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节点 n7

组成重加权：最新输入阶段按类型加权抽 4000 真实细胞（心脏类×1.6，表面外胚层/EXEM/轴旁中胚层×0.25，丢 Neural Tube），不改表达。本节点实验证明快照内伪时间位移全部强负，原样保留父代码。

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git b52ddaff82:solution/METHOD.md

调研员的计划

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 fa67f5d2cb。改动的文件：solution/METHOD.md +44 −33

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 7a9702e..559c64c 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,42 +1,53 @@-组成重加权：最新输入阶段按类型加权抽 4000 真实细胞（心脏类×1.6，表面外胚层/EXEM/轴旁中胚层×0.25，丢 Neural Tube），不改表达。本节点系统调参后确认父配置在噪声内最优，原样保留。+组成重加权：最新输入阶段按类型加权抽 4000 真实细胞（心脏类×1.6，表面外胚层/EXEM/轴旁中胚层×0.25，丢 Neural Tube），不改表达。本节点实验证明快照内伪时间位移全部强负，原样保留父代码。  ## 方法 -与父节点 2（heart_jcf_peri，56.23）完全相同：`src.task1_temporal.reweight.heart_reweight`-对最新官方输入阶段（proxy: E8.5；final: E9.5）按细胞类型重加权，无放回/放回抽样 n=4000，-输出真实细胞，不做任何表达位移。程序逐位不变，seed 0 输出与父节点相同（已 cmp 验证）。--## 本节点做了什么（improve 尝试，全部为负结果）--PLAN 的主 idea（用 external/ 的 Qiu E9.0 估计心脏类型 delta 叠加位移）不可行：-**proxy 视图 manifest 的 `external` 为空列表**（extrapolation 型视图只保留 ≤ 最后输入阶段-E8.5 的外部数据，Qiu E9.0 被过滤掉了），view 目录里也没有 external/。因此单输入阶段下-没有任何数据驱动的表达位移来源，只能做组成参数搜索。--A 半查分（seed 0，除注明外；父基线 56.19/56.61 @ seed0/1，评分噪声约 ±0.7）：--| 变体 | 分数 | 结论 |-|---|---|---|-| n=4000（父配置） | 56.19 (s0) / 56.61 (s1) | 基线 |-| hw=1.2 / 2.0 | 55.55 / 55.80 | hw=2.0 提 de_recovery 53.0→54.64，但 cell_state −1.4、covariation −1.6，净负 |-| n=1000/1500/2000/2500/3000/5118 | 55.17/55.35/56.46/55.55/56.26/55.44 | n=2000 seed0 曾 +0.27，seed1 复核为 55.78 vs 父 56.61，纯属噪声；n≈4000 最优 |-| ew=0.1（n=2000） | 55.76 | 差于 ew=0.25 |-| Foregut ×0.7 / ×0.5 | 55.13 / 55.05 | 下压前肠明显变差，父的 ×1.0 正确 |--结论：de_recovery 组分数由 de_score 决定且对评分器抽样极敏感（同一父配置两个 seed 的-de_score 为 0.1091 vs 0.1455），组成微调无法在 ±2 分噪声之上带来 ≥3 分的采纳级提升；-父权重 (hw=1.6, ew=0.25, n=4000, drop Neural Tube) 位于局部最优。+与父节点 2/4（heart_jcf_peri，56.23 / rank3 56.61）完全相同：`src.task1_temporal.reweight.heart_reweight`+对最新官方输入阶段（proxy: E8.5；final: E9.5）按细胞类型重加权抽样 n=4000，输出真实细胞，+不做表达位移。本节点交回的 `run.py` 与父逐位相同（seed 0 输出 cmp 一致，vec-check ok）。++## 本节点做了什么（improve 尝试，全部为强负结果）++按 PLAN 在父采样（逐位复现，α=0 时与父输出 diff=0）之上叠加"每类型伪时间 delta 小步位移"：+4000 采样细胞 → HVG2000 → PCA30 → neighbors15 → diffmap → DPT（root=增殖打分最高细胞，+通用细胞周期基因集）；每类型（n≥50，15 个类型全部通过）delta = mean(dpt 前30%) − mean(dpt 后30%)，+重缩放 median|delta|=SCALE，单次置换 null 逐基因噪声地板过滤（保留约 7–10k 基因），x'=clip(x+α·delta,0)。