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节点 n19

系统证否 PLAN 两项改动（A_CM 提升、delta 去谱系混杂），默认回退父节点 15 配置：类型层×细胞层×型内外部成熟度轴的组成重抽样。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git d61a56d900:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 3b257ef4a5。改动的文件：solution/METHOD.md +30 −34、solution/run.py +38 −4

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 3ca66bc..b979e0f 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,48 +1,44 @@-在父双权重重抽样上新增型内成熟度轴：外部Qiu E9.0与官方E8.5基因级delta（屏蔽核糖体/线粒体技术家族）投影到细胞、去型内均值，A_EXT=0.2；仅proxy2生效，其余视图与父逐字节一致。+# 系统证否 PLAN 两项改动（A_CM 提升、delta 去谱系混杂），默认回退父节点 15 配置：类型层×细胞层×型内外部成熟度轴的组成重抽样。 -## 方法（默认 = 父节点 9/11 配置 + A_EXT 轴）+## 方法（默认 = 父节点 15，输出逐字节一致） -- 基底、类型层（A_TP=−0.55, A_TA=0.25）、细胞层代谢轴（A_CM=0.7）、E-S 无放回加权抽样：全部与父节点相同。-- **新增 A_EXT（外部成熟度轴，默认 0.2，EXT_COND=1）**，仅当视图存在晚于最新官方阶段的外部输入阶段（proxy2 的 Qiu E9.0 心脏）且基底为单官方阶段时激活：-  1. covered 掩码（27,883 基因）下取两阶段基因均值剖面，各自跨基因 unit 归一（消全局批次均值/尺度差），得 delta_g；-  2. **屏蔽技术基因家族**：`mt-*`、`Rpl*`、`Rps*`、Fau、Ptma（跨平台捕获效率差异的主要来源；实测未屏蔽时 top|delta| 几乎全是核糖体/线粒体基因，屏蔽后 top 变为 Slc8a1、Ttn、Ryr2、Cacna1c、Myh6、Myocd、Ctnna3、Tnnt2 等真实心脏成熟基因，符号均为正 = E9.0 上调）；-  3. 每细胞行中心化/缩放后与 unit(delta) 点积 → zscore（clip±3）得 z_ext；-  4. **EXT_COND：按细胞型去均值再 zscore** —— 只改型内细胞排序，不改全局类型组成（Qiu 只有心脏谱系，未去型均值时投影=“心脏化”方向，全局应用实测有害，见下）。-- 外部数据只用于计算 delta（表达均值），绝不进入输出基底或输出细胞。+- 基底 = 最新官方输入阶段，细胞表达原样复制；类型层 w_t=exp(-0.55·z_prolif_t+0.25·z_apopt_t)，细胞层 w_i=exp(0.7·z_met_i+A_EXT·z_ext_i)，Efraimidis-Spirakis 无放回加权抽样。+- A_EXT=0.2（EXT_COND=1）：外部 Qiu E9.0 与官方最新阶段的基因级 delta（covered 基因、unit 归一、屏蔽 mt-/Rpl*/Rps*/Fau/Ptma），投影到每细胞、按型去均值，仅当存在晚于官方阶段的外部输入且单官方基底时激活（实际只有 proxy2）。+- 新增代码（默认关闭，EXT_CARDIAC=0）：delta 左端可改为官方阶段中与外部剖面相关性最高的细胞类型子集（现场按 covered 基因 unit 剖面 Pearson r ≥ r_max−EXT_RTH 选取，n≥20 兜底回退全胚），以及 EXT_BLEND 在两个 unit delta 间插值；EXT_COND=0 可全局应用。 -## 本节点查分（A 半，全部 proxy2 除注明；基线 = A_EXT=0）+## 本节点实验（A 半，proxy2 seed0 除注明；基线 = 父配置 59.04/58.58/58.83 三 seed） -| 配置 | seed0 | seed1 | seed2 |+| 配置 | s0 | s1 | s2 | |---|---|---|---|-| 基线（=父） | 57.92 | 58.33 | 58.14 |-| 全局轴（不去型均值）A_EXT=+0.3 | 57.66 | — | — |-| 全局轴 +0.5 / −0.3 | 55.13 / 52.60 | — | — |-| **型内轴 A_EXT=0.2（默认）** | **59.04** | **58.58** | **58.83** |-| 型内轴 0.15 / 0.3 / 0.4 / 0.5 | 58.65 / 58.39 / 57.79 / 56.56 | — | — |--- 型内轴 3/3 seed 为正（+1.12 / +0.24 / +0.69，均值 +0.68），主要来自 cell_state（mmd_u 0.0122→0.011）；幅度扫描呈单峰，峰在 0.2。