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节点 n6

改进节点6：实验证否 PLAN 的两处改动（X3 自适应 KZ、增殖基因表达倾斜）后，回退到父节点4原样：最新官方阶段 copy_last + 增殖评分 w=exp(-0.7·z) 加权无放回抽样的组成重加权。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 89afd529e0:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 249796c614。改动的文件：solution/METHOD.md +29 −30、solution/run.py +16 −16

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 95a67a9..076d2c2 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,44 +1,43 @@-以最新官方输入阶段为基底的 copy_last + 增殖评分驱动的组成重加权：细胞表达原样复制，按每细胞增殖 z 分做 w=exp(-0.7·z) 的加权无放回抽样，下调强周期细胞的占比。+改进节点6：实验证否 PLAN 的两处改动（X3 自适应 KZ、增殖基因表达倾斜）后，回退到父节点4原样：最新官方阶段 copy_last + 增殖评分 w=exp(-0.7·z) 加权无放回抽样的组成重加权。 -# 方法+# 方法（与父节点 4 完全一致） -- 基底：`inputs_by_time(manifest, include_external=False)` 取最新官方阶段（无官方时回退全部）；外部阶段（proxy2 的 Qiu E9.0）永不作基底（父节点实测 27.4 vs 50.4）。-- 表达：不做任何平移（父节点与官方 T1 均实测平移单调有害）。每个细胞的表达值原样复制，covariation 结构来自真实细胞。-- 组成（本节点新增）：每细胞增殖分 = 面板内 canonical 细胞周期基因（Mki67, Top2a, Pcna, Mcm2/3/5/7, Cdk1, Bub1, Ccnb1, Ccna2, Stmn1, Tuba1b, Cdc20, Plk1, Aurka/b, Birc5, Tyms, Rrm2, E2f1, Fen1, Cdca8, Kif11, Nusap1, Ube2c, Anln, Cenpf，28/28 在官方面板与 X3 面板都覆盖）的平均 log 表达；z 标准化并 clip ±3 后 w=exp(-0.7·z)，指数竞速（-ln(u)/w）做加权**无放回**抽样到 target_n_cells。-- 当 target_n_cells ≥ 池大小（X3：2174 全保留）：改为无放回子抽 KEEP_FRAC=0.85，绝不用有放回复制——实测有放回（即使均匀）在 X3 上 50.0→47.1（covariation、de_recovery 受损）。-- 生物学依据（通用机制知识，非保留阶段测量）：E8.5→E9.5（及 E9.5→E10.5）胚胎整体从快速增殖的前体细胞向分化/退出周期的群体倾斜（跳动心肌细胞、分化中的表面外胚层与神经管、扩张的血细胞）。下调强周期细胞是对这一发育时序方向的组成级近似。+- 基底：`inputs_by_time(manifest, include_external=False)` 取最新官方阶段（无官方时回退全部）；外部阶段（proxy2 的 Qiu E9.0）永不作基底。+- 表达：原样复制，无任何平移（多节点实测平移单调有害）。+- 组成：每细胞增殖分 = 面板内 28 个 canonical 细胞周期基因（Mki67, Top2a, Pcna, Mcm2/3/5/7, Cdk1, Bub1, Ccnb1, Ccna2, Stmn1, Tuba1b, Cdc20, Plk1, Aurka/b, Birc5, Tyms, Rrm2, E2f1, Fen1, Cdca8, Kif11, Nusap1, Ube2c, Anln, Cenpf；通用细胞生物学知识，非保留阶段测量）的平均 log 表达；z 化 clip±3 后 w=exp(-0.7·z)，指数竞速无放回抽样。+- 目标细胞数 ≥ 池时（X3）：子抽 KEEP_FRAC=0.85，不用有放回复制。+- proxy 与 proxy2 基底同为官方 E8.5、同面板 → 预测逐字节相同（已验证）。 -# 关键参数（proxy A 半扫描）+# 本节点做了什么：PLAN 两项改动全部实测证否并回退 -| 权重形状 | 分数 |-|---|---|-| rank-linear β=-0.5 / -0.8 / -0.95 / -0.99 | 51.9 / 53.9 / 55.0 / 55.1 |-| 硬删 top-30% 增殖细胞 | 53.5 |-| rank^0.5 (β=-0.99) | 53.0 |-| z-exp KZ=0.3 / 0.5 / **0.7** / 0.85 / 1.0 | 53.8 / 55.5 / **56.1** / 55.8 / 54.8 |-| +1 方向（上调增殖）β=+1 | 45.9（有害，方向确认为负） |+**改动A（自适应 KZ：类型数≤5 → KZ=0.15，修 X3 de_recovery）— 证否。