+delta 的 top 基因为成熟方向（CM: Myl2/Myh6/Ttn/Nppa/Ryr2；Foregut: Ttr/Apoe/Rbp4），非细胞周期主导。++A 半查分（seed 0；父基线 56.19@s0，其 de_score≈0.109–0.146、covariation 55.94、cell_state 56.60）：++| 变体 | 榜分 | de_recovery | direction | cell_state | covariation | de_score |+|---|---|---|---|---|---|---|+| α=0.8, SCALE=0.5 | 28.06 | 50.48 | 54.65 | 5.87 | 0.10 | 0.0182 |+| α=0.2, SCALE=0.5 | 28.42 | 50.96 | 55.05 | 6.08 | 0.46 | 0.0364 |+| α=1, SCALE=0.05 | 28.68 | 50.96 | 55.57 | 6.17 | 0.99 | 0.0364 |+| α=1, SCALE=0.02 | 29.86 | 50.96 | 56.48 | 8.16 | 2.75 | 0.0364 |+| α=1, SCALE=0.05, 保零模式 | 30.03 | 50.96 | 55.84 | 8.34 | 4.13 | 0.0364 |+| α=1, SCALE=0.2, 保零模式 | 28.80 | 50.96 | 54.76 | 7.36 | 0.82 | 0.0364 |+| α=−1, SCALE=0.05, 保零模式 | 28.61 | 49.07 | 47.65 | 10.23 | 6.82 | −0.0364 |++结论：+1. **位移方向是对的但幅度全错**：+delta 的 de_direction=+0.175，−delta 为 −0.082，说明 DPT 方向+   捕捉到了真实发育轴；但即使 median|delta|=0.02（约比真实 E8.5→E9.5 伪批量差大一个量级，+   reweight 文档 r=0.994）的**逐细胞相干加性位移**也把 covariation/cell_state 打到 <10、+   de_score 从 0.109 掉到 0.0364 且对幅度完全不敏感（0.02–0.5 全同值，饱和）。+2. 保持稀疏零模式（只在 x>0 处加 delta）不能挽救，说明破坏来自相干均值移动本身，不是稠密化。+3. 与节点 3（纯位移 50.04）、节点 5（全局加性位移杀 covariation）合并结论：**在本评分体系下，+   proxy 单阶段场景中任何作用于全部细胞的相干表达位移（无论多小、方向多准）都强负**；+   分布类指标（covariation/cell_state/mmd）要求输出是未扰动的真实细胞云。  ## 验证过 / 没验证过 -- 验证过：proxy 视图 seed 0 跑通（1.3s，峰值内存 ~1.3GB），vec-check ok，输出与父逐位相同；-  上表 11 次 A 半查分。-- 没验证过：任何表达位移方案（无数据源）；final 视图（两输入阶段时官方 E8.5→E9.5-  type_deltas 位移仍值得后续节点尝试，`src.task1_temporal.baselines.type_deltas/shift_rows`-  现成，但节点 3 显示脱离正确组成基础的纯位移无收益，应在本重加权之上叠加、收缩系数 α≤1）。+- 验证过：α=0 输出与父逐位相同；上表 8 次 A 半查分；vec-check ok；seed 0 全程 <6s、内存 <2GB。+- 没验证过：混合位移（只动 ρ<1 比例细胞）——鉴于全细胞相干位移在最小幅度即饱和性变差，+  ρ 变体只是按比例稀释同一破坏，期望为负，未花预算；final 两阶段 type_deltas 路径未实测+  （本节点只有 proxy 视图可打分），但节点 3 的 pseudobulk_shift=50.04 强烈提示同样为负。+- 对后续节点的建议：**放弃 proxy 上的表达位移路线**（组成微调已被节点 4 证明是局部最优，+  位移已被本节点证明强负）。剩余可探索空间：组成权重的非逐类型参数化（如按谱系层级加权）、+  抽样策略（分层/放回）、或细胞数 n 与权重的联合再探索；以及接受 ~56.6 为 proxy 天花板附近。  ## 生物学知识来源 -类型分组权重全部继承自父节点（run2 人工规则），本节点未新增任何生物学先验；-Foregut 试探基于"肝芽由前肠出芽"的一般谱系知识（负结果，未采用）。未使用保留阶段-（E10.5/E12.5、9.5<E≤13.5）或保留基因型的任何测量信息。+增殖打分基因集（Mki67/Top2a/Mcm2-7/Ccnb1 等）为通用人细胞周期知识，不针对禁窗阶段；+类型分组权重全部继承自父节点。未使用保留阶段（E10.5/E12.5、9.5<E≤13.5）或保留基因型的+任何测量信息；未读取 uns.celltype_palette。

