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节点 n17

修复节点8:稀疏典型性加权(安全API + 稀疏余弦)

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261001-233756-search-t1-abc-r0-B-population
父节点n8
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。修复
状态没有改动
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。1 分
程序版本fbf69780f4671a6f92d0609d810712f97b4fc66b (programs.git)
备注no change to solution/

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

没有 METHOD.md。

调研员的计划

名称修复节点8:稀疏典型性加权(安全API + 稀疏余弦)
动机节点8在13.6s后crash(无stderr),ANALYSIS指出两个可疑原因:(1) inputs_by_time(manifest, include_external=False)参数可能不存在导致TypeError;(2) X.astype(np.float64)全量稠密化+逐类型np.ix_切片在父节点已占1.48GB的基础上OOM。节点14(第一次debug)也gen_empty。底层想法(类型内典型性加权提升de_recovery)未被检验;当前最优节点7/16的de_recovery仅51.69,仍有提升空间。基座节点6(两级增殖重加权)得分53.87,若典型性加权能将de_recovery从~50.65提升3-5分(25%权重),总分可提升约1-1.5分,需多次查分确认。
做法分两步,先修后验:

第一步:冒烟验证基座(5分钟)
- 复制节点6的run.py(即节点8代码去掉typicality部分),但修复API调用:不用include_external参数,改为读取manifest后手动过滤掉external来源的阶段(检查stage字典中是否有'source'或类似字段标记external;若无法区分则取最后一个阶段即可,与节点6逻辑一致)。
- 在main最外层包try/except,将traceback写入--out同目录的error.log。
- 用gamma=0(跳过全部典型性计算)跑一次,确认输出非空、分数≈55.8(节点6的proxy分)。若此步失败,只修此步,不叠加新组件。

第二步:稀疏典型性加权(20分钟)
- 重写typicality_weights为纯稀疏路径:
- 不做X.astype(np.float64)全量拷贝;保持csr_matrix。
- 逐类型:rows = X[m][:, de](稀疏切片,不稠密化)。
- 类型质心:cent = np.asarray(rows.sum(axis=0)).ravel() / k(仅对de列求和,稀疏→小向量)。
- DE基因选取:mt = cent(同上),rest通过全矩阵列和减去该类型列和得到(一次稀疏sum(axis=0),O(nnz)),取|mt-rest|最大的500列索引。
- 余弦相似度:sim = rows.dot(cent) / (sparse_norm(rows, axis=1) * norm(cent)),其中sparse_norm用rows.multiply(rows).sum(axis=1)实现,全程不稠密化行矩阵。
- w_typ = clip(sim, 0, 1)^gamma,gamma初值0.5,搜索范围{0.3, 0.5, 0.8}。
- 类型细胞数<20跳过(保持原逻辑)。
- 内存控制:任何时刻最大稠密数组为(细胞数×1)或(500,)向量,总内存应<1.5GB。

查分策略(最多20次):
- 1次:gamma=0冒烟(应≈55.8)。
- 3次:gamma=0.5跑3个seed确认稳定性。
- 若0.5优于基座≥2分:再试0.3和0.8各1次。
- 若0.5不优于基座或方差大:放弃典型性,发布纯节点6等价输出(保底53.87)。
- 单输入阶段退路:proxy只有一个官方阶段,典型性在该阶段内计算,无需第二时间点,逻辑自然成立。X3等外部视图若阶段来源非官方,跳过典型性直接均匀抽样(与节点6/7一致)。
风险1) inputs_by_time确实无include_external参数且manifest无明确external标记→回退到取最后一个阶段(等价节点6)。Engineer应在冒烟步先print(stages)确认。2) 典型性加权对de_recovery无正效果或伤covariation(节点13已证明表达修饰容易伤其他组)→若gamma=0.5使总分低于基座,立即回退。3) 稀疏切片X[m][:,de]在极大m时仍可能慢→监控单类型耗时,若>5s则限制MAX_CELLS_PER_TYPE=5000(随机子采样行索引计算质心)。4) 预期提升~1-1.5分在噪声内→需≥3个seed确认,若方差>2分则视为无效。

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 d77361135d。改动的文件:—

没有改动。

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k031Offline OT toolkit in the sandbox: moscot TemporalProblem, wot OTModel, POT, geomloss10.1038/s41586-024-08453-2 (moscot); 10.1016/j.cell.2019.01.006 (Waddington-OT)
k041Within-stage pseudotime and graph toolkit offline: scanpy DPT/PAGA/Leiden, Palantir, CellRank 210.1186/s13059-019-1663-x (PAGA); 10.1038/s41587-019-0068-4 (Palantir); 10.1038/s41592-024-02303-9 (CellRank 2)
k012Official T1 scoring, output contract and adversarial controlsnotes/official/来件/virtualembryo.ai/task1-temporal.md; notes/official/来件/virtualembryo.ai/baselines.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

