Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 21:24(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n6

heart_jcf_peri reweighting, heart x1.8, edge x0.2 (fake Engineer, node 6)

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261001-150336-search-t1-g23-fake-followup
父节点n3
子节点n16
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态格式不合格
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。不到 1 分
程序版本6c5746178a62941234d79c99784fa5f0e7ceb8bd (programs.git)
备注invalid_format on proxy:

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 6c5746178a:solution/METHOD.md

heart_jcf_peri reweighting, heart x1.8, edge x0.2 (fake Engineer, node 6)

Test run only.

调研员的计划

名称fake-plan-6
动机test node 6; idea improve
做法perturb the heart / edge weights of the parent's reweighting
风险none (fake)

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 e3c19b71cc。改动的文件:solution/METHOD.md +3 −0、solution/README.md +0 −4、solution/run.py +11 −26

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdnew file mode 100644index 0000000..c873a46--- /dev/null+++ b/solution/METHOD.md@@ -0,0 +1,3 @@+heart_jcf_peri reweighting, heart x1.8, edge x0.2 (fake Engineer, node 6)++Test run only.diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mddeleted file mode 100644index ba29577..0000000--- a/solution/README.md+++ /dev/null@@ -1,4 +0,0 @@-# pseudobulk_shift--最新阶段抽样后,每个细胞加上所属类型在最后一步的伪批量差值 mean(last|type) − mean(prev|type),夹到 ≥0;前一阶段没有的类型原样复制。-T1 proxy 只有一个输入阶段,没有差值可取,退化成 copy_last(同样的抽样),所以 proxy 分 = copy_last(seed 0 实测 49.77)。final 才真正平移;官方在真实 T1 上报的常数位移是 48.6,低于地板。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex f3a0f25..6d3bcc0 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,33 +1,25 @@ #!/usr/bin/env python3-"""pseudobulk_shift: latest stage + per-cell-type pseudobulk delta of the last step.--The delta is mean(last|type) - mean(prev|type) over the two latest inputs,-computed on the full stages and added once to a subsample of the latest stage-(clipped at 0). Types missing from the earlier stage are copied unchanged.--With a single input stage (T1 proxy: E8.5 only) there is no step to take a-delta from, so this falls back to copy_last with the same sampling. The proxy-therefore cannot tell this seed from copy_last; that gap is expected.-"""+"""fake-6: heart_jcf_peri weights perturbed by the fake Engineer (test run)."""  from __future__ import annotations  import argparse -import numpy as np--from src.task1_temporal.baselines import shift_rows, type_deltas+from src.task1_temporal.reweight import heart_reweight from src.task1_temporal.view_io import (     inputs_by_time,     labels_of,     load_manifest,     panel_genes,     read_stage,-    sample_rows,     target_n_cells,     write_prediction, ) +HEART_WEIGHT = 1.8+EDGE_WEIGHT = 0.2+N_CELLS = 4000+  def main() -> None:     parser = argparse.ArgumentParser()@@ -35,20 +27,13 @@ def main() -> None:     parser.add_argument("--out", required=True)     parser.add_argument("--seed", type=int, default=0)     args = parser.parse_args()-     manifest = load_manifest(args.data)     genes = panel_genes(args.data, manifest)-    stages = inputs_by_time(manifest)-    last = read_stage(args.data, stages[-1], genes)-    rng = np.random.default_rng(args.seed)-    rows = sample_rows(last.n_obs, target_n_cells(manifest, last.n_obs), rng)-    X = last.X[rows]-    if len(stages) >= 2:-        prev = read_stage(args.data, stages[-2], genes)-        deltas = type_deltas(prev.X, labels_of(prev), last.X, labels_of(last))-        del prev-        X = shift_rows(X, labels_of(last)[rows], deltas)-    write_prediction(X, genes, args.out, seed=args.seed)+    last = read_stage(args.data, inputs_by_time(manifest)[-1], genes)+    pass+    n = target_n_cells(manifest, N_CELLS)+    X = heart_reweight(last.X, labels_of(last), n_cells=n, heart_weight=HEART_WEIGHT, edge_weight=EDGE_WEIGHT, seed=args.seed)+    write_prediction(X[:10], genes, args.out, seed=args.seed)   if __name__ == "__main__":

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k018Damped per-type shift: shrinkage alpha on the observed deltanotes/plan/cards/T1.md
k017Lineage graph with prior / data / alignment edges and a rename testnotes/competition/05_lineage_graph.md
k004Our OT recipe on the released T1 stages (census)notes/competition/09_t1_census_lineage.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么heart / edge weights
各组分数的变化cell_state:None
covariation:None
de_recovery:None
direction:None
失败原因status invalid_format
假设是否成立unclear
经验
  1. node 6: d_score None
下一步建议
  1. try another weight

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 fake
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。1
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 21 · 输出 5 · 思考 0
任务(第一行)分析节点 n6 的打分结果,写 ANALYSIS.json
最后的回答(摘录)
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-150336-search-t1-g23-fake-followup/nodes/6/analyst.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-150336-search-t1-g23-fake-followup/nodes/6/analyst.stderr

工程师

角色工程师 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 58 · 输出 14 · 思考 0
任务(第一行)按计划修改程序:fake-plan-6
最后的回答(摘录)
wrote solution/run.py with heart x1.8, edge x0.2 (invalid)
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-150336-search-t1-g23-fake-followup/nodes/6/engineer.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-150336-search-t1-g23-fake-followup/nodes/6/engineer.stderr

调研员

角色调研员 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 17 · 输出 4 · 思考 0
任务(第一行)为节点 n6(改进,父节点 n3)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
PLAN.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-150336-search-t1-g23-fake-followup/nodes/6/researcher.jsonl 0 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-150336-search-t1-g23-fake-followup/nodes/6/researcher.stderr