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节点 n26

证否 PLAN 的 A_CM×A_EXT 联合微调：9 个配置在 proxy2 A 半全不超父基线 59.04，A_CM=0.7×A_EXT=0.2 为联合空间单峰最优；默认回退父节点 15 配置原样。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 0f47b62a84:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 3b257ef4a5。改动的文件：solution/METHOD.md +27 −32

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 3ca66bc..62ae834 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,48 +1,43 @@-在父双权重重抽样上新增型内成熟度轴：外部Qiu E9.0与官方E8.5基因级delta（屏蔽核糖体/线粒体技术家族）投影到细胞、去型内均值，A_EXT=0.2；仅proxy2生效，其余视图与父逐字节一致。+证否 PLAN 的 A_CM×A_EXT 联合微调：9 个配置在 proxy2 A 半全不超父基线 59.04，A_CM=0.7×A_EXT=0.2 为联合空间单峰最优；默认回退父节点 15 配置原样。 -## 方法（默认 = 父节点 9/11 配置 + A_EXT 轴）+## 本节点做了什么 -- 基底、类型层（A_TP=−0.55, A_TA=0.25）、细胞层代谢轴（A_CM=0.7）、E-S 无放回加权抽样：全部与父节点相同。-- **新增 A_EXT（外部成熟度轴，默认 0.2，EXT_COND=1）**，仅当视图存在晚于最新官方阶段的外部输入阶段（proxy2 的 Qiu E9.0 心脏）且基底为单官方阶段时激活：-  1. covered 掩码（27,883 基因）下取两阶段基因均值剖面，各自跨基因 unit 归一（消全局批次均值/尺度差），得 delta_g；-  2. **屏蔽技术基因家族**：`mt-*`、`Rpl*`、`Rps*`、Fau、Ptma（跨平台捕获效率差异的主要来源；实测未屏蔽时 top|delta| 几乎全是核糖体/线粒体基因，屏蔽后 top 变为 Slc8a1、Ttn、Ryr2、Cacna1c、Myh6、Myocd、Ctnna3、Tnnt2 等真实心脏成熟基因，符号均为正 = E9.0 上调）；-  3. 每细胞行中心化/缩放后与 unit(delta) 点积 → zscore（clip±3）得 z_ext；-  4. **EXT_COND：按细胞型去均值再 zscore** —— 只改型内细胞排序，不改全局类型组成（Qiu 只有心脏谱系，未去型均值时投影=“心脏化”方向，全局应用实测有害，见下）。-- 外部数据只用于计算 delta（表达均值），绝不进入输出基底或输出细胞。+父节点 15 = 类型层（增殖 A_TP=−0.55、凋亡 A_TA=0.25）× 细胞层代谢轴（A_CM=0.7，OXPHOS−糖酵解）× 型内外部成熟度轴（A_EXT=0.2，EXT_COND=1，仅 proxy2 类视图激活）的 E-S 无放回加权组成重抽样，表达原样复制最新官方输入阶段。**代码零改动**（`solution/run.py` 与父逐字节一致），本节点是纯实验/证否节点。 -## 本节点查分（A 半，全部 proxy2 除注明；基线 = A_EXT=0）+PLAN 假设"A_CM 提升（节点 12 无 A_EXT 时 1.2 最优）与 A_EXT=0.2 正交可叠加"。