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节点 n25 在终选来历上

在父23基底上换细胞层权重（代谢A_CM=1.2、删凋亡轴A_TA=0，即节点12/14家族）并把外部成熟度轴提到A_EXT=0.4；实测证否PLAN的|delta_z|截断（TAU=1.0/1.5/2.0全降分）。K=5分层保留。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 23e9ccfcba:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 95a1909fce。改动的文件：solution/METHOD.md +35 −27、solution/run.py +12 −3

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex d9769bc..b97cfac 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,43 +1,51 @@-双层权重重抽样 + 型内代谢分层配额抽样(K=5) + 外部成熟度轴 A_EXT=0.2（跨数据集基因级 delta 投影，仅 proxy2 类视图生效），表达原样复制。+在父23基底上换细胞层权重（代谢A_CM=1.2、删凋亡轴A_TA=0，即节点12/14家族）并把外部成熟度轴提到A_EXT=0.4；实测证否PLAN的|delta_z|截断（TAU=1.0/1.5/2.0全降分）。K=5分层保留。  ## 方法 -- 基底：最新官方输入阶段（`inputs_by_time(include_external=False)[-1]`；无官方阶段时退回外部输入，如 X3）。表达不改，只改哪些细胞被保留。-- 类型层：`w_t = exp(-0.55·z_prolif_t + 0.25·(-z_apopt_t))`（34 周期 / 13 促凋亡基因，型间 z，clip±3，型细胞 <5 时 w=1）。-- 细胞层：`w_i = exp(0.7·z_met_i + 0.2·z_ext_i)`，z_met = OXPHOS(13)−糖酵解(10) 每细胞均值 z。-- **A_EXT 轴（重新实现节点 15 机制）**：仅当视图同时有官方与外部输入阶段时激活（proxy2；proxy/X3/final 不激活）。delta_g = mean(外部 Qiu E9.0) − mean(官方最新)，限 covered 基因（`covered_mask`，不输出补齐列），屏蔽 mt-/Rpl*/Rps* 技术家族（平台/文库差异，通用知识），跨基因 z（clip±3）后投影 `proj_i = X_i·delta_z`（稀疏 matvec），去型内均值再 z，乘入细胞层权重。选择"已经偏向更晚外部状态"的细胞。-- **型内分层配额抽样（K_STRAT=5，新）**：型配额 n_t 按型权重和用最大余数法分配（容量=型细胞数，溢出水位重分配）；型内按 z_met 分 K 个等频层，层配额按层权重和分配（容量=层大小）；层内 Efraimidis–Spirakis 无放回加权抽样。型细胞 <2K 或 n_out≥池 时退化为 E-S / 恒等（X3 恒等）。`default_rng(seed)`，按型/层固定顺序消耗随机数，确定。--## 本节点查分（A 半，本地口径，8 次）--| 配置 | proxy | proxy2 |+- 基底与机制同父节点23：最新官方输入阶段细胞表达原样复制，仅改组成（类型层×细胞层权重的 K=5 型内分层配额抽样）。+- **本节点改动**（全部由查分驱动）：+  1. 细胞层权重换为 `exp(1.2·z_met + 0.4·z_ext)`（原 `0.7·z_met + 0.2·z_ext`），删除类型层凋亡轴（A_TA 0.25→0）。即把节点12/14已验证的"代谢1.2+无凋亡"细胞层与节点15/23的外部成熟度轴、K=5分层首次组合。+  2. 新增可选 TAU 参数（|delta_z| 截断，默认0=关闭，实测有害）。+- A_EXT 轴机制不变：外部Qiu E9.0与官方最新的基因级delta，covered掩码、屏蔽mt-/Rpl*/Rps*、跨基因z、投影去型内均值再z；仅proxy2类视图激活；X3/proxy/final不激活。+- K_STRAT=5 分层、A_TP=-0.55、E-S抽样、确定性均同父。++## 本节点查分（A半，20次用满）++proxy2（seed 0）：+| 配置 | 分数 |+|---|---|+| 父23复现（TAU=0） | 59.17 |+| TAU=1.0 / 1.5 / 2.0（A_EXT=0.2,K5） | 58.13 / 58.60 / 58.44 → **PLAN截断证否** |+| A_EXT=0.3 / 0.4（A_CM=0.7,K5） | 58.43 / 58.19 → 旧基底上0.2仍是峰 |+| **A_CM=1.2,A_TA=0：A_EXT=0.2 / 0.3 / 0.4 / 0.6** | 59.30 / 59.50 / **59.68** / 59.31 |++proxy（A_EXT不激活）：+| 配置 | seed0 | seed1 | |---|---|---|-| K=0, A_EXT=0（=父 11 复现） | 57.92 | — |-| K=0, A_EXT=0.2（=节点 