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节点 n28

改了什么

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git a3cd25444f:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 a00b55ccea。改动的文件：solution/METHOD.md +6 −8、solution/run.py +1 −10

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 57dc8d9..7bf48d1 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,11 +1,9 @@ ## 改了什么-相对父节点（node 17，score 48.94）的全部改动：-1. 加入 sign disagreement detection：SNR 加权方向一致性检测，与主导方向相反的基因额外收缩。相比第 0 轮（factor=0.80, threshold=0.22），本轮大幅放宽为 factor=0.92, threshold=0.35，减少对 DE 基因的过度压制（第 0 轮 de_recovery 从 49.15 降到 48.70，X3 从 46.74 降到 46.50）。-2. GENE_SHRINK_POWER 从 2.0 改为 2.5，GENE_SHRINK_K 从 2.5 改为 3.0（采用 Program 1 参数），更激进地收缩低 SNR 基因，提升 covariation 和 X3。-3. SNR 显著性阈值从 2.0 降到 1.5，ALPHA_MAX 从 0.75 提到 0.80。-4. 保留 include_external=False 过滤、单阶段退化为 copy_last、输出前 clip≥0。-理由：Program 1（power=2.5, K=3.0, 无 sign disagreement）在 X3 上得 47.21、covariation 47.94，均优于第 0 轮（46.50、47.69）。本轮采用 Program 1 的收缩参数，仅保留极温和的 sign disagreement（0.92/0.35），期望兼顾 cell_state 增益与 de_recovery/X3 恢复。+相对父节点（node 22，score 49.10）的全部改动：+1. 完全移除 sign disagreement 机制（第 0 轮已验证其在温和参数下无净贡献）。+2. GENE_SHRINK_K 从 3.0 提高到 4.0（分两步：第 0 轮 3.0→3.5 得 covariation +1.01、score +0.27；本轮继续 3.5→4.0）。理由：covariation 仍是最弱分组之一（48.95），K 增大进一步收缩低 SNR 基因位移，减少噪声对基因共变结构的扰动。单参数改动便于归因。+3. 其余参数不变：ALPHA_MAX=0.80、GENE_SHRINK_POWER=2.5、SNR_SIGNIFICANT_THRESHOLD=1.5、无 sign disagreement。 ## 用到的知识与出处 - 方法卡 k018（Damped per-type shift: shrinkage alpha on the observed delta）-- 实验表 Program 1（node 19，score 49.18）：验证了 power=2.5, K=3.0, SNR_SIGNIFICANT_THRESHOLD=1.5, ALPHA_MAX=0.80 的效果-- 第 0 轮反馈：sign disagreement factor=0.80 导致 de_recovery -0.45、X3 -0.24，需放宽+- 第 0 轮实验结果：K 3.0→3.5 使 covariation 从 47.94 升至 48.95（+1.01），score 从 49.10 升至 49.37（+0.27），趋势为正+- 父节点 ANALYSIS next_suggestions 第 3 条：「covariation 方向小幅加码：K 3.0→3.5 或 power 2.5→3.0」diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex f824743..35edc20 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -30,9 +30,7 @@ ALPHA_MAX = 0.80 ALPHA_MIN = 0.1 SIGN_THRESHOLD = 0.05 GENE_SHRINK_POWER = 2.5-GENE_SHRINK_K = 3.0-SIGN_DISAGREE_FACTOR = 0.92-SIGN_DISAGREE_THRESHOLD = 0.35+GENE_SHRINK_K = 4.0 SNR_SIGNIFICANT_THRESHOLD = 1.5  @@ -102,13 +100,6 @@ def main() -> None:                     frac_significant / 0.3, 1.0                 )                 gene_shrink = (snr / (snr + GENE_SHRINK_K)) ** GENE_SHRINK_POWER-                weighted_sign = np.sum(np.sign(raw_delta) * snr)-                total_snr = snr.sum() + 1e-12-                if abs(weighted_sign) > SIGN_DISAGREE_THRESHOLD * total_snr:-                    dominant_sign = np.sign(weighted_sign)-                    disagree = np.sign(raw_delta) != dominant_sign-                    gene_shrink = gene_shrink.copy()-                    gene_shrink[disagree] *= SIGN_DISAGREE_FACTOR              delta = (raw_delta * alpha * gene_shrink).astype(np.float32)             X[mask_s] += delta[np.newaxis, :]

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

没有记录调研来源。

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

native

审查员

REVIEW.json written

stream

Looking at Round 1 results: K=4.0 gives covariation 49.16 (+0.21 from K=3.5), but gains are diminishing. de_recovery remains the weakest group at 48.70. I'll try increasing ALPHA_MAX from 0.80 to 0.85 — this allows types with coherent transcriptional changes to shift more, potentially helping de_recovery while the per-gene shrinkage (K=4.0, power=2.5) continues to protect covariation.

<<<<<<< SEARCH
ALPHA_MAX = 0.80
=======
ALPHA_MAX = 0.85
>>>>>>> REPLACE

```METHOD
## 改了什么
相对父节点（node 22，score 49.10）的全部改动：
1. 完全移除 sign disagreement 机制（第 0 轮验证其在温和参数下无净贡献）。
2. GENE_SHRINK_K 从 3.0 提高到 4.0（第 0 轮 3.0→3.5 得 covariation +1.01；第 1 轮 3.5→4.0 得 covariation +0.21，趋势正但递减）。
3. ALPHA_MAX 从 0.80 提高到 0.85。理由：de_recovery 是最弱分组（48.70），自 node 17 以来持续下滑（49.15→48.76→48.70）。per-gene shrinkage（K=4.0, power=2.5）已充分保护低 SNR 基因，提高 ALPHA_MAX 让高一致性类型获得更大整体位移，恢复 DE 基因的位移幅度。这是与 K 不同轴的改动，便于归因。
4. 其余参数不变：GENE_SHRINK_POWER=2.5、SNR_SIGNIFICANT_THRESHOLD=1.5、无 sign disagreement。
## 用到的知识与出处
- 方法卡 k018（Damped per-type shift: shrinkage alpha on the observed delta）
- 第 0 轮实验：K 3.0→3.5，covariation 47.94→48.95（+1.01），score 49.10→49.37
- 第 1 轮实验：K 3.5→4.0，covariation 48.95→49.16（+0.21），score 49.37→49.41，递减趋势明显
- 父节点 ANALYSIS：de_recovery 持续下滑需关注；ALPHA_MAX 控制每型位移上限，与 per-gene shrinkage 正交
```