**+X3 A 半 seed 0：KZ=0.15 → 48.30，KZ=0 → 47.82，均低于父 KZ=0.7 → 49.82。+机制发现：X3 的 de_recovery 损伤不是重加权造成的，而是**子抽样本身**——任何 n<池 的抽样（含 KZ=0 均匀）de_recovery 都掉到 ~43，全复制（n=池）则恰为 50（LFC≡0 中性）；KZ=0.7 的 covariation 54.9 / direction 52.3 收益净胜。KZ 扫描补全：0→47.82，0.15→48.30，0.7→49.82，1.0→49.80；KF 扫描：0.70→49.17，0.85→49.82，0.97→49.43（父测）。KZ=0.7/KF=0.85 是三个维度上的实测最优，故不改。 -平台区 KZ 0.5–0.85 均在 55.5–56.1（噪声 ±2 内），取平台中心 KZ=0.7。+**改动B（增殖基因表达倾斜 x←max(0, x−α·clip(z,0,3))，提 proxy de_recovery）— 证否。**+proxy A 半 seed 0，α=0.05/0.10/0.20/0.30 → 56.06/56.04/56.00/55.96，全部 ≤ α=0 的 56.08；de_score 对 α **完全无响应**（恒 0.0364，de_recovery 恒 50.96），而 cell_state 58.07→57.78、mmd_u 单调变差。28 基因小幅倾斜根本动不了 DE 指标，只加噪声。 -# 实测（vec-score A 半，本代码逐字节复现的文件）+**附加探查（X3 自身两输入阶段的实测差值外推）— 放弃。**+E8.75→E9.0 伪批量差被性染色体基因主导（Xist −1.19、Uty +0.71、Ddx3y/Eif2s3y/Kdm5d：两阶段胚胎性别组成不同）和看家/深度漂移（核糖体蛋白、Actb +0.43、Eef1a1）；两阶段无共同胚胎，无法做胚胎级重复过滤；按 major_cluster 一致性过滤去不掉性别/批次基因。心脏增殖基因在该窗口基本持平（28 基因均值 +0.013），全胚"去周期化"方向先验在心脏不成立（但 KZ=0.7 在 X3 的净收益来自 covariation/direction，与 DE 方向无关）。与节点2"平移单调有害"一致，不再投入。 -| 视图 | 父节点 | 本节点 |-|---|---|---|-| proxy (seed 0 / seed 1) | 50.04 | **56.08 / 56.63** |-| proxy2 | 50.04 | **56.08** |-| X3 | 50.00 | 49.82（KEEP_FRAC=0.97 时 49.43，均在噪声内持平） |+# 实测汇总（vec-score A 半，seed 0；本节点用 10 次查询） -X3 分组：covariation 54.9（+4.9）、direction 52.3，但 de_recovery 43.1（-6.9）——心脏专有的 E9.0→E9.5 里心肌仍强增殖，去周期化把伪批量拉偏；净效应≈0。proxy/proxy2 四组全部提升（direction 59.7、cell_state 58.1、covariation 54.9、de_recovery 51.0）。+| 视图/配置 | 分数 |+|---|---|+| proxy 最终代码（=父，逐字节 maxdiff 0） | 56.08（父已测，未重复查询） |+| proxy2 | 与 proxy 相同预测（已验证逐字节一致）→ 56.08 |+| X3 最终代码 | **49.82**（本节点查询确认，与父 49.82 完全一致：de 43.09/dir 52.29/cs 49.97/cov 54.91） |+| proxy 倾斜 α=0.05/0.10/0.20/0.30 | 56.06/56.04/56.00/55.96（全差） |+| X3 KZ=0.15/0 / KF=0.70 / KZ=1.0 | 48.30/47.82/49.17/49.80（全差或持平） |  # 验证过 / 未验证 -- 验证：三视图跑通 + vec-check ok；最终代码输出与已打分文件 maxdiff=0；seed 0/1 稳定（56.1/56.6）；单一 `default_rng(seed)`，确定性；运行 ~5 s、内存远低于限额。-- 未验证：final 视图（E8.5+E9.5→E10.5）。机制上同样适用（在 E9.5 基底上下调增殖细胞），但 E9.5→E10.5 的组成漂移方向未经任何真值校准。-- 未做：X3 上针对心脏谱系的差异化处理（如按 celltype 分层调 KZ）——X3 输入标签是 Qiu 作者标签，硬编码规则有过拟合 A 半的风险。-- B 半风险：X3 的 de_recovery 下降与 proxy 的提升同为真实信号，期望节点分 ≈ (56.1+56.1+49.8)/3 ≈ 54。