15 复现） | — | 59.15 |-| A_EXT 扫描（K=0，proxy2） | — | 0.1→58.00，**0.2→59.15**，0.3→58.77，0.4→57.98，0.7→55.70 |-| **K=5, A_EXT=0.2（提交配置）** | **58.04**（seed1 58.20） | **59.17**（seed1 58.47） |-| K=10, A_EXT=0.2 | 57.78 | 57.97 |+| A_CM=1.2, A_TA=0, K5 | **58.42** | **58.38**（父本地58.04） |+| A_CM=0.9 / 1.35 / 1.5 | 57.88 / 56.41 / 55.77 | — |  ## 结论 / 证否 -1. A_EXT=0.2 复扫确认为峰（0.1/0.3/0.4/0.7 均更低，0.7 掉 3.5 分）；A_EXT 提升主要来自 de_recovery(+0.6) 与 cell_state(+2.8)，direction 微降。-2. **PLAN 的分层假设部分证否**：K=5 没有提升 covariation（proxy 56.73→56.32，proxy2 57.32→56.15，variogram 一致变差），但一致提升 cell_state（mmd_u 一致变小，proxy2 +1.16）；两个视图净分各 +0.12/+0.02，噪声内、方向一致为正，故保留 K=5。K=10 两视图均更低（proxy2 −1.2），分层不是越细越好。-3. X3：n_out==池 → 恒等输出，50.00，与父一致（A_EXT 在无官方输入时不激活，分层退化为恒等）。+1. **PLAN步骤1证否**：|delta_z|截断在所有TAU下均降分（-0.6~-1.0），且de_recovery完全不变（de_score恒0.1636）——截断只伤cell_state/covariation。de_recovery对组成重抽样的权重方向不敏感（A_EXT 0.2→0.4、TAU全扫描下de_score只有0.1636/0.1818/0.2几档），组成法可能已接近该指标上限。+2. **PLAN步骤2在旧基底上证否**：A_CM=0.7时A_EXT=0.2仍是峰（0.3/0.4更低），与父节点K=0扫描一致。+3. **意外发现（超出PLAN）**：换细胞层基底（A_CM=1.2、A_TA=0，节点14家族）后，proxy升至58.42/58.38（两seed一致，+0.37），且A_EXT峰右移到0.4（59.68，比A_EXT=0.2高+0.38）；两效应同向叠加。A_CM=1.2在proxy上也是局部峰（0.9/1.35/1.5全更低）。+4. 增幅均在T1噪声（~2分）内，但proxy双seed方向一致、proxy2单调峰形清晰，且是"已验证组件的未测组合"（节点14基底×节点23机制），非单参数微调。  ## 验证过什么 -- 三视图默认配置跑通、`vec-check` ok；proxy/proxy2 各 2 个 seed（0/1）查分稳定（58.0–59.2）。-- K=0+A_EXT=0 在 proxy 上逐字节复现父节点 11（57.92 本地口径一致）；K=0+A_EXT=0.2 复现节点 15 的 proxy2 增益。-- 运行时 ~5 s、峰值内存 ~1.3 GB，远低于限额。+- 三视图默认配置跑通、vec-check全ok；X3输出与父配置逐字节一致（恒等，50.00）；proxy输出与A_EXT无关（不激活），A_EXT默认改0.4不影响proxy/final。+- 默认参数输出与查分文件逐字节一致（cmp通过）。+- 运行~4.5 s，内存远低于限额。  ## 没验证 / 局限 -- final 视图（E8.5+E9.5→E10.5）无法测：A_EXT 在 final 不激活（无外部输入），行为=分层版父节点；X3/final 上分层是否有害未知（X3 恒等所以无害）。-- B 半分数未知；proxy 上 +0.12、proxy2 上 +1.25（对父）中前者在噪声内。-- 生物学知识来源：周期/凋亡/OXPHOS/糖酵解基因清单（教科书级通路成员）；mt-/核糖体基因为跨平台技术家族属通用测序知识；无任何保留阶段/基因型测量。未读 `uns.celltype_palette`、prior/。+- A_EXT=0.4只测了seed 0；proxy2上0.3/0.4/0.6差<0.4分，B半峰位可能不同（但0.2明显更低的方向稳）。+- final视图（E8.5+E9.5）：A_EXT不激活，行为=节点14权重+K5分层，未测（final无法本地测）。+- 生物学知识来源：周期/凋亡/OXPHOS/糖酵解基因清单（教科书级通路成员）；mt-/核糖体为跨平台技术家族（通用测序知识）；无任何保留阶段/基因型测量。未读uns.celltype_palette、prior/。  ## 下一步最值得试 -1. A_EXT 的 delta 用型匹配（官方心脏类型 vs Qiu 心脏亚型）而非全细胞均值，或按 |delta_z| 截断取稳健基因子集——节点 19 已证否"去谱系混杂"，但基因子集稳健化未测。-2. de_recovery 是唯一随 A_EXT 增大单调升的组（0.4 时 55.21），direction 是代价；试"选择用 A_EXT=0.4 的投影排序 + 配额分层保分布"解耦两者。