Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 21:24(北京时间) / 每 5 分钟更新

总览 · ← 返回运行 20261001-140551-search-t1-g23-fake-cont

节点 n25

heart_jcf_peri reweighting, heart x1.6, edge x0.4 (fake Engineer, node 25)

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261001-140551-search-t1-g23-fake-cont
父节点n2
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态已打分
分数搜索目标分 52.63(-0.5) · proxy 55.53(-0.7) · proxy2 55.53(-0.7) · X3 46.85(+0.0)
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。1 分
程序版本f913327ecede7c434f7ab742524f93c6ec058ed7 (programs.git)
导入自20261001-134009-search-t1-g23-fake#25

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git f913327ece:solution/METHOD.md

heart_jcf_peri reweighting, heart x1.6, edge x0.4 (fake Engineer, node 25)

Test run only.

调研员的计划

名称fake-plan-25
动机test node 25; idea improve
做法perturb the heart / edge weights of the parent's reweighting
风险none (fake)

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 cd04238ecb。改动的文件:solution/METHOD.md +3 −0、solution/README.md +0 −4、solution/run.py +5 −9

diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdnew file mode 100644index 0000000..1c140ca--- /dev/null+++ b/solution/METHOD.md@@ -0,0 +1,3 @@+heart_jcf_peri reweighting, heart x1.6, edge x0.4 (fake Engineer, node 25)++Test run only.diff --git a/solution/README.md b/solution/README.mddeleted file mode 100644index e66c7c3..0000000--- a/solution/README.md+++ /dev/null@@ -1,4 +0,0 @@-# heart_jcf_peri--run2(20260927-172643-grok-t1)的 T1 胜者:对最新输入阶段按细胞类型重加权再抽 4000 个真实细胞,不改表达。丢 Neural Tube;心脏类(CM、内皮/心内膜、SHF/PHM、JCF、心包、心外膜原基)×1.6;表面外胚层、EXEM、轴旁中胚层 ×0.25;其余 ×1。-proxy 预期 55.97(seed 0,与 run2 的预测逐位相同)。final 读 E9.5,类型集合已含 E9.5 的名字(V-CM、Endocardium、BEC、aPHM、pPHM、Proepicardium)。diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex a752b21..edf93c4 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,11 +1,5 @@ #!/usr/bin/env python3-"""heart_jcf_peri: run2's T1 winner. Reweight the latest input stage by cell type.--Neural Tube dropped; heart types (CM, endothelium/endocardium, SHF/PHM, JCF,-pericardium, proepicardium) x1.6; surface ectoderm, EXEM, paraxial mesoderm-x0.25; everything else x1. 4000 real cells, no expression shift. Proxy reads-E8.5, final reads E9.5; the type set already names both stages' labels.-"""+"""fake-25: heart_jcf_peri weights perturbed by the fake Engineer (test run)."""  from __future__ import annotations @@ -22,6 +16,8 @@ from src.task1_temporal.view_io import (     write_prediction, ) +HEART_WEIGHT = 1.6+EDGE_WEIGHT = 0.4 N_CELLS = 4000  @@ -31,12 +27,12 @@ def main() -> None:     parser.add_argument("--out", required=True)     parser.add_argument("--seed", type=int, default=0)     args = parser.parse_args()-     manifest = load_manifest(args.data)     genes = panel_genes(args.data, manifest)     last = read_stage(args.data, inputs_by_time(manifest)[-1], genes)+    pass     n = target_n_cells(manifest, N_CELLS)-    X = heart_reweight(last.X, labels_of(last), n_cells=n, seed=args.seed)+    X = heart_reweight(last.X, labels_of(last), n_cells=n, heart_weight=HEART_WEIGHT, edge_weight=EDGE_WEIGHT, seed=args.seed)     write_prediction(X, genes, args.out, seed=args.seed)  

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k047Juxta-cardiac field (JCF): a common progenitor pool of epicardium and myocardium10.1126/science.abb2986 (Tyser 2021)
k044Anterior second heart field (aSHF): Isl1+/Fgf10+ pharyngeal mesoderm adds outflow tract and right ventricle10.1016/S1534-5807(01)00040-5 (Kelly 2001); 10.1016/S1534-5807(03)00363-0 (Cai 2003); 10.1101/cshperspect.a015750 (Kelly 2014)
k046Cardiopharyngeal mesoderm (CPM): shared progenitors of head muscles, pharyngeal connective tissue and SHF myocardium10.1242/dev.050674 (Lescroart 2010); 10.1242/dev.185256 (Adachi 2020); 10.1038/nature14435 (Diogo 2015)

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

改了什么heart / edge weights
各组分数的变化cell_state:-1.0867
covariation:-0.56
de_recovery:0.0
direction:-0.14
假设是否成立否
经验
  1. node 25: d_score -0.4707
下一步建议
  1. try another weight

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

分析员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。分析员 fake
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。1
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 21 · 输出 5 · 思考 0
任务(第一行)分析节点 n25 的打分结果,写 ANALYSIS.json
最后的回答(摘录)
ANALYSIS.json written
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-140551-search-t1-g23-fake-cont/nodes/25/analyst.jsonl (文件不在)

工程师

角色工程师 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 53 · 输出 13 · 思考 0
任务(第一行)按计划修改程序:fake-plan-25
最后的回答(摘录)
wrote solution/run.py with heart x1.6, edge x0.4 (ok)
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-140551-search-t1-g23-fake-cont/nodes/25/engineer.jsonl (文件不在)

调研员

角色调研员 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数输入 17 · 输出 4 · 思考 0
任务(第一行)为节点 n25(改进,父节点 n2)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
PLAN.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-140551-search-t1-g23-fake-cont/nodes/25/researcher.jsonl (文件不在)