+- 验证：三视图跑通 + vec-check ok；最终 proxy 输出与父已打分文件逐字节一致；X3 最终输出实查 49.82=父值；单一 `default_rng(seed)`；运行 ~2-5 s、内存远低于限额。+- 未验证：final 视图（逻辑与父完全相同，父也未验证）；B 半。+- 预期节点分 ≈ 父（B 半 53.79 附近），改进为负结果但排除了两条被 PLAN 看好的方向。  # 下一步建议 -1. X3 的 de_recovery 损伤来自「全胚去周期化」不适用于心脏专有数据：可尝试仅当最新输入阶段的类型多样性高（如 ≥8 种类型、非单谱系）时才启用重加权，或按类型分层限制下调动幅；X3 有 2 个同数据集阶段，还可先检验 E8.75→E9.0 自身组成变化方向再定符号。-2. 组成信号已兑现（direction/cell_state），下一步最大空间在 de_recovery：copy_last 的 de_score≈0.05，可叠加「按增殖分对细胞做小幅表达倾斜」而非只改抽样（小步、逐基因、以 X3 扫系数防伤 covariation）。-3. final 视图规则式组成（方法卡 v1：Hepatocyte/Blood 扩张等）仍无人验证，可与本节点的重加权叠加。+1. X3 上"全复制→de_recovery 50 / 子抽→43"是二值的，与 covariation 收益（子抽+选择→54.9）互斥；想吃两头需要**细胞级生成**（如在低增殖方向上做细胞间插值/OT 微扰，保持 n=池 的同时改变表达分布），而不是选择或整体平移。+2. proxy 最弱组已是 covariation 54.9；de_recovery 50.96 对 28 基因倾斜完全钝感，对整体平移也钝感（节点2），建议放弃表达级微调，试组成级的更强选择形状（如按细胞类型分层配额，E8.5 有 18 个 celltype 标签，配额方向可用通用发育知识：血/肝原基扩、神经管缩）。+3. 不要再扫 KZ/KF/权重形状：proxy 与 X3 两侧均已在平台顶。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 8a32b8b..ba5f6c9 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,14 +1,12 @@ #!/usr/bin/env python3 """copy_last on the latest OFFICIAL input stage + proliferation-down composition reweighting. -Base (from parent node 2, measured):+Base (parent node 4, measured: proxy/proxy2 A-half 56.08, formal 55.62; X3 ~50.1): - external input stages (``source: external``) are never the copy base (proxy2:   Qiu E9.0 heart-only, partial panel; copying it scored 27.4 vs 50.4 official); - no pseudobulk expression shift: shift hurt monotonically on X3 (50.0 at   factor 0 -> 37.6 at 2.0) and official T1 reports constant shift < copy_last.   Cell expression values are copied untouched; only WHICH cells are output changes.--New in this node (measured: proxy 50.04 -> 56.08, proxy2 50.04 -> 56.08, X3 ~50): - per-cell proliferation score = mean log1p expression of canonical cell-cycle /   proliferation genes present in the panel (Mki67, Top2a, Pcna, Mcm2/3/5/7,   Cdk1, Bub1, Ccnb1, Ccna2, Stmn1, Tuba1b, Cdc20, Plk1, Aurka/b, Birc5, Tyms,@@ -17,16 +15,25 @@ New in this node (measured: proxy 50.04 -> 56.08, proxy2 50.04 -> 56.08, X3 ~50)   held-out stage or genotype. - sampling weight w_i = exp(-KZ * clip(z_i, -3, 3)), z = z-scored proliferation   score, KZ = 0.7. Down-weights strongly cycling cells: between E8.5 and E9.5-  the embryo shifts toward differentiated / post-mitotic populations (beating-  cardiomyocytes, differentiating ectoderm & neural tube, expanding blood), a-  general developmental-timing mechanism not calibrated on the held-out stage.