-- proxy 复扫 57.92（与父同值，输出逐字节一致）；X3 复扫 50.00（输出逐字节一致）。--## 证否 / 结论--1. **全局跨数据集投影两个符号都有害或无效**（+0.5→55.1、−0.3→52.6）：Qiu 是心脏专有数据，delta 的“谱系成分”远大于“时间成分”，全局加权把组成推向心脏化。**去掉型均值后同一 delta 变为小幅正增益** —— 外部数据的信息在“型内相对成熟度”，不在“跨型方向”。-2. 未屏蔽核糖体/线粒体家族时 delta 被技术基因主导（top60 中 ~40 个 Rpl/Rps/mt）；屏蔽后心脏成熟基因（Ca 通道、肌节、T 管）占主导，这是该轴能工作的前提。-3. corr(z_ext, z_met)=−0.23、corr(z_ext, z_cycle)=−0.24：与既有轴基本正交（PLAN 风险 3 不成立）。+| 基线（父） | 59.04 | 58.58 | 58.83 |+| A_CM=1.2（节点12值） | 57.56 | 58.40 | — |+| A_CM=0.9 | 58.82 | — | — |+| A_CM=1.2 在 proxy | 56.18（父 57.92） | — | — |+| cardiac delta rth=0.05 | 58.75 | 58.57 | 58.75 |+| cardiac rth=0.10 / 0.02 | 58.97 / 58.19 | — | — |+| cardiac + A_EXT=0.15 / 0.3 | 59.05 / 57.55 | — | — |+| cardiac 全局 EXT_COND=0, A_EXT=0.2 / 0.4 | 58.57 / 55.80 | — | — |+| blend(whole,cardiac)=0.5 | 58.51 | — | — |++## 证否结论++1. **A_CM 提升有害**：α_m=1.2 在节点 12 框架（无凋亡轴）最优，但与 A_TA=0.25 凋亡轴联合后在 proxy（−1.74）和 proxy2（−1.48/−0.18）均回归；0.9 也不胜 0.7。两框架的轴权重不可跨框架移植，α_m=0.7 保持。+2. **delta 去谱系混杂无效**：用官方 E8.5 中与 Qiu 剖面相关性 top 的心脏类细胞（rth=0.05 选出 SV-CM、OFT/RV-CM、AVC-CM、IFT-CM、aSHF，~3.8k 细胞）替代全胚均值后，de_recovery 一致 +0.57（54.64→55.21），但 cell_state −1.0，净分持平或略降；rth 扫描、A_EXT 重扫、whole/cardiac 插值均未超基线。说明该轴的增益恰恰依赖 delta 中保留的谱系对比成分经型内去均值后的残余排序信息，"更纯的时间信号"假设不成立（在本评测内）。+3. **去混杂后全局应用仍有害**：EXT_COND=0 + cardiac delta（A_EXT=0.2→58.57、0.4→55.80）均低于条件化基线，确认父节点"全局组成不可动"的结论不因 delta 纯度改变。  ## 验证过什么 -- 三视图默认配置跑通、`vec-check` ok、seed 确定性（同 seed 两次输出一致）；运行 ~5s / 内存与父相当。-- proxy、X3 输出与父代码逐字节一致（A_EXT 轴在无外部输入/无官方输入时不激活）；final 视图（两官方阶段、无外部数据）同样不激活，行为 = 父。-- proxy2 增益在 3 个 seed 上同号，但单 seed 幅度 <2 分噪声阈，正式分（B 半）预期为小幅正或持平，不应期待 >1 分。+- 三视图（proxy/proxy2/X3）默认配置跑通、vec-check ok；proxy2 输出与父代码逐字节一致（cmp 通过），proxy/X3 轴不激活路径未改动；seed 确定性由逐字节复现确认。+- 全部 11 次查分共用 A 半；正式分（B 半）预期 = 父节点（55.53 附近），无回归风险。  ## 没验证 / 局限 -- final 视图无法测；本轴在 final 上自动关闭（无外部数据），如组委会将来在 final 挂外部数据，代码路径未在该情形下实测。-- 未测：沿 delta 的小步表达平移（PLAN 建议 2）——因 delta 含“心脏 vs 全胚”谱系混杂，直接平移表达大概率重蹈伪批量平移覆辙，主动放弃。-- 生物学知识来源：仅通用技术变异常识（核糖体/线粒体基因为跨平台批次主因）；未用任何保留阶段/基因型的测量信息；未读 uns.celltype_palette、prior/。+- cardiac delta 的 de_recovery +0.57（3/3 seed 同向）是唯一弱正子信号，但被 cell_state 抵消；未探索"只把 cardiac delta 用于 de 相关方向、whole delta 用于型内排序"的双 delta 分解。+- final 视图（两官方阶段）不可测，行为 = 父。