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节点 n43

改了什么

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话，有自己的锁定配置和证据包。20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native
父节点n23
子节点—
操作?种子：人写的起点；改进：在父节点上改；草稿：从头写；修复：修父节点的报错。改进
状态已打分
分数搜索目标分 51.56（-0.6） · proxy 53.49（+0.0） · proxy2 53.49（+0.0） · X3 47.68（-1.7）
审查未审查
用时?从运行开始到结束（或到现在）的挂钟时间。2 分
程序版本fe0cc34101711c99566da3541d7d6627f60eea3b （programs.git）

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git fe0cc34101:solution/METHOD.md

改了什么

  1. ALPHA 从 0.025 提高到 0.04：父节点 ANALYSIS 指出 de_recovery（50.99）是唯一略降的组，弱平移削弱了 DE 信号恢复；适度增大 ALPHA 让差值平移对 DE 基因有更明显的位移效果。
  2. EB 收缩从标量均值改为逐基因收缩并设 0.1 下限：标量 shrink=mean(per-gene shrink) 把所有基因统一按平均收缩率缩放，真正 DE 的基因（delta 大、SE 小）也被过度压缩；逐基因收缩让高信噪比基因保留更多位移，下限 0.1 防止纯噪声基因被完全清零（避免 Program 3 纯逐基因收缩导致 X3 下降的问题）。

用到的知识与出处

  • 父节点 ANALYSIS next_suggestions："针对 de_recovery 检查 ALPHA=0.025 的弱平移是否削弱了 DE 信号恢复，可试用略大 ALPHA"
  • 方法卡 k018：收缩系数 α∈[0,1]，可选逐基因经验贝叶斯收缩使噪声基因少移动
  • Program 3 对比：纯逐基因收缩（无下限）在 X3 上降 0.44，说明需要下限保护

调研员的计划

名称native r0: Change 1: Replace:
ALPHA = 0.025
N_BINS = 12
MIN_CELLS_FOR_BINNING = 20
with:
ALPHA = 0.04
N_BINS = 12
MIN_C
动机OpenEvolve native generation (route C), parent 23, round 0 of 3, half-A score 51.466
做法## 改了什么
1. ALPHA 从 0.025 提高到 0.04：父节点 ANALYSIS 指出 de_recovery（50.99）是唯一略降的组，弱平移削弱了 DE 信号恢复；适度增大 ALPHA 让差值平移对 DE 基因有更明显的位移效果。
2. EB 收缩从标量均值改为逐基因收缩并设 0.1 下限：标量 shrink=mean(per-gene shrink) 把所有基因统一按平均收缩率缩放，真正 DE 的基因（delta 大、SE 小）也被过度压缩；逐基因收缩让高信噪比基因保留更多位移，下限 0.1 防止纯噪声基因被完全清零（避免 Program 3 纯逐基因收缩导致 X3 下降的问题）。
## 用到的知识与出处
- 父节点 ANALYSIS next_suggestions："针对 de_recovery 检查 ALPHA=0.025 的弱平移是否削弱了 DE 信号恢复，可试用略大 ALPHA"
- 方法卡 k018：收缩系数 α∈[0,1]，可选逐基因经验贝叶斯收缩使噪声基因少移动
- Program 3 对比：纯逐基因收缩（无下限）在 X3 上降 0.44，说明需要下限保护

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 42e6e802eb。改动的文件：solution/METHOD.md +5 −7、solution/run.py +3 −2

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 8e03583..d82c5df 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,9 +1,7 @@ ## 改了什么-1. 家族权重从 1.6/0.15/0.9 调整为 1.55/0.18/0.95（Program 2 的参数）：过高的心脏权重（1.6）使部分类型触及 n_per_type≤counts 上限后剩余配额被非心脏细胞填充，稀释了富集效果；适度降低心脏权重、提高神经/内胚层权重使目标比例更可达，减少截断效应。Program 2 用此权重在 proxy 达 53.49（当前 52.97）。-2. MIN_CELLS_FOR_BINNING 从 15 提高至 20：小类型（15-20 细胞）的分位数分箱边界噪声大，可能引入采样偏差；Program 2 用 20 在 proxy 上表现更好。-3. 保留第 0-1 轮的 EB 标量收缩（shrink=mean(delta²/(delta²+SE²))）和 ALPHA=0.025 不变，维持 X3 和 covariation 的增益。+1. ALPHA 从 0.025 提高到 0.04：父节点 ANALYSIS 指出 de_recovery（50.99）是唯一略降的组，弱平移削弱了 DE 信号恢复；适度增大 ALPHA 让差值平移对 DE 基因有更明显的位移效果。+2. EB 收缩从标量均值改为逐基因收缩并设 0.1 下限：标量 shrink=mean(per-gene shrink) 把所有基因统一按平均收缩率缩放，真正 DE 的基因（delta 大、SE 小）也被过度压缩；逐基因收缩让高信噪比基因保留更多位移，下限 0.1 防止纯噪声基因被完全清零（避免 Program 3 纯逐基因收缩导致 X3 下降的问题）。 ## 用到的知识与出处-- 实验表 Program 2（score 52.08）：权重 1.55/0.18/0.95 + MIN_CELLS=20 在 proxy 达 53.49-- 第 1 轮反馈：proxy 52.97 未改善，是主要短板；X3 49.35 和 covariation 50.51 已改善-- 方法卡 k018：收缩系数 α∈[0,1]-- 父节点 ANALYSIS：direction/proxy 是最值得压榨的组+- 父节点 ANALYSIS next_suggestions："针对 de_recovery 检查 ALPHA=0.025 的弱平移是否削弱了 DE 信号恢复，可试用略大 ALPHA"+- 方法卡 k018：收缩系数 α∈[0,1]，可选逐基因经验贝叶斯收缩使噪声基因少移动+- Program 3 对比：纯逐基因收缩（无下限）在 X3 上降 0.44，说明需要下限保护diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 47c2b7f..ded9b37 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -25,9 +25,10 @@ from src.task1_temporal.view_io import (     write_prediction, ) -ALPHA = 0.025+ALPHA = 0.04 N_BINS = 12 MIN_CELLS_FOR_BINNING = 20+SHRINK_FLOOR = 0.1  _HEART_PAT = re.compile(     r"cm\b|cardi|heart|shf|endocard|oft\b|avc|ift\b|sv[- ]cm|v[- ]cm|"@@ -95,7 +96,7 @@ def eb_shrunk_deltas(prev_X, prev_labels, last_X, last_labels, alpha):             se2 = var_prev / max(n_prev, 1) + var_last / max(n_last, 1)             n_eff = min(n_prev, n_last)             size_factor = n_eff / (n_eff + 50.0)-            shrink = float(np.mean(delta**2 / (delta**2 + se2 + 1e-10)))+            shrink = np.maximum(delta**2 / (delta**2 + se2 + 1e-10), SHRINK_FLOOR)             deltas[t] = alpha * size_factor * shrink * delta         else:             deltas[t] = np.zeros(last_X.shape[1])