-3. proxy（单官方阶段）侧已多轮无增益；剩余空间可能在 prior/ 通路资源定义的更细代谢/成熟轴，而非现有四基因集。+1. A_EXT=0.4基底下扫K_STRAT（3/7）与A_TP（-0.4/-0.7）：新权重组合下其他系数的峰位可能也移动了。+2. de_recovery对组成权重不敏感→要提升它可能需要改表达（如快照内梯度基因微移，节点20已证否全局版，可试更温和的型内版）或改细胞身份组合（POOL=1跨阶段池）。+3. proxy侧A_CM=1.2峰很尖（1.35掉2分），值得试"型内z_met"或分位数化的代谢轴替代全局z，让峰更宽更稳。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex c15c167..b0ffe5b 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -7,7 +7,7 @@ copied verbatim; only which cells are kept changes. Weight layers, all computed on the fly from the view:   * type layer : w_t = exp(A_TP*z_prolif_t - A_TA*z_apopt_t + A_TR*n_iv*logratio)   * cell layer : w_i = exp(A_CP*z_prolif_i - A_CA*z_apopt_i + A_CM*z_met_i-                          + A_EXT*z_ext_i)+                          + A_EXT*z_ext_i)  (submitted config: A_CM=1.2, A_TA=0)   * A_EXT axis (only when an external input stage AND an official input stage     exist, e.g. proxy2): gene-level delta = mean(external) - mean(official     latest) restricted to covered genes, ribosomal/mito families masked,@@ -53,8 +53,9 @@ GLYC = ["Slc2a1", "Slc2a3", "Hk1", "Hk2", "Pfkp", "Pgk1", "Pgam1", "Eno1", "Ldha # preparation / platform driven, general knowledge, not stage measurements). MASK_PREFIX = ("mt-", "Rpl", "Rps") -DEFAULTS = dict(A_TP=-0.55, A_TA=0.25, A_CP=0.0, A_CA=0.0, A_CM=0.7,-                A_EXT=0.2, K_STRAT=5, A_TR=0.0, MIN_TYPE_CELLS=5, POOL=0)+DEFAULTS = dict(A_TP=-0.55, A_TA=0.0, A_CP=0.0, A_CA=0.0, A_CM=1.2,+                A_EXT=0.4, K_STRAT=5, A_TR=0.0, MIN_TYPE_CELLS=5, POOL=0,+                TAU=0.0) INT_KEYS = ("MIN_TYPE_CELLS", "POOL", "K_STRAT")  @@ -250,6 +251,14 @@ def main():                 ext_mean = np.asarray(ea.X[:, sel].mean(axis=0), dtype=np.float64).ravel()                 delta = ext_mean - off_mean                 delta = zscore(delta)+                if args.TAU > 0:+                    keep_z = np.abs(delta) >= args.TAU+                    n_keep = int(keep_z.sum())+                    import sys+                    print(f"[A_EXT] TAU={args.TAU}: kept {n_keep}/{len(sel)} genes",+                          file=sys.stderr)+                    if n_keep >= 50:+                        delta = np.where(keep_z, delta, 0.0)                 Xc = adata.X.tocsr()                 proj = np.asarray(Xc[:, sel] @ delta, dtype=np.float64).ravel()                 proj = proj - tmean(proj)[inv]  # remove type-level mean

