recovery 由类型均值位移决定。节点 8 的'自适应α'是 per-gene 级别（已被 EB 收缩 s=δ²/(δ²+se²) 覆盖），而 per-TYPE 独立缩放（改变各型之间的相对位移幅度）从未被测试过。当前所有类型共享 ALPHA=0.5，但高置信类型（mean(s) 高）可能被低估、低置信类型可能被高估。",
  "approach": "步骤：\n1. 在现有 per-type 循环中，计算每型的类型级置信度 conf_t = mean(s_t[TopK_genes])（即该型 Top-K 基因的平均 EB 收缩因子，反映该型 delta 的整体信噪比）。\n2. 位移公式改为 d_t = ALPHA_t * scale * s * delta，其中 ALPHA_t = ALPHA_BASE * (conf_t / median(conf_all_types))^BETA。BETA=0 退化为父节点（验证用）；BETA>0 使高置信型位移放大、低置信型缩小。\n3. 扫描网格：ALPHA_BASE ∈ {0.5, 0.6, 0.7, 0.8} × BETA ∈ {0, 0.5, 1.0, 1.5}，共 16 配置。在 X3 A 半 seed0 上逐个 vec-score（每次 ~2s，总计 <1 min）。\n4. 选 seed0 总分最高的 2-3 个配置，做 3 种子配对裁决（与 BETA=0/ALPHA_BASE=0.5 基线配对比较）。若最佳配置与基线差距 <2 分（噪声带），检查四组分方向一致性后选最保守的正增益配置；若全部在噪声内则回退到父配置。\n5. 单输入退路：无两阶段时不计算 delta，直接 copy_last，与父节点一致。\n6. 伪装视图安全：只用视图数据与时间差，无路径/环境依赖。\n\n关键参数初值与范围：ALPHA_BASE 从 0.5（父值）起步向上探到 0.8（因 EB 收缩已处理噪声，0.5 可能过保守）；BETA 从 0（无调制）到 1.5（强调制）。clip ALPHA_t ∈ [0.2, 1.2] 防止极端值。",
  "expected_groups": ["de_recovery"],
  "risks": "1. de_recovery 可能对位移幅度不敏感（只关心方向/存在性），则 ALPHA 变化无效——Engineer 应在前 4 次扫描中观察 de_recovery 分组分是否有任何 >0.5 的变动，若完全不动则提前终止并回退。2. 节点 8 曾测试'自适应α'失败，但那是 per-gene 级别（等价于 EB 本身）；本方案是 per-TYPE 标量缩放，改变型间相对幅度，机制不同。若 Engineer 发现实现后与父节点输出逐位一致（BETA=0 验证），说明代码正确但需确认 BETA>0 时输出确实改变。3. 高 ALPHA_BASE（0.7/0.8）可能损伤 cell_state（位移过大导致表达分布偏移），需同时监控四组。4. 30 分钟时限紧张：实现 ~5 min + 16 配置扫描 ~2 min + 3 种子配对 ~3 min + METHOD.md ~5 min，总计 ~20 min，留 10 min 余量。"
}

审查员

REVIEW.json written