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节点 n4 终选程序?按该运行锁定的规则最终选出的程序；可能是候选节点，也可能由护栏回退到基线。在终选来历上

把重加权基底从"最新输入"改为"最新官方阶段"，并让小细胞池按不重复抽样，修复 proxy2 地板分并提升 X3/X4。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 98abd4aa99:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 a0ba105d12。改动的文件：solution/METHOD.md +58 −0、solution/README.md +14 −3、solution/run.py +28 −8

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdnew file mode 100644index 0000000..99bea80--- /dev/null+++ b/solution/METHOD.md@@ -0,0 +1,58 @@+把重加权基底从"最新输入"改为"最新官方阶段"，并让小细胞池按不重复抽样，修复 proxy2 地板分并提升 X3/X4。++## 方法++父节点（node 2, heart_jcf_peri, 46.40）用 `inputs_by_time(manifest)[-1]`+（最新输入阶段）作重加权基底，再按细胞类型重采样 4000 个真实细胞、不改表达。++本节点两处结构性修复，均只作用于基底/抽样，不改表达：++1. **基底只取官方阶段**：`inputs_by_time(manifest, include_external=False)[-1]`。+   - 在 proxy2 视图，最新输入是外部 Qiu E9.0（仅心脏 2174 细胞、另一数据集/技术、+     基因不全）。从它重采样无法代表全胚 E9.5 目标，故父节点 proxy2 卡在 27.43 地板。+     改用官方 E8.5（全胚 16787 细胞）后 proxy2 与 proxy 同基底同 seed → 同分。+   - proxy（无外部输入）、final（官方 E9.5）基底不变。+   - X3/X4/X5 为 test 模式，输入项均无 `source:external`，`include_external=False`+     不改变基底；且外部数据集的标签与 `HEART_TYPES` 不匹配，权重全为 1.0。++2. **抽样数按池上限截断**：`n = target_n_cells(manifest, min(N_CELLS, base.n_obs))`。+   - 父节点对小池（X3=2174、X4=1846）请求 4000 细胞 → 有放回抽样 → 约半数细胞被+     复制，压低 cell_state/mmd。截断到池大小后输出全部真实细胞、无重复，X3 恢复到+     copy_last 水平。+   - X5 池=5000>4000、proxy 池=16787>4000 → 截断不生效，仍抽 4000（与父节点一致）。++## 关键参数++- `N_CELLS = 4000`（试过 5000：proxy 55.60 < 4000 的 56.19，X5 仅 51.10，故保留 4000）+- 组成重加权沿用父节点 `heart_reweight`：心脏类 ×1.6、Surface Ectoderm/EXEM/Paraxial+  Mesoderm ×0.25、丢 Neural Tube、其余 ×1（run2 胜者，未改）。+- 无表达位移：PLAN 提议的按类型 marker 平移未采用——基底修复已远超噪声，而节点 3 的+  大位移把 covariation 从 40.5 打到 22.73，小 α 增益低于 2 分噪声且有风险。++## 已验证（vec-score A 半，seed 0）++| 尺子 | 父节点 | 本节点 | Δ |+|---|---|---|---|+| proxy | 56.23 | 56.19 | ~0（不变，同基底） |+| proxy2 | 27.43 | 56.19 | **+28.8（主增益）** |+| X3 | 46.85 | 50.01 | +3.2 |+| X4 | 50.80 | 52.02 | +1.2 |+| X5 | 50.72 | 50.59 | ~0（不变） |++估计节点分 ≈ 53.0（父 46.40，+6.6）。proxy2 增益为结构性（换全胚基底），应在 B 半保持。+- 确定性：5 个视图各同 seed 跑两次，逐元素 maxdiff=0.0。+- 格式：5 个视图 vec-check 全部 ok。++## 未验证 / 风险++- B 半真值分数未测（只测 A 半）；proxy2 大增益应迁移，但小幅 X3/X4 变化在噪声内。+- 未加任何表达位移，direction/de_recovery 仅靠组成变化，proxy 上 de_recovery 53、+  direction 58.9 已不低。+- 若真实 final 视图官方 E9.5 细胞数 < 4000，截断会输出全部真实细胞（合理退路）。++## 数据来源++- 仅使用输入视图内的官方阶段（proxy/proxy2 的 E8.5、final 的 E9.5）与其 celltype 标签，+  均为允许的输入数据；未读取任何保留阶段/保留基因型数据。+- 组成先验（心脏中胚层 E8.5→E9.5 增长，神经管/轴旁/胚外收缩）沿用父节点/run2，属通用+  解剖学机制知识，未新增外部文献或数据。diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mdindex e66c7c3..4a5554c 100644--- a/solution/README.md+++ b/solution/README.md@@ -1,4 +1,15 @@-# heart_jcf_peri+# heart_jcf_peri + official-base -run2（20260927-172643-grok-t1）的 T1 胜者：对最新输入阶段按细胞类型重加权再抽 4000 个真实细胞，不改表达。丢 Neural Tube；心脏类（CM、内皮/心内膜、SHF/PHM、JCF、心包、心外膜原基）×1.6；表面外胚层、EXEM、轴旁中胚层 ×0.25；其余 ×1。-proxy 预期 55.97（seed 0，与 run2 的预测逐位相同）。final 读 E9.5，类型集合已含 E9.5 的名字（V-CM、Endocardium、BEC、aPHM、pPHM、Proepicardium）。+Node 4 (improve, parent node 2 = heart_jcf_peri 46.40). Two structural fixes to+the reweight base/sampling; expression never shifted.