+  the embryo shifts toward differentiated / post-mitotic populations, a general+  developmental-timing mechanism not calibrated on the held-out stage. - weighted subsampling WITHOUT replacement (exponential race, deterministic).   When the target cell count would keep the whole pool (X3), the pool is   subsampled to KEEP_FRAC instead of duplicating cells: with-replacement   duplication measurably hurt covariation/de_recovery on X3 (50.0 -> 47.1).-- weight-shape scan on proxy (A-half): rank-linear beta -0.5/-0.8/-0.95/-0.99-  = 51.9/53.9/55.0/55.1, hard drop top-30% = 53.5, rank^0.5 = 53.0,-  z-exp KZ 0.3/0.5/0.7/0.85/1.0 = 53.8/55.5/56.1/55.8/54.8 -> KZ=0.7.++This node (6) tested two additions on top of node 4 and REVERTED both (A-half,+seed 0; details in METHOD.md):+- adaptive KZ (gate: n cell types <= 5 -> KZ=0.15, aimed at X3 heart-only):+  X3 48.30 vs 49.82-50.11 at KZ=0.7; KZ=0 gives 47.82 and KZ=1.0 gives 49.80,+  so X3's de_recovery damage (~43 for ANY subsample vs 50 for full copy) comes+  from subsampling per se, not from the reweighting strength - KZ=0.7 stays the+  measured optimum on all three rulers.+- proliferation-gene expression tilt (x[i,g] <- max(0, x - ALPHA*clip(z,0,3))+  on cycle genes, ALPHA scanned 0.05/0.10/0.20/0.30 on proxy): proxy de_score+  did not move at all (0.0364 at every ALPHA) while cell_state/mmd degraded+  monotonically (56.06/56.04/56.00/55.96). The DE metric is insensitive to a+  28-gene tilt; the tilt is pure noise. Disabled (ALPHA=0 semantics removed).  Deterministic given --seed: one np.random.default_rng(seed), no global state. """@@ -60,13 +67,6 @@ PROLIF_GENES = [ ]  -def rank01(score: np.ndarray) -> np.ndarray:-    order = np.argsort(score, kind="stable")-    ranks = np.empty(score.shape[0], dtype=np.float64)-    ranks[order] = np.arange(score.shape[0], dtype=np.float64)-    return ranks / max(score.shape[0] - 1, 1)-- def weights_for(X: sparse.csr_matrix, var, genes: list[str]) -> np.ndarray:     """w_i = exp(-KZ * clip(z, -3, 3)) on the per-cell proliferation score."""     lower = {g.lower(): i for i, g in enumerate(genes)}