+- 生物学知识来源：仅父节点已有的通用发育标记常识（DIFF/PROG 列表）与跨平台技术变异常识；cardiac 类型选取为现场相关性计算，无硬编码名单；未用任何保留阶段/基因型信息，未读 uns.celltype_palette。  ## 下一步最值得试 -1. delta 去谱系混杂：用官方 E8.5 的心脏类细胞（按输入阶段自身的 celltype 标签现场选，不硬编码名单可用 Qiu 的三型标签做互相关匹配）替代全胚均值做 delta 的左端，使 delta 更接近纯时间信号，或可放开全局应用。-2. 型内轴与 A_CM 联合微调（两者正交，α_m=1.2 的节点 12 配置 + 本轴未测组合）。-3. 对 final：把同样逻辑用于 E9.5−E8.5 官方 delta 的型内投影（本代码 external_maturity_axis 可直接换数据源），但需在 proxy 类单目标视图上先找可测的替代验证。+1. 停止在 A_EXT 轴上做参数/纯度微调（本节点 11 次查分确认 59.04 是该机制的局部峰）；proxy2 独有信号已榨干。+2. 弱正信号 de_recovery：尝试独立于外部数据的 DE 恢复机制（如型内按"E8.5→E9.5 官方可算的伪 DE 方向"排序细胞，final 上同样可用），这是三视图通用的分组。+3. covariation（B 半 54.59）从未被正面优化：抽样时保留型内协方差结构（如按转录程序分块配额）可能比继续调权重更有效。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 500d18b..e51b62b 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -57,6 +57,7 @@ PROG = ["Sox2", "Pou5f1", "Nanog", "T"]  DEFAULTS = dict(A_TP=-0.55, A_TA=0.25, A_CP=0.0, A_CA=0.0, A_CM=0.7,                 A_TD=0.0, A_CD=0.0, A_TR=0.0, A_EXT=0.2, EXT_COND=1,+                EXT_CARDIAC=0.0, EXT_RTH=0.05, EXT_BLEND=1.0,                 MIN_TYPE_CELLS=5, POOL=0)  @@ -87,13 +88,20 @@ def unit(x):     return (x - m) / s  -def external_maturity_axis(view, manifest, official_entries, adata, genes):+def external_maturity_axis(view, manifest, official_entries, adata, genes,+                           cardiac=True, rth=0.05, blend=1.0):     """Per-cell projection onto the cross-dataset gene-level time delta.      delta_g = unit(mean_ext(g)) - unit(mean_official(g)) over covered genes     (unit = centred/scaled across genes, cancelling global batch offsets),     then s_i = (row-centred/scaled cell profile) . unit(delta); returned as     z-scored per-cell values. None when not applicable.++    cardiac=True de-confounds the lineage composition: the official endpoint+    uses only cell types whose mean profile correlates (over covered genes)+    with the external profile within `rth` of the best-matching type, so delta+    approximates a pure temporal maturation signal instead of heart-vs-whole-+    embryo contrast. Falls back to the whole-embryo mean if too few cells.     """     ext = view_io.external_inputs(manifest)     if not official_entries or not ext:@@ -110,8 +118,33 @@ def external_maturity_axis(view, manifest, official_entries, adata, genes):     if cov.sum() < 100:         return None     mu_ext = np.asarray(a_ext.X.mean(axis=0), dtype=np.float64).ravel()[cov]-    mu_off = np.asarray(a_off.X.mean(axis=0), dtype=np.float64).ravel()[cov]-    delta = unit(unit(mu_ext) - unit(mu_off))+    Xo = a_off.X[:, cov]+    mu_off_all = np.asarray(Xo.mean(axis=0), dtype=np.float64).ravel()+    mu_off = mu_off_all+    if cardiac:+        ue = unit(mu_ext)+        labs, _ = type_labels(a_off)+        uniq = np.unique(labs)+        rs, sel_keep = [], []+        for t in uniq:+            s = labs == t+            if s.sum() < 20:+                continue+            p = unit(np.asarray(Xo[s].mean(axis=0), dtype=np.float64).ravel())+            rs.append(float(p @ ue) / len(p))+            sel_keep.append(t)+        if rs:+            rs = np.asarray(rs)+            keep = set(np.asarray(sel_keep)[rs >= rs.max() - rth])+            m = np.isin(labs, list(keep))+            if m.sum() >= 20:+                mu_off = np.asarray(Xo[m].mean(axis=0), dtype=np.float64).ravel()+    d_all = unit(unit(mu_ext) - unit(mu_off_all))+    if cardiac and mu_off is not mu_off_all and blend < 1.0:+        d_card = unit(unit(mu_ext) - unit(mu_off))+        delta = unit((1.0 - blend) * d_all + blend * d_card)+    else:+        delta = d_all if not cardiac else unit(unit(mu_ext) - unit(mu_off))     # drop protocol-sensitive technical families (mitochondrial, cytosolic     # ribosomal proteins, ubiquitin-ribosomal fusions): known drivers of     # cross-platform batch differences, not time signal@@ -251,7 +284,8 @@ def main():      z_ext_c = np.zeros(adata.n_obs)     if args.A_EXT and not multi and len(use_entries) == 1 and official_entries:-        res = external_maturity_axis(view, manifest, official_entries, adata, genes)+        res = external_maturity_axis(view, manifest, official_entries, adata, genes,+                                     cardiac=bool(args.EXT_CARDIAC), rth=args.EXT_RTH, blend=args.EXT_BLEND)         if res is not None:             z_ext_c = res[0]             if args.EXT_COND:

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