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

**做了什么**：实现并扫描 PLAN 的 |delta_z| 截断（TAU）→ 全部降分，证否；旧基底 A_EXT 重扫 → 0.2 仍峰，证否。转向组合已验证组件：细胞层换节点 14 家族权重（A_CM=1.2、删凋亡轴），与新基底组合后 A_EXT 峰右移到 0.4，提交配置 A_CM=1.2 / A_TA=0 / A_EXT=0.4 / K=5。

**查分（A 半，20/20 用满）**：proxy 58.42（seed1 58.38，父 58.04）；proxy2 59.68（父 59.17）；X3 输出与父逐字节一致（恒等 50.00）。三视图 vec-check 通过，默认参数输出与查分文件 cmp 一致，运行 ~4.5s。增幅在噪声内但双 seed/峰形方向一致。

**下一步最值得试**：① 新基底下重扫 K_STRAT/A_TP（峰位可能整体移动）；② de_recovery 对组成权重几乎不敏感（de_score 仅几档取值），提升它可能需改表达或 POOL=1 跨阶段池化；③ proxy 上 A_CM=1.2 峰很尖（1.35 掉 2 分），试型内/分位数化代谢轴拓宽峰。

调研员

{
  "name": "A_EXT delta基因|z|截断稳健化 + A_EXT强度×K5分层解耦扫描",
  "motivation": "节点23最弱两组为de_recovery 52.97、covariation 54.07。ANALYSIS明确建议'按|delta_z|截断取稳健基因子集'（未测）。当前A_EXT投影用全部~27k covered基因，大量低|delta|噪声基因稀释成熟度信号。同时，de_recovery随A_EXT单调升（0.4时达55.21）但direction降（代价），而K=5分层已证明保分布、改善cell_state——将A_EXT提到0.3-0.4并与K=5组合，有望在分层保分布的前提下解耦de_recovery与direction的权衡（该组合未测过）。",
  "approach": "步骤1（基因截断）：在delta_g跨基因z-score后，新增掩码 keep = |z| >= TAU，将|z|<TAU的基因delta置0再投影。TAU初值1.5，扫描{1.0, 1.5, 2.0}，在proxy2上用A_EXT=0.2+K=5查分（每配置1次，共3次）。监控：截断后剩余基因数应≥200，否则降TAU。步骤2（A_EXT重扫）：取步骤1最优TAU，扫A_EXT∈{0.2, 0.3, 0.4}（proxy2，K=5，每配置2个seed 0/1）。预期A_EXT=0.3或0.4在分层保护下de_recovery提升而direction不降。步骤3（proxy验证）：确认proxy分数不变（A_EXT不激活，应逐字节一致）。步骤4：若proxy2 A半de_recovery≥54且covariation≥54，提交；否则回退父配置。总查分≤10次（3+6+1），时间预算：代码改动<10分钟（仅加一个布尔掩码+参数），每次查分~5秒。单阶段退路：proxy/X3/final无外部输入，A_EXT不激活，行为=父节点23（K=5分层+双权重），无任何改变。",
  "expected_groups": ["de_recovery", "covariation"],
  "risks": "1) TAU过高（2.0）剩余基因太少（<100），投影不稳定→Engineer应打印截断后基因数，<200即降TAU。2) 改善幅度<2分噪声→用2个seed确认方向一致性，两seed同向且均值>1分才算正信号。3) A_EXT=0.4+K=5仍无法解耦direction→若direction掉>1分，回退A_EXT=0.2。4) 截断可能损害covariation（若被截掉的基因携带协方差信息）→监控covariation，若降>1分则放弃截断只保留A_EXT重扫。"
}

审查员

REVIEW.json written