没有分析结果(ANALYSIS.json)。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

工程师

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。工程师 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次(失败 1 次)
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。7
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 11 次:bash 9、read 2
用时1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 18,500 · 输出 744 · 思考 1,169
任务(第一行)按计划修改程序:修复节点8:稀疏典型性加权(安全API + 稀疏余弦)
报错exit -15:
最后的回答(摘录)—
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-B-population/nodes/17/engineer.jsonl 30 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-B-population/nodes/17/engineer.stderr

调研员

角色调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 12,233 · 输出 1,069 · 思考 665
任务(第一行)为节点 n17(修复,父节点 n8)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
```json
{
  "name": "修复节点8:稀疏典型性加权(安全API + 稀疏余弦)",
  "motivation": "节点8在13.6s后crash(无stderr),ANALYSIS指出两个可疑原因:(1) inputs_by_time(manifest, include_external=False)参数可能不存在导致TypeError;(2) X.astype(np.float64)全量稠密化+逐类型np.ix_切片在父节点已占1.48GB的基础上OOM。节点14(第一次debug)也gen_empty。底层想法(类型内典型性加权提升de_recovery)未被检验;当前最优节点7/16的de_recovery仅51.69,仍有提升空间。基座节点6(两级增殖重加权)得分53.87,若典型性加权能将de_recovery从~50.65提升3-5分(25%权重),总分可提升约1-1.5分,需多次查分确认。",
  "approach": "分两步,先修后验:\n\n**第一步:冒烟验证基座(5分钟)**\n- 复制节点6的run.py(即节点8代码去掉typicality部分),但修复API调用:不用include_external参数,改为读取manifest后手动过滤掉external来源的阶段(检查stage字典中是否有'source'或类似字段标记external;若无法区分则取最后一个阶段即可,与节点6逻辑一致)。\n- 在main最外层包try/except,将traceback写入--out同目录的error.log。\n- 用gamma=0(跳过全部典型性计算)跑一次,确认输出非空、分数≈55.8(节点6的proxy分)。若此步失败,只修此步,不叠加新组件。\n\n**第二步:稀疏典型性加权(20分钟)**\n- 重写typicality_weights为纯稀疏路径:\n  - 不做X.astype(np.float64)全量拷贝;保持csr_matrix。\n  - 逐类型:rows = X[m][:, de](稀疏切片,不稠密化)。\n  - 类型质心:cent = np.asarray(rows.sum(axis=0)).ravel() / k(仅对de列求和,稀疏→小向量)。\n  - DE基因选取:mt = cent(同上),rest通过全矩阵列和减去该类型列和得到(一次稀疏sum(axis=0),O(nnz)),取|mt-rest|最大的500列索引。\n  - 余弦相似度:sim = rows.dot(cent) / (sparse_norm(rows, axis=1) * norm(cent)),其中sparse_norm用rows.multiply(rows).sum(axis=1)实现,全程不稠密化行矩阵。\n  - w_typ = clip(sim, 0, 1)^gamma,gamma初值0.5,搜索范围{0.3, 0.5, 0.8}。\n  - 类型细胞数<20跳过(保持原逻辑)。\n- 内存控制:任何时刻最大稠密数组为(细胞数×1)或(500,)向量,总内存应<1.5GB。\n\n**查分策略(最多20次):**\n- 1次:gamma=0冒烟(应≈55.8)。\n- 3次:gamma=0.5跑3个seed确认稳定性。\n- 若0.5优于基座≥2分:再试0.3和0.8各1次。\n- 若0.5不优于基座或方差大:放弃典型性,发布纯节点6等价输出(保底53.87)。\n- 单输入阶段退路:proxy只有一个官方阶段,典型性在该阶段内计算,无需第二时间点,逻辑自然成立。X3等外部视图若阶段来源非官方,跳过典型性直接均匀抽样(与节点6/7一致)。",
  "expected_groups": ["de_recovery"],
  "risks": "1) inputs_by_time确实无include_external参数且manifest无明确external标记→回退到取最后一个阶段(等价节点6)。Engineer应在冒烟步先print(stages)确认。2) 典型性加权对de_recovery无正效果或伤covariation(节点13已证明表达修饰容易伤其他组)→若gamma=0.5使总分低于基座,立即回退。3) 稀疏切片X[m][:,de]在极大m时仍可能慢→监控单类型耗时,若>5s则限制MAX_CELLS_PER_TYPE=5000(随机子采样行索引计算质心)。4) 预期提升~1-1.5分在噪声内→需≥3个seed确认,若方差>2分则视为无效。"
}
```
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-B-population/nodes/17/researcher.jsonl 4 KB
/home/spark-longxinyang/vec/runs/formal/20261001-233756-search-t1-abc-r0-B-population/nodes/17/researcher.stderr