**完成。**做了什么：系统检验 PLAN 两项改动——(1) A_CM∈{0.9,1.2}（节点12配置移植）在 proxy 和 proxy2 上均有害（proxy −1.74）；(2) delta 去谱系混杂（用 E8.5 中心脏相关类型作左端，现场相关性选取）：de_recovery 一致 +0.57 但 cell_state −1.0，净分持平略降；rth/A_EXT/blend/全局应用扫描（共 11 次查分）均未超基线 59.04。默认回退父节点 15 配置，proxy2 输出与父逐字节一致（cmp 验证），三视图 vec-check 全过，新机制代码保留但默认关闭。

查分：所有变体 A 半 proxy2 seed0 均 ≤ 基线，最优即父配置；预期正式分 ≈ 父（55.53），零回归风险。

下一步最值得试：停止微调 A_EXT 轴（已到局部峰）；转向三视图通用的 de_recovery/covariation 机制（如型内伪 DE 方向排序、分块配额保协方差）。

调研员

{
  "name": "双成熟轴联合：强化代谢选择×去谱系混杂外部成熟度轴",
  "motivation": "父节点15最弱分组为de_recovery(53.16)和covariation(54.59)，但ANALYSIS明确不建议动de_recovery。proxy2增益(+1.20)来自cell_state，幅度仍低于噪声。父节点ANALYSIS指出A_EXT与z_met正交(corr=-0.23)，且节点12的α_m=1.2在proxy上比α_m=0.7高0.18(57.88 vs 57.70)，但该组合从未在含A_EXT的框架中测试。此外，当前delta左端用全胚E8.5均值，混入谱系组成差异（心脏vs全胚），是全局应用有害的根源；若改用E8.5心脏类细胞做基线，delta更纯，可能解锁更强或全局应用。",
  "approach": "在节点15代码基础上做两项改动：\n\n**改动1：A_CM提升（代谢轴强化）**\n机制：E8.5→E9.5伴随糖酵解→氧化磷酸化代谢转换，更强A_CM更准确地将组成推向E9.5代谢状态。与A_EXT正交（corr=-0.23），预期增益可加。\n- 在proxy2上扫A_CM∈{0.7,0.9,1.2}×A_EXT=0.2，seed0+seed1各跑一次（vec-score A半）\n- 若A_CM=1.2在proxy2上≥基线，再单独在proxy上验证（A_EXT不激活，纯α_m效果）\n- 若proxy也正向，确认组合；若proxy负向，保持A_CM=0.7\n\n**改动2：delta去谱系混杂**\n机制：当前delta=unit(Qiu E9.0均值)−unit(官方E8.5全胚均值)，右端含非心脏细胞稀释了时间信号。改用官方E8.5中cardiac类细胞的均值做右端，使delta≈纯时间成熟信号。\n- 实现：从adata.obs的celltype列中选取与Qiu三型（cardiomyocyte等）匹配的细胞（用字符串包含'cardio'/'Cardio'/'CM'匹配，不硬编码索引）；若匹配细胞<20个则回退全胚均值（保底）\n- 计算delta_cardiac = unit(mu_Qiu) − unit(mu_E85_cardiac)，同样屏蔽mt-/Rpl*/Rps*/Fau/Ptma\n- 先测EXT_COND=1（型内）+A_EXT=0.2：若比全胚版好，采用；若相当，保留全胚版（更稳健）\n- 若delta_cardiac的top|delta|基因中心脏成熟基因比例更高且无谱系标记（如Tnnt2不再极端），尝试EXT_COND=0（全局）+A_EXT∈{0.1,0.2}，验证全局应用是否解锁\n\n**搜索顺序与时间预算（30分钟）**：\n1. (5min) A_CM=1.2+A_EXT=0.2, proxy2 seed0 → 若≥58.9继续，否则试0.9\n2. (5min) 最佳A_CM在proxy seed0确认不回归（应=父，因A_EXT不激活）\n3. (8min) delta_cardiac实现+proxy2 seed0/1, EXT_COND=1\n4. (5min) 若delta_cardiac更纯，试EXT_COND=0, A_EXT=0.15\n5. (5min) 最佳配置跑3个seed确认方向一致性（<2分噪声需多seed）\n\n**单输入阶段退路**：proxy/X3/final无外部输入→A_EXT轴不激活，行为=父节点；A_CM在所有视图生效但只是权重变化，无额外数据依赖。\n\n**vec-score快速筛选**：每次查分用proxy2（A半），确认方向后再跑3seed；若单seed差<1分则必须跑3seed判断。",
  "expected_groups": ["cell_state", "covariation"],
  "risks": "1. A_CM=1.2在含apoptosis轴的框架中可能过强（节点12无apopt轴），导致过度选择代谢成熟细胞、降低多样性→covariation下降。Engineer应监控covariation分组：若降>1.5分则回退A_CM。2. E8.5中cardiac细胞可能太少（<20）或celltype标签命名不匹配→回退全胚均值，此时改动2无效但不损害。3. 增益可能仍在噪声内（<2分）：必须3seed同向才判定为正。4. 全局EXT_COND=0可能仍有害（即使去混杂后残留批次效应）：若比型内版差则保持EXT_COND=1。"
}