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

没有记录调研来源。

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么ALPHA 0.025→0.04，EB 收缩从标量均值改为逐基因 max(delta^2/(delta^2+se2), 0.1) 下限（run.py 各一行）；METHOD.md 同步更新。其余（家族权重 1.55/0.18/0.95、N_BINS=12、MIN_CELLS=20）未动。
各组分数的变化cell_state：噪声内 51.86 (-0.03)
covariation：噪声内 50.74 (-0.98)
de_recovery：变坏 50.15 (-0.85)，与改动意图相反，但在 T1 约 2 分噪声内
direction：噪声内 53.25 (-0.59)
尺子 X3：变坏 47.68 (-1.69)，超出单组常见波动，是本节点唯一较明确的退化
尺子 proxy：不变 53.49 (+0.00)
尺子 proxy2：不变 53.49 (+0.00)
榜分：51.56 (-0.56)，在 T1 约 2 分噪声内，无实质收益
假设是否成立否
经验
  1. 在 ALPHA=0.025 的弱平移基线上把 ALPHA 提到 0.04 并同时改成逐基因收缩（下限 0.1），de_recovery 反而降 0.85、X3 降 1.69、榜分降 0.56，说明这两处改动叠加时并未强化 DE 信号，只是放大了逐基因位移的方差。
  2. 一次改两个耦合参数（平移强度 ALPHA + 收缩形式）无法归因；本节点 proxy 完全不变（53.49）而 X3 明显退化，提示位移类改动主要影响 X3/de_recovery，应单独 A/B。
  3. 逐基因收缩即使带 0.1 下限也会伤 X3：父节点 Program 3 的纯逐基因收缩已降 X3 0.44，本节点带下限后 X3 降更多（-1.69），说明标量均值收缩（对所有基因统一缩放）对 X3 更友好，不应替换。
  4. ALPHA 在 0.025 附近已接近上界，增大到 0.04 未换来任何组提升，可视为 0.025–0.04 区间对榜分无正收益。
下一步建议
  1. 回退到父节点 23 的 EB 标量收缩（shrink=float(np.mean(...))）与 ALPHA=0.025，把 proxy 53.49 / X3 49.37 作为基线，不要保留本节点的逐基因收缩。
  2. 针对 X3（47.68→目标 ≥49.4）：单独 A/B ALPHA ∈ {0.015, 0.025} 并保持收缩形式不变，判断 X3 对平移强度是单调还是存在最优点。
  3. 针对 de_recovery（50.99）：不要再靠加大 ALPHA，改为对 DE 基因子集（|delta|/SE 高于分位阈值的基因）单独放宽 size_factor（如 n_eff/(n_eff+25)），只在小 n_eff 类型上增强，避免全局放大噪声。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮（每轮可以调用多个工具）。5
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数，按工具名统计。共 4 次：bash 2、write 1、read 1
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出（含思考）的 token 数，来自接口返回的用量。输入 7,678 · 输出 1,238 · 思考 367
任务（第一行）分析节点 n43 的打分结果，写 ANALYSIS.json
最后的回答（摘录）
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径；看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/43/analyst.jsonl 16 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/43/analyst.stderr

native

角色native alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数3 次
轮数0
工具调用共 0 次：—
用时1 分
token 数输入 72,079 · 输出 960 · 思考 2,542
任务（第一行）—
最后的回答（摘录）—
原始记录位置—

stream

角色stream
调用次数0 次
轮数3
工具调用共 0 次：—
用时1 分
token 数输入 72,079 · 输出 960 · 思考 2,542
任务（第一行）—
最后的回答（摘录）
<tool_call>
<tool_name>read_file</tool_name>
<file_path>/home/spark-longxinyang/.local/state/vec-report/calls/earch-t1-abc-r1-C-native-n43-5f333d/work/PROMPT.md</file_path>
<offset>675</offset>
</tool_name>
<tool_call>
<tool_name>list_dir</tool_name>
<path>/home/spark-longxinyang/.local/state/vec-report/calls/earch-t1-abc-r1-C-native-n43-5f333d/work/solution</path>
</tool_name>
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/43/native/0/stream.jsonl 3 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/43/native/1/stream.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261002-034201-search-t1-abc-r1-C-native/nodes/43/native/2/stream.jsonl 1 KB