++1. Base = latest **official** input stage (`include_external=False`). In proxy2+   this skips the heart-only external Qiu E9.0 cloud and uses the full E8.5+   embryo → proxy2 27.43 → 56.19. proxy/final/X3/X4/X5 base unchanged.+2. Draw `min(N_CELLS, base.n_obs)` cells so small heart-only pools (X3=2174,+   X4=1846) emit all real cells instead of oversampling with replacement →+   X3 46.85 → 50.01, X4 50.80 → 52.02. X5/proxy pools >4000 → unchanged.++Est. node ≈ 53.0 (proxy 56.19, proxy2 56.19, X3 50.01, X4 52.02, X5 50.59).+Deterministic (same seed → maxdiff 0.0 on all 5 views); vec-check ok everywhere.+See METHOD.md for details.diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex a752b21..a36028c 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,10 +1,22 @@ #!/usr/bin/env python3-"""heart_jcf_peri: run2's T1 winner. Reweight the latest input stage by cell type.+"""heart_jcf_peri + official-base selection. -Neural Tube dropped; heart types (CM, endothelium/endocardium, SHF/PHM, JCF,-pericardium, proepicardium) x1.6; surface ectoderm, EXEM, paraxial mesoderm-x0.25; everything else x1. 4000 real cells, no expression shift. Proxy reads-E8.5, final reads E9.5; the type set already names both stages' labels.+Parent (node 2) reweights the *latest input* by cell type. In proxy2 the latest+input is the external Qiu E9.0 cloud: heart-only (2174 cells), another dataset /+technology, partial genes. Resampling from it cannot represent the full-embryo+E9.5 target, so proxy2 sits at the 27.43 floor.++Fix: pick the reweight base from the latest *official* input stage only+(``inputs_by_time(..., include_external=False)``).++  proxy   : official E8.5            -> identical to parent (56.23)+  proxy2  : official E8.5 (full 16.8k embryo) instead of heart-only Qiu -> large gain+  final   : official E9.5            -> identical to parent+  X3/X4/X5: no official-source input (all entries official in test mode); the+            external datasets' labels do not match HEART_TYPES, so weights are+            uniform -> identical to parent.++Composition-only change; expression is never shifted. """  from __future__ import annotations@@ -34,9 +46,17 @@ def main() -> None:      manifest = load_manifest(args.data)     genes = panel_genes(args.data, manifest)-    last = read_stage(args.data, inputs_by_time(manifest)[-1], genes)-    n = target_n_cells(manifest, N_CELLS)-    X = heart_reweight(last.X, labels_of(last), n_cells=n, seed=args.seed)+    # Base = latest OFFICIAL input stage. In proxy2 this skips the heart-only+    # external Qiu cloud (which cannot represent the full-embryo target) and+    # uses the full E8.5 embryo; elsewhere it equals the latest input.+    official = inputs_by_time(manifest, include_external=False)+    base_entry = official[-1] if official else inputs_by_time(manifest)[-1]+    base = read_stage(args.data, base_entry, genes)+    # Cap the draw at the pool size so small external bases (X3/X4 heart-only,+    # ~1.8-2.2k cells) are emitted as real cells instead of being oversampled+    # with replacement (which duplicates cells and depresses cell_state/mmd).+    n = target_n_cells(manifest, min(N_CELLS, base.n_obs))+    X = heart_reweight(base.X, labels_of(base), n_cells=n, seed=args.seed)     write_prediction(X, genes, args.out, seed=args.seed)  

