Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 21:24（北京时间） / 每 5 分钟更新

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节点 n54

heart_jcf_peri reweighting, heart x1.2, edge x0.3 (fake Engineer, node 54)

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话，有自己的锁定配置和证据包。20261001-140551-search-t1-g23-fake-cont
父节点n47
子节点n56
操作?种子：人写的起点；改进：在父节点上改；草稿：从头写；修复：修父节点的报错。改进
状态格式不合格
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束（或到现在）的挂钟时间。不到 1 分
程序版本3a83ac714c10d4f773c6883c99d249b4f5329693 （programs.git）
导入自20261001-134009-search-t1-g23-fake#54
备注invalid_format on X3:

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 3a83ac714c:solution/METHOD.md

heart_jcf_peri reweighting, heart x1.2, edge x0.3 (fake Engineer, node 54)

Test run only.

调研员的计划

名称fake-plan-54
动机test node 54; idea improve
做法perturb the heart / edge weights of the parent's reweighting
风险none (fake)

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。

对比：父节点版本 b91291aeb9。改动的文件：solution/METHOD.md +1 −1、solution/run.py +3 −3

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex bc62566..2598344 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,3 +1,3 @@-heart_jcf_peri reweighting, heart x1.7, edge x0.3 (fake Engineer, node 47)+heart_jcf_peri reweighting, heart x1.2, edge x0.3 (fake Engineer, node 54)  Test run only.diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex cfad9e3..7fd890a 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,5 +1,5 @@ #!/usr/bin/env python3-"""fake-47: heart_jcf_peri weights perturbed by the fake Engineer (test run)."""+"""fake-54: heart_jcf_peri weights perturbed by the fake Engineer (test run)."""  from __future__ import annotations @@ -16,7 +16,7 @@ from src.task1_temporal.view_io import (     write_prediction, ) -HEART_WEIGHT = 1.7+HEART_WEIGHT = 1.2 EDGE_WEIGHT = 0.3 N_CELLS = 4000 @@ -33,7 +33,7 @@ def main() -> None:     pass     n = target_n_cells(manifest, N_CELLS)     X = heart_reweight(last.X, labels_of(last), n_cells=n, heart_weight=HEART_WEIGHT, edge_weight=EDGE_WEIGHT, seed=args.seed)-    write_prediction(X, genes, args.out, seed=args.seed)+    write_prediction(X[:10], genes, args.out, seed=args.seed)   if __name__ == "__main__":

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。

用到的知识库条目

编号标题出处
k031Offline OT toolkit in the sandbox: moscot TemporalProblem, wot OTModel, POT, geomloss10.1038/s41586-024-08453-2 (moscot); 10.1016/j.cell.2019.01.006 (Waddington-OT)
k041Within-stage pseudotime and graph toolkit offline: scanpy DPT/PAGA/Leiden, Palantir, CellRank 210.1186/s13059-019-1663-x (PAGA); 10.1038/s41587-019-0068-4 (Palantir); 10.1038/s41592-024-02303-9 (CellRank 2)
k012Official T1 scoring, output contract and adversarial controlsnotes/来件/virtualembryo.ai/task1-temporal.md; notes/来件/virtualembryo.ai/baselines.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么heart / edge weights
各组分数的变化cell_state：None
covariation：None
de_recovery：None
direction：None
失败原因status invalid_format
假设是否成立unclear
经验
  1. node 54: d_score None
下一步建议
  1. try another weight

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 fake
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮（每轮可以调用多个工具）。1
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数，按工具名统计。共 0 次：—
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出（含思考）的 token 数，来自接口返回的用量。输入 21 · 输出 5 · 思考 0
任务（第一行）分析节点 n54 的打分结果，写 ANALYSIS.json
最后的回答（摘录）
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径；看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-140551-search-t1-g23-fake-cont/nodes/54/analyst.jsonl （文件不在）

工程师

角色工程师 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次：—
用时不到 1 分
token 数输入 58 · 输出 14 · 思考 0
任务（第一行）按计划修改程序：fake-plan-54
最后的回答（摘录）
wrote solution/run.py with heart x1.2, edge x0.3 (invalid)
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-140551-search-t1-g23-fake-cont/nodes/54/engineer.jsonl （文件不在）

调研员

角色调研员 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次：—
用时不到 1 分
token 数输入 17 · 输出 4 · 思考 0
任务（第一行）为节点 n54（改进，父节点 n47）写改进计划 PLAN.json
最后的回答（摘录）
PLAN.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-140551-search-t1-g23-fake-cont/nodes/54/researcher.jsonl （文件不在）