Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 21:24(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n82

heart_jcf_peri reweighting, heart x1.9, edge x0.3 (fake Engineer, node 82)

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261001-152125-search-t1-g23-fake-followup
父节点n79
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态程序报错
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。不到 1 分
程序版本e89211012ccffffcb05686a222dfb3e8307306cc (programs.git)
备注crash on proxy: tion/run.py", line 40, in <module> main() File "/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-152125-search-t1-g23-fake-followup/nodes/82/exec/src/solution/run.py", lin…

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git e89211012c:solution/METHOD.md

heart_jcf_peri reweighting, heart x1.9, edge x0.3 (fake Engineer, node 82)

Test run only.

调研员的计划

名称fake-plan-82
动机test node 82; idea improve
做法perturb the heart / edge weights of the parent's reweighting
风险none (fake)

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 4abad9def5。改动的文件:solution/METHOD.md +1 −1、solution/run.py +4 −4

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 23c35d3..f62d594 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,3 +1,3 @@-heart_jcf_peri reweighting, heart x1.6, edge x0.25 (fake Engineer, node 79)+heart_jcf_peri reweighting, heart x1.9, edge x0.3 (fake Engineer, node 82)  Test run only.diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex cf8499e..1999c5a 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,5 +1,5 @@ #!/usr/bin/env python3-"""fake-79: heart_jcf_peri weights perturbed by the fake Engineer (test run)."""+"""fake-82: heart_jcf_peri weights perturbed by the fake Engineer (test run)."""  from __future__ import annotations @@ -16,8 +16,8 @@ from src.task1_temporal.view_io import (     write_prediction, ) -HEART_WEIGHT = 1.6-EDGE_WEIGHT = 0.25+HEART_WEIGHT = 1.9+EDGE_WEIGHT = 0.3 N_CELLS = 4000  @@ -30,7 +30,7 @@ def main() -> None:     manifest = load_manifest(args.data)     genes = panel_genes(args.data, manifest)     last = read_stage(args.data, inputs_by_time(manifest)[-1], genes)-    pass+    raise RuntimeError('fake Engineer: deliberate crash')     n = target_n_cells(manifest, N_CELLS)     X = heart_reweight(last.X, labels_of(last), n_cells=n, heart_weight=HEART_WEIGHT, edge_weight=EDGE_WEIGHT, seed=args.seed)     write_prediction(X, genes, args.out, seed=args.seed)

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k041Within-stage pseudotime and graph toolkit offline: scanpy DPT/PAGA/Leiden, Palantir, CellRank 210.1186/s13059-019-1663-x (PAGA); 10.1038/s41587-019-0068-4 (Palantir); 10.1038/s41592-024-02303-9 (CellRank 2)
k031Offline OT toolkit in the sandbox: moscot TemporalProblem, wot OTModel, POT, geomloss10.1038/s41586-024-08453-2 (moscot); 10.1016/j.cell.2019.01.006 (Waddington-OT)
k007Interval staging and held-out-window filtering of external datanotes/来件/virtualembryo.ai/rules.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么heart / edge weights
各组分数的变化cell_state:None
covariation:None
de_recovery:None
direction:None
失败原因status crash
假设是否成立unclear
经验
  1. node 82: d_score None
下一步建议
  1. try another weight

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 fake
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。1
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 21 · 输出 5 · 思考 0
任务(第一行)分析节点 n82 的打分结果,写 ANALYSIS.json
最后的回答(摘录)
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-152125-search-t1-g23-fake-followup/nodes/82/analyst.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-152125-search-t1-g23-fake-followup/nodes/82/analyst.stderr

工程师

角色工程师 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 56 · 输出 14 · 思考 0
任务(第一行)按计划修改程序:fake-plan-82
最后的回答(摘录)
wrote solution/run.py with heart x1.9, edge x0.3 (crash)
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-152125-search-t1-g23-fake-followup/nodes/82/engineer.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-152125-search-t1-g23-fake-followup/nodes/82/engineer.stderr

调研员

角色调研员 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 17 · 输出 4 · 思考 0
任务(第一行)为节点 n82(改进,父节点 n79)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
PLAN.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-152125-search-t1-g23-fake-followup/nodes/82/researcher.jsonl 0 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-152125-search-t1-g23-fake-followup/nodes/82/researcher.stderr