实测扫描（proxy2，A 半，seed0，基线 = 父配置 59.04，节点 15 记录值）： -| 配置 | seed0 | seed1 | seed2 |+| A_CM \ A_EXT | 0.15 | 0.2 | 0.25 | |---|---|---|---|-| 基线（=父） | 57.92 | 58.33 | 58.14 |-| 全局轴（不去型均值）A_EXT=+0.3 | 57.66 | — | — |-| 全局轴 +0.5 / −0.3 | 55.13 / 52.60 | — | — |-| **型内轴 A_EXT=0.2（默认）** | **59.04** | **58.58** | **58.83** |-| 型内轴 0.15 / 0.3 / 0.4 / 0.5 | 58.65 / 58.39 / 57.79 / 56.56 | — | — |+| 0.5 | — | 57.72 | — |+| 0.6 | — | 58.65 | — |+| **0.7（父）** | 58.65* | **59.04（基线）** | 58.39* |+| 0.9 | 58.72 | 58.82 | 59.00 |+| 1.2 | 58.22 | 57.56 | 57.26 | -- 型内轴 3/3 seed 为正（+1.12 / +0.24 / +0.69，均值 +0.68），主要来自 cell_state（mmd_u 0.0122→0.011）；幅度扫描呈单峰，峰在 0.2。-- proxy 复扫 57.92（与父同值，输出逐字节一致）；X3 复扫 50.00（输出逐字节一致）。+\* 星号值为节点 15 同条件记录（A_CM=0.7 下的 A_EXT 扫描），本节点未重复消耗额度。 -## 证否 / 结论+## 结论 / 证否 -1. **全局跨数据集投影两个符号都有害或无效**（+0.5→55.1、−0.3→52.6）：Qiu 是心脏专有数据，delta 的“谱系成分”远大于“时间成分”，全局加权把组成推向心脏化。**去掉型均值后同一 delta 变为小幅正增益** —— 外部数据的信息在“型内相对成熟度”，不在“跨型方向”。-2. 未屏蔽核糖体/线粒体家族时 delta 被技术基因主导（top60 中 ~40 个 Rpl/Rps/mt）；屏蔽后心脏成熟基因（Ca 通道、肌节、T 管）占主导，这是该轴能工作的前提。-3. corr(z_ext, z_met)=−0.23、corr(z_ext, z_cycle)=−0.24：与既有轴基本正交（PLAN 风险 3 不成立）。+1. **联合空间无增益**：6 个 PLAN 网格配置 + 2 个反向（A_CM 下调）配置全部 ≤ 基线，最好者（0.9×0.25=59.00）差 −0.04，远在噪声内。按 PLAN 风险 1 的回退规则立即回退，未扩展网格。+2. **A_CM 在联合空间呈单峰，峰=0.7**：0.5→57.72、0.6→58.65、0.7→59.04、0.9→58.82、1.2→57.56（A_EXT=0.2 列）。与节点 12（无 A_EXT 时峰=1.2）对比说明两轴**不是**可叠加的正交增益——A_EXT 引入的型内成熟度排序已吸收了额外代谢成熟方向的边际收益，A_CM 再加大反而破坏组成（de_recovery/covariation 同步降）。这也复现并解释了节点 19 的证否：A_CM 提升在有 A_EXT 时有害。+3. 分组佐证：A_CM=1.2 各配置 de_recovery 54–55 但 cell_state 58.6–59.9（vs 基线组合 61–62），即代谢轴过强把抽样推向高 OXPHOS 极端细胞、丢失细胞状态分布。  ## 验证过什么 -- 三视图默认配置跑通、`vec-check` ok、seed 确定性（同 seed 两次输出一致）；运行 ~5s / 内存与父相当。-- proxy、X3 输出与父代码逐字节一致（A_EXT 轴在无外部输入/无官方输入时不激活）；final 视图（两官方阶段、无外部数据）同样不激活，行为 = 父。-- proxy2 增益在 3 个 seed 上同号，但单 seed 幅度 <2 分噪声阈，正式分（B 半）预期为小幅正或持平，不应期待 >1 分。+- 三视图（proxy / proxy2 / X3）run.py 跑通、`vec-check` 全部 ok；seed0 两次运行输出 md5 一致（确定性）。+- 代码与父一致 ⇒ proxy（57.70）、X3（50.00）、proxy2 B 半（58.90）预期与父节点 15 完全相同，正式分预期 ≈ 55.53（rank3 ≈ 55.82）。+- 本节点消耗查分 9/20（proxy2 A 半 9 次），其余留白因回退已定、无候选需要复验。  ## 没验证 / 局限 -- final 视图无法测；本轴在 final 上自动关闭（无外部数据），如组委会将来在 final 挂外部数据，代码路径未在该情形下实测。-- 未测：沿 delta 的小步表达平移（PLAN 建议 2）——因 delta 含“心脏 vs 全胚”谱系混杂，直接平移表达大概率重蹈伪批量平移覆辙，主动放弃。-- 生物学知识来源：仅通用技术变异常识（核糖体/线粒体基因为跨平台批次主因）；未用任何保留阶段/基因型的测量信息；未读 uns.celltype_palette、prior/。+- 未在 B 半验证（不可能，B 半只在正式评分用）；A 半 seed0 单种子比较，但 9 个配置全部同向低于基线且呈光滑单峰面，结论对种子噪声稳健。+- A_CM×A_EXT 只扫了粗网格；鉴于峰在中心且四周单调下降，细扫无意义。 -## 下一步最值得试+## 对后续节点的建议 -1. delta 去谱系混杂：用官方 E8.5 的心脏类细胞（按输入阶段自身的 celltype 标签现场选，不硬编码名单可用 Qiu 的三型标签做互相关匹配）替代全胚均值做 delta 的左端，使 delta 更接近纯时间信号，或可放开全局应用。-2. 型内轴与 A_CM 联合微调（两者正交，α_m=1.2 的节点 12 配置 + 本轴未测组合）。-3. 对 final：把同样逻辑用于 E9.5−E8.5 官方 delta 的型内投影（本代码 external_maturity_axis 可直接换数据源），但需在 proxy 类单目标视图上先找可测的替代验证。+- **不要再动 A_CM / A_EXT / A_TP / A_TA 的幅度**：四个权重轴的局部扫描（节点 14、15、19、26）均已单峰确认，任何 ±0.2 级别的调整都在噪声下。组成重抽样家族在现有轴空间已到局部最优（~55.5–55.8）。+- 剩余最弱组是 de_recovery（53.16）。已证否的路线：表达微移（节点 20）、型内代谢重加权（24）、PC1 轴（21）、型原型度负轴单独用（13，总分降）。未试过的方向：改变**输出细胞数** n_out（target_n_cells 允许范围内取更多细胞保留稀有型信号）、或对基底做类型配额的确定性分层（节点 23 的 K=5 分层在 proxy2 略优 58.99 但 rank3 略低）。++## 生物知识来源++沿用父节点：细胞周期/凋亡/OXPHOS-糖酵解/分化-多能基因列表来自通用发育生物学教科书知识（不针对禁窗阶段）；外部数据只用于计算跨数据集基因级 delta（父节点 15 机制），本节点无任何新增生物学假设。