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

ANALYSIS.json written

工程师

完成。总结：

**做了什么**：在父节点 heart_reweight 采样（逐位复现验证 diff=0）之上，实现了 PLAN 的伪时间位移方案——4000 细胞 DPT（root=增殖最高细胞）、每类型前后 30% 分位差 delta、median|delta| 重缩放、置换噪声地板过滤，测试 8 个变体（α 0.2–0.8、SCALE 0.02–0.5、保零模式、负 α 对照），用 8 次查分。

**查分结果**：全部强负（28–30 vs 父 56.19）。关键发现：DPT 位移**方向正确**（+delta de_direction=+0.175，−delta=−0.082），但任何作用于全细胞的相干加性位移即使 median 仅 0.02 也把 covariation/cell_state 打到 <10，de_score 从 0.109 饱和性掉到 0.0364 且对幅度不敏感；保持稀疏零模式不能挽救。已按预案交回父代码（cmp 逐位一致，vec-check ok），METHOD.md 记录完整负结果表。

**下一步最值得试**：proxy 上表达位移路线可以关闭了（节点 3/5/7 三方证据）。剩余空间在组成侧的非逐类型参数化（谱系层级加权、抽样策略）；或接受 ~56.6 接近 proxy 天花板，把改进精力转向 final 视图（两阶段 type_deltas 需另测，但证据同样偏负）。

调研员

数据的方向来源是快照内伪时间（方向库 T1-06/T1-02，文献卡 k041 确认 scanpy DPT 离线可用、k018 给出 α 收缩+逐基因经验贝叶斯的做法）。de_recovery 对评分器抽样极敏感（同配置两 seed 的 de_score 0.1091 vs 0.1455），故采纳必须 seed1 复核。",
  "approach": "整体：保留父节点 heart_reweight 采样（hw=1.6, ew=0.25, drop Neural Tube, n=4000, seed=args.seed）完全不动，在采样后的 4000 个真实细胞上估计'每类型发育方向 delta'并做小步位移。步骤：(1) 复制父 run.py，先原样跑一次 vec-score 复现基线 56.19@s0（1次查询，兼验证环境）。(2) 伪时间：对采样后细胞建 AnnData（log1p 已在视图数据中则直接用），highly_variable_genes n_top=2000 → PCA 50 → neighbors n=15 → diffmap → sc.tl.dpt；root（uns['iroot']）取增殖打分最高的细胞（sc.tl.score_genes 用通用车细胞周期增殖基因集，属通用机制知识，不涉禁窗）。(3) 每类型 delta：对样本数≥50的类型 t，delta_t = mean(dpt 前30%细胞) − mean(dpt 后30%细胞)；再把 delta_t 重缩放使全基因中位|delta|=0.5（log空间），让 α 成为唯一幅度旋钮。(4) 噪声基因过滤（关键保 covariation 手段）：在类型内打乱 dpt 做1次置换重算 delta_null，逐基因取 |delta_null| 的90分位为噪声地板，|delta_t,g| 低于地板的置0；同时打印每类型 top20 delta 基因，若被细胞周期基因主导则从 delta 中整体剔除该基因集。(5) 位移：x' = clip(x + α·delta_t, 0)，网格 α∈{0.2,0.4,0.8}，先跑 α=0.8 作诊断（1次查询）看四组响应幅度；若 covariation 掉>2分，改混合变体——只位移随机 ρ 比例细胞（ρ∈{0.15,0.3}，其余保持真实细胞原样），α 固定0.4。(6) 两输入阶段退路（final：E8.5+E9.5）：代码按 len(inputs_by_time(manifest)) 分支，==2 时改用现成 baselines.type_deltas 算官方 E8.5→E9.5 同名类型 delta，套用同一噪声地板过滤与 α 网格（从0.25起），末阶段新生类型无 delta 则原样复制；==1 时走上述伪时间路径。缺失基因不涉及（不用 external/Qiu）。(7) 筛选与采纳：所有变体 seed0 A半查分，与父 56.19 比；采纳标准 = s0 提升≥3分且 covariation ≥54.9，然后 seed1 复核（对照父 56.61），差距<2分视为噪声不采纳。查询预算约：基线1+诊断1+α网格3+混合变体2+seed1复核3+机动≈11，≤20。若到第14次查询仍无变体过线，按节点4先例原样交回父代码并在 METHOD.md 记录负结果（含各变体四组分数表）。运行时间：伪时间在4000细胞CPU上约10–30s/次，总时限30分钟内可完成全部网格。",
  "expected_groups": ["de_recovery", "direction"],
  "risks": "(1) covariation 崩塌：加性位移是节点5实测的covariation杀手——第一个诊断查询（α=0.8全量位移）立即暴露；缓解：噪声基因过滤、小α、混合ρ变体保证大部分细胞仍是未动过的真实细胞。(2) dpt 方向反映细胞周期或技术噪声而非发育：检查每类型 top delta 基因，若周期基因主导则剔除该基因集后重算；伪时间root选错方向会使delta反向——诊断查询中 de_recovery/direction 若同时下降提示反向，可尝试 root 取增殖打分最低细胞对照一次。(3) de_recovery 评分噪声大（±2，de_score 同配置 0.109 vs 0.146）：任何<3分的'提升'都必须 seed1 复核后才算数，防止重演节点4 n=2000 的假阳性。(4) 每类型30%分位差在细胞数少的类型上噪声大：样本<50的类型 delta 置0（不位移），宁可少动不乱动。(5) 全部变体为负：预案是原样交回父代码，不损失现有分数。",
  "sources": []
}
```

审查员

REVIEW.json written