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

计划里引用的来源

• PMID 21871065 (Zeng 2011, J Biomed Sci) — 确认 Tbx18、Wt1 是 proepicardium/epicardium 的 marker（Nkx2-5 阴性），用于 JCF/心外膜方向向量的上调基因选择
• PMID 22693350 (Rudat & Kispert 2012, Circ Res) — Wt1 在 proepicardium/epicardium 内源表达，支持 epicardium 程序基因集

文献检索

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

`run_candidate` is harness-only (module not on this path); direct `run.py` already verified on all 5 views with vec-check + determinism. Solution is final.

## 完成总结

**做了什么**：在父节点（node 2 heart_jcf_peri, 46.40）基础上做两处结构性修复，均只改基底/抽样、不动表达：
1. 重加权基底只取**最新官方阶段**（`include_external=False`）。proxy2 里父节点误用外部 Qiu E9.0（仅心脏 2174 细胞）作基底，无法代表全胚目标而卡在 27.43 地板；改用官方全胚 E8.5 后与 proxy 同分。
2. 抽样数按池上限截断 `min(4000, base.n_obs)`，让 X3/X4 的心脏小池输出全部真实细胞，避免有放回抽样重复细胞。

**查分结果**（A 半，seed 0）：

| 尺子 | 父 | 本节点 | Δ |
|---|---|---|---|
| proxy | 56.23 | 56.19 | ~0 |
| proxy2 | 27.43 | **56.19** | **+28.8** |
| X3 | 46.85 | 50.01 | +3.2 |
| X4 | 50.80 | 52.02 | +1.2 |
| X5 | 50.72 | 50.59 | ~0 |

估计节点分 ≈ **53.0（+6.6）**。5 视图 vec-check 全过、同 seed 两次 maxdiff=0.0。用了 8/20 次查分。

**下一步最值得试**：X3 现在是最弱尺子（50.0）。proxy2 的大增益说明"别把外部心脏-only 数据当全胚基底"是关键教训——final 视图应确认官方 E9.5 基底同样受益。其次可试极小的按类型 marker 平移（α≈0.05–0.08，仅少量已发表谱系基因）看能否在保住 covariation 的前提下抬高 direction/de_recovery，但需严格核对 covariation 不塌（参考 node 3 教训）。

调研员

on": "父节点 2（46.40）不改表达，只重加权：de_recovery 49.31、direction 52.59、cell_state 42.69 都受限，因为预测本质仍是 E8.5 细胞。节点 3 的大位移把 covariation 从 40.5 打到 22.73、总分 39.48，说明位移必须小且不能破坏协方差结构。方向库 k047/k044 已给出可验证的谱系边：JCF→Proepicardium（E8.5→E9.5 在数据中验证）、aSHF→OFT/RV 心肌（肌小节基因升、Isl1 降）。纯平移（每个细胞加同一个类型内方向向量）在数学上不改变类型内协方差，因此可以在提升 direction/de_recovery 的同时保住 covariation 40.61。proxy2 27.43 为地板值，本方案不针对它设计。",
  "approach": "1) 保持 heart_reweight 组成重加权与 4000 细胞抽样不变（父节点已验证，proxy 56.23）。2) 在 log 表达空间对每个细胞做按类型平移 x' = x + α·d_t：d_t 是该类型标签对应的先验方向向量，只在少量 marker 基因上非零（上调 +1、下调 −1），全部来自已发表谱系知识：V-CM/CM 上调肌小节成熟基因 Myl7、Tnnt2、Actc1、Myl4、Nppa（k044）；JCF 与心包/心外膜原基上调 Tbx18、Wt1、Msln、Upk3b（proepicardium/epicardium 程序，PMID 21871065、22693350；k047 的 JCF→Proepicardium 边）；aSHF/pSHF 下调 Isl1、Fgf10（向心肌/PHM 分化，k044/k046）；内皮/心内膜上调 Nfatc1。只写基因名和符号，幅度由 α 统一控制，不从任何阶段数据估计统计量。3) α 初值 0.15（log 单位），搜索 {0, 0.08, 0.15, 0.25, 0.35}；平移后 clip 到表达下限。4) 用 vec-score 快速筛选：先在 proxy 上对 α 网格查分，要求 de_recovery 与 direction 相对父节点上升且 covariation 不低于 39.5、总分增益 > 2（噪声）；再用 seeds 0/1/2 各查一次确认非单次抽样运气；同时查 X3（父节点 46.85 比 copy_last 的 50.00 低，需确认位移不再拖累 X3，若拖累则把 α 减半或对非心脏类型关闭位移）。5) 单输入阶段退路：位移向量是纯先验（基因名+符号），不依赖第二时间点，proxy/final 代码路径完全相同；proxy2 下同样适用（Qiu E9.0 输入只走 view_io 默认拼接，不需改动）。若最优 α=0，则退回父节点方案不做位移，不亏。6) 实现约 60 行（新 shift 模块 + run.py 加一步），远小于 30 分钟时限；先小样本（500 细胞）跑通再全量。",
  "expected_groups": ["direction", "de_recovery", "cell_state"],
  "risks": "主要风险是重蹈节点 3（covariation 22.73）：若 marker 列表过大或 α 过大，混合分布的基因间协方差会偏离目标。缓解：纯类型内平移不改协方差，且 α 网格从 0.08 起步，每次查分都核对 covariation 组分数。第二风险：X3/X4/X5 的真值细胞类型分布与先验方向不完全一致（如 X3 父节点已比 copy_last 低 3.15），小 α 下增益可能低于 2 分噪声——用 3 个 seed 的 vec-score 均值判断，不足则回退 α=0。第三风险：标签名匹配失败导致某类型拿不到 d_t（如 E9.5 名字 V-CM/Proepicardium 与 E8.5 标签不同名）——对未匹配类型默认 d_t=0（等于父节点行为），Engineer 应打印每个类型是否命中位移。",
  "sources": [
    "PMID 21871065 (Zeng 2011, J Biomed Sci) — 确认 Tbx18、Wt1 是 proepicardium/epicardium 的 marker（Nkx2-5 阴性），用于 JCF/心外膜方向向量的上调基因选择",
    "PMID 22693350 (Rudat & Kispert 2012, Circ Res) — Wt1 在 proepicardium/epicardium 内源表达，支持 epicardium 程序基因集"
  ]
}
```

审查员

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