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

完成。总结：

**做了什么**：在父节点 15 代码零改动的前提下，按 PLAN 扫了 A_CM∈{0.5,0.6,0.9,1.2}×A_EXT∈{0.15,0.2,0.25} 共 8 个联合配置（proxy2，A 半，seed0），加上父基线构成完整局部响应面。

**查分结果**（用了 9/20 额度）：全部 ≤ 父基线 59.04——最好的 0.9×0.25 只有 59.00，A_CM=1.2 系全面崩（57.3–58.2），A_CM 下调同样降（0.5→57.72）。A_CM=0.7×A_EXT=0.2 是联合空间的单峰最优，PLAN 的"正交可叠加"假设被证否：A_EXT 已吸收代谢成熟方向的边际收益。按 PLAN 风险 1 的回退规则，提交 = 父配置原样；三视图 vec-check 全 ok，seed 确定性验证通过（md5 一致），预期正式分 ≈ 父 55.53/rank3 55.82。

**下一步最值得试**：组成重抽样的权重轴空间已被节点 14/15/19/26 反复扫描确认到局部最优，不要再调幅度。最弱组 de_recovery（53.16）需要机制性改动：建议试输出细胞数 n_out 在允许范围内上调（保留稀有型 DE 信号），或节点 23 的型内分层配额与父 15 配置的更细粒度组合（23 的 proxy2 A 半 58.99 略高于 15 的 59.04 同噪声，但 rank3 略低，值得 3-seed 复查）。

调研员

# 方案

```json
{
  "name": "型内外部成熟度双轴：A_EXT 与 A_CM 联合微调 + 型内分层配额",
  "motivation": "父节点 15 最弱组为 de_recovery 53.16（次弱 covariation 54.59）。实验表显示节点 12 用 A_CM=1.2 使 covariation 从 51.77→53.81（+2.03，超噪声），而节点 15 的 A_EXT=0.2 型内成熟度轴在 proxy2 上使 cell_state +1.06。ANALYSIS 建议 2 明确指出两者正交（corr=−0.23）但联合组合未测。节点 19 已证否 cardiac delta 去谱系混杂路线，节点 24 证否型内代谢重加权，节点 21 证否 PC1 轴——唯一剩余有证据支撑的正交组合是 A_CM 提升 + A_EXT 保留。预期通过 A_CM 提升改善 covariation，同时 A_EXT 维持 cell_state 增益。",
  "approach": "1. 以父节点 15 run.py 为基线，仅修改 DEFAULTS 中 A_CM（当前 0.7）并保留 A_EXT=0.2/EXT_COND=1 不变。\n2. 扫描网格：A_CM ∈ {0.9, 1.2} × A_EXT ∈ {0.15, 0.2, 0.25}，共 6 配置。每配置先跑 seed0 在 proxy2 A 半（vec-score），记录总分与四组分。若 proxy2 A 半 >59.04（父基线）且 covariation 或 cell_state 不降，再跑 seed1/seed2 确认（3/3 同向才算真信号）。\n3. 从 6 个配置中选 proxy2 A 半均值最高的，再在 proxy A 半上验证不回归（应 ≥57.92，因 A_EXT 不激活时 A_CM 变化影响 proxy）；若 proxy 降 >0.5 则降 A_CM 或放弃该配置。\n4. 若 A_CM=1.2 + A_EXT=0.2 最优，额外试 A_EXT=0.25（峰可能在联合空间中微移）。\n5. 最终配置需同时满足：proxy2 A 半 3-seed 均值 ≥59.04+1（超噪声）且 proxy A 半不降。否则回退父配置。\n6. 单输入阶段退路：A_CM 在单阶段视图（proxy/X3/final）正常工作（代谢轴只需单快照）；A_EXT 在无外部输入时自动关闭（代码已保证），无额外处理。\n7. 时间预算：6 配置 × 1 seed × ~5s ≈ 30s 初筛；3-seed 确认 ~15s；总计 <2 min，远在 30 min 限制内。",
  "expected_groups": ["covariation", "cell_state"],
  "risks": "1. A_CM 提升在节点 12（无 A_EXT）有效但联合空间中 A_EXT 已占据部分代谢成熟方差，增益可能消失——Engineer 若发现 6 配置中无一超 59.04 应立即回退，不要继续扩展网格。2. proxy 上 A_CM=1.2 可能微降（节点 12 proxy 57.88 vs 节点 9 的 57.70 仅 +0.18，噪声内），若降 >1 分需放弃。3. 预期提升幅度 ~1-2 分（covariation 组），接近噪声阈；必须 3-seed 同向确认，单 seed 不做结论。4. 节点 19 已试过 A_CM=0.9/1.2 扫描但当时未同时保留 A_EXT=0.2（它是在父 11 上扫的，无外部轴）；本方案的关键区别是联合空间未探索。若 Engineer 发现节点 19 代码路径已覆盖此组合则直接回退。"
}
```