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

Confirmed: final code exactly reproduces parent optimum (X3 49.82 A-half = node 4). Writing METHOD.md:

调研员

```json
{
  "name": "自适应KZ + 增殖基因表达倾斜修复de_recovery",
  "motivation": "父节点4的de_recovery=48.68是唯一低于50地板的分组。拆解：(1) X3的de_recovery=43.1（较父节点2的50.0下降6.9），因全胚去周期化不适用于心脏单谱系（心肌在E9.0→E9.5仍强增殖），组成重加权把伪批量拉偏；(2) proxy上de_score≈0.05，copy_last不改表达值，无法恢复任何DE基因信号。两个问题分别对应X3的组成修复和proxy的表达倾斜，互不冲突。proxy/proxy2的direction 57.2、cell_state 54.7、covariation 54.6均已超地板，不应回退。",
  "approach": "在父节点4代码基础上做两处改动，保持单一default_rng(seed)确定性：\n\n【改动A：自适应KZ——修复X3 de_recovery】\n加载输入阶段后，检测谱系多样性：若obs中存在celltype/type列，统计唯一类型数n_types；若无该列，用增殖分的std作为代理（std<0.5视为单谱系）。规则：n_types≤5（或std<0.5）→ KZ_eff=0.15；否则KZ_eff=0.7（维持父节点值）。此规则是通用先验（单谱系数据无全胚级组成漂移），不硬编码X3特有标签。X3预期：重加权几乎关闭，de_recovery从43.1回到≈50，covariation维持≥54。\n\n【改动B：增殖基因表达倾斜——提升proxy de_recovery】\n抽样完成后，对每个被选中细胞i和每个covered的PROLIF_GENES基因g：delta = ALPHA * clip(z_prolif[i], 0, Z_CLIP)；x_new[i,g] = max(0, x[i,g] - delta)。即只降低高于均值增殖细胞的周期基因表达（不升高），模拟E8.5→E9.5周期基因下调的DE方向。ALPHA初始扫描（proxy A半，seed 0）：0.05 / 0.10 / 0.15 / 0.20 / 0.30，取de_recovery提升最大且covariation≥53的值。对单谱系数据（KZ_eff<0.5）：ALPHA=0（心脏细胞仍增殖，倾斜方向错误）。\n\n【扫描与验证流程】\n1. 先跑proxy seed 0、ALPHA=0（确认自适应KZ不改变proxy行为，因proxy是全胚多类型，KZ_eff仍=0.7）→1次vec-score。\n2. proxy seed 0，ALPHA=0.05→0.30，逐步扫描→最多4次。\n3. 取最佳ALPHA，跑X3→1次，确认de_recovery≥49且covariation≥53。\n4. 跑proxy2→1次（应与proxy一致，因基底同为官方E8.5）。\n5. proxy seed 1复验最佳ALPHA→1次，确认稳定。\n总查询≤8次，远在20次限额内。\n\n【单输入阶段退路】\nproxy仅一个输入阶段（E8.5）：增殖z分即时间轴代理，倾斜机制不依赖第二时间点，直接适用。proxy2/final有两个官方阶段：仍取最新官方阶段为基底，倾斜逻辑不变。若final的E9.5基底细胞类型多样性高（≥8种），KZ_eff=0.7、ALPHA正常；若低多样性则自动降级。\n\n【时间预算】\n代码改动≈30行（自适应KZ判断+倾斜循环），父节点运行1.2s，每次vec-score几秒，30分钟充裕。",
  "expected_groups": ["de_recovery"],
  "risks": "1. 表达倾斜伤covariation：PROLIF_GENES仅28个基因（占面板<0.1%），小ALPHA（≤0.2）下扰动极小；但若covariation在proxy上跌破52，立即回退ALPHA。Engineer在第2步扫描时即可发现。2. X3自适应KZ的n_types阈值（≤5）可能不准：若X3的Qiu标签有>5种类型但仍是单谱系，KZ不会降级。备选：改用top-1类型占比>70%作为判据。Engineer应先打印X3的n_types再决定。3. 提升幅度可能在噪声内（T1约2分）：预期de_recovery从48.7→51-53，节点总分从53.8→55-56；若proxy A半提升<2分，用seed 0+1两次查分确认方向一致性。4. B半风险：A半扫描的ALPHA可能在B半不最优，但平台效应（父节点KZ 0.5-0.85均等价）提示小范围内稳健。"
}
```