Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 21:24(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n5

heart_jcf_peri reweighting, heart x2.0, edge x0.3 (fake Engineer, node 5)

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261001-164851-search-t1-g29-fake
父节点n1
子节点n23、n24、n27
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态已打分
分数搜索目标分 43.29(+0.8) · proxy 55.60(+5.6) · proxy2 27.43(-0.0) · X3 46.85(-3.2) · 3 次复测均分 43.75
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。不到 1 分
程序版本a2726de9ed8da3164f2eaceb2b3ceb1f379ec002 (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git a2726de9ed:solution/METHOD.md

heart_jcf_peri reweighting, heart x2.0, edge x0.3 (fake Engineer, node 5)

Test run only.

调研员的计划

名称fake-plan-5
动机test node 5; idea improve
做法perturb the heart / edge weights of the parent's reweighting
风险none (fake)

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 2f69992829。改动的文件:solution/METHOD.md +3 −0、solution/README.md +0 −4、solution/run.py +11 −8

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdnew file mode 100644index 0000000..78f5b76--- /dev/null+++ b/solution/METHOD.md@@ -0,0 +1,3 @@+heart_jcf_peri reweighting, heart x2.0, edge x0.3 (fake Engineer, node 5)++Test run only.diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mddeleted file mode 100644index e6cdf6f..0000000--- a/solution/README.md+++ /dev/null@@ -1,4 +0,0 @@-# copy_last--输出最新一个输入阶段(proxy:E8.5;final:E9.5),随机无放回抽到榜的细胞上限(T1 5118)。-不改表达,不改组成。这是地板:proxy 预期 ≈ 50(seed 0 实测 49.77;抽到 5118 个细胞,比整份 E8.5 的 50.00 略低)。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex aa4bbf0..0b36e87 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,22 +1,25 @@ #!/usr/bin/env python3-"""copy_last: the latest input stage, subsampled into the board's cell range."""+"""fake-5: heart_jcf_peri weights perturbed by the fake Engineer (test run)."""  from __future__ import annotations  import argparse -import numpy as np-+from src.task1_temporal.reweight import heart_reweight from src.task1_temporal.view_io import (     inputs_by_time,+    labels_of,     load_manifest,     panel_genes,     read_stage,-    sample_rows,     target_n_cells,     write_prediction, ) +HEART_WEIGHT = 2.0+EDGE_WEIGHT = 0.3+N_CELLS = 4000+  def main() -> None:     parser = argparse.ArgumentParser()@@ -24,13 +27,13 @@ def main() -> None:     parser.add_argument("--out", required=True)     parser.add_argument("--seed", type=int, default=0)     args = parser.parse_args()-     manifest = load_manifest(args.data)     genes = panel_genes(args.data, manifest)     last = read_stage(args.data, inputs_by_time(manifest)[-1], genes)-    rng = np.random.default_rng(args.seed)-    rows = sample_rows(last.n_obs, target_n_cells(manifest, last.n_obs), rng)-    write_prediction(last.X[rows], genes, args.out, seed=args.seed)+    pass+    n = target_n_cells(manifest, N_CELLS)+    X = heart_reweight(last.X, labels_of(last), n_cells=n, heart_weight=HEART_WEIGHT, edge_weight=EDGE_WEIGHT, seed=args.seed)+    write_prediction(X, genes, args.out, seed=args.seed)   if __name__ == "__main__":

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k018Damped per-type shift: shrinkage alpha on the observed deltanotes/plan/cards/T1.md
k012Official T1 scoring, output contract and adversarial controlsnotes/来件/virtualembryo.ai/task1-temporal.md; notes/来件/virtualembryo.ai/baselines.md
k016Degenerate-solution checks for population predictionsnotes/handover/02_知识学习路线.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么heart / edge weights
各组分数的变化cell_state:1.1533
covariation:0.6167
de_recovery:-0.9933
direction:2.3233
假设是否成立是
经验
  1. node 5: d_score 0.8001
下一步建议
  1. try another weight

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 fake
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。1
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 21 · 输出 5 · 思考 0
任务(第一行)分析节点 n5 的打分结果,写 ANALYSIS.json
最后的回答(摘录)
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/g29_wt/agent/runs/20261001-164851-search-t1-g29-fake/nodes/5/analyst.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g29_wt/agent/runs/20261001-164851-search-t1-g29-fake/nodes/5/analyst.stderr

工程师

角色工程师 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 53 · 输出 13 · 思考 0
任务(第一行)按计划修改程序:fake-plan-5
最后的回答(摘录)
wrote solution/run.py with heart x2.0, edge x0.3 (ok)
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/g29_wt/agent/runs/20261001-164851-search-t1-g29-fake/nodes/5/engineer.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g29_wt/agent/runs/20261001-164851-search-t1-g29-fake/nodes/5/engineer.stderr

调研员

角色调研员 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 17 · 输出 4 · 思考 0
任务(第一行)为节点 n5(改进,父节点 n1)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
PLAN.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/g29_wt/agent/runs/20261001-164851-search-t1-g29-fake/nodes/5/researcher.jsonl 0 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g29_wt/agent/runs/20261001-164851-search-t1-g29-fake/nodes/5/researcher.stderr