Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 20:28(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n8

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261001-135922-search-t1-g23-spark
父节点n2
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态编写中
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。—
程序版本— (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

没有 METHOD.md。

调研员的计划

名称重加权 + 按类型收缩伪批量位移(真实细胞锚)
动机父节点 2(53.10)最弱组是 de_recovery 50.21 和 covariation 52.98:它只重加权抽真实 E8.5 细胞、完全不改表达,所以阶段间 DE 无从恢复(de_recovery 几乎贴着 copy_last 的 50.00)。节点 3 证明裸 pseudobulk_shift 会砸协方差(covariation 38.53)和 X3(40.53,比 copy_last 低 9.5),但节点 2 的组成重加权对 proxy 有 +6.2(56.23 vs 50.04)。本方案把两个已验证部件组合:保留重加权不动,只在真实细胞锚上叠加『按细胞类型的均值位移 × 收缩系数 α + 基因级截断』,机制上直接补 de_recovery,同时因位移是类型内常数、锚是真实细胞,理论上不破坏类型内协方差。
做法步骤(在父 run.py 的 heart_reweight 抽样之后、write_prediction 之前插入一步):1) 在输入数据的 log 表达空间按细胞类型算伪批量均值。2) 位移向量 Δ_t 的来源分两种情况:(a) 视图有 ≥2 个输入阶段(final:官方 E8.5+E9.5,或 proxy2 若把 Qiu E9.0 作为第二输入)——Δ_t = mean_t(最新阶段) − mean_t(较早阶段),对无外部数据时的类型用全局 Δ 兜底;(b) 单输入阶段(T1 proxy 只有 E8.5)——若视图 external/ 里有 Qiu E9.0 心脏数据,则只对可映射的心脏类型(CM、内皮/心内膜、SHF/PHM、JCF、心包/心外膜原基)算 Δ_t = mean_Qiu-E9.0(t) − mean_E8.5(t),未覆盖的 4,402 个基因和不可映射类型 Δ=0;若 external/ 不存在,则 α 强制为 0,方案退化为父节点(安全下界)。3) 对 Δ_t 做基因级截断:|Δ| 超过全体基因 |Δ| 的 99 分位或绝对上限 1.0(log 单位)者截断,防止极端基因。4) 每个抽样细胞 x' = clip(x + α·Δ_t(x), 0, ∞),α 初值 0.5,网格 {0, 0.3, 0.5, 0.7};若 proxy 提升但 covariation 或 X3 掉超 2 分,改为只对每类型 |Δ| 前 500 基因施加位移再试。5) 单阶段退路已内建(见 2b/α=0);final 上主路是 2a,外部数据只作缺失类型的兜底,不做 0.5 天间隔专属调参。6) vec-score 筛选流程:先 α=0 复核与父节点同分(sanity),再跑 α 网格(每次 1.2 s 级、内存 ~1.3 GB,很便宜),用 seed 0 和 seed 1 各查一次取均值,只接受 proxy 均值提升 >2 分(T1 噪声)且 covariation/X3 降幅 <2 分的 α;查分预算控制在 ~12 次内(网格 4×2 seed + 精调 2-3 次)。
风险1) 位移破坏跨类型协方差或 X3(节点 3 的前车之鉴:covariation 38.53、X3 40.53)——Engineer 应在第一次 α=0.5 查分时立即看 covariation 组和 X3 列,掉 >2 分就减小 α 或改用 top-500 基因截断版;2) E8.5→E9.0(Qiu)的 Δ 外推到 E9.5 幅度过小或跨数据集技术偏差使 Δ 方向失真——若 proxy 的 de_recovery 不动而 X3 掉分,说明 Δ 过拟合心脏/0.5 天间隔,应回退 α=0 并只保留重加权;3) 类型映射错误把 Δ 加错细胞——抽查 2-3 个类型(如 JCF、CM)位移后其已知标记方向是否合理;4) 提升小于 2 分噪声被误判——必须双 seed 查分取均值再决定。

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

这个节点没有程序版本(没有生成代码)

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k047Juxta-cardiac field (JCF): a common progenitor pool of epicardium and myocardium10.1126/science.abb2986 (Tyser 2021)
k044Anterior second heart field (aSHF): Isl1+/Fgf10+ pharyngeal mesoderm adds outflow tract and right ventricle10.1016/S1534-5807(01)00040-5 (Kelly 2001); 10.1016/S1534-5807(03)00363-0 (Cai 2003); 10.1101/cshperspect.a015750 (Kelly 2014)
k046Cardiopharyngeal mesoderm (CPM): shared progenitors of head muscles, pharyngeal connective tissue and SHF myocardium10.1242/dev.050674 (Lescroart 2010); 10.1242/dev.185256 (Adachi 2020); 10.1038/nature14435 (Diogo 2015)

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

没有分析结果(ANALYSIS.json)。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

调研员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。2
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 1 次:bash 1
用时1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 9,253 · 输出 1,141 · 思考 2,543
任务(第一行)为节点 n8(改进,父节点 n2)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
```json
{
  "name": "重加权 + 按类型收缩伪批量位移(真实细胞锚)",
  "motivation": "父节点 2(53.10)最弱组是 de_recovery 50.21 和 covariation 52.98:它只重加权抽真实 E8.5 细胞、完全不改表达,所以阶段间 DE 无从恢复(de_recovery 几乎贴着 copy_last 的 50.00)。节点 3 证明裸 pseudobulk_shift 会砸协方差(covariation 38.53)和 X3(40.53,比 copy_last 低 9.5),但节点 2 的组成重加权对 proxy 有 +6.2(56.23 vs 50.04)。本方案把两个已验证部件组合:保留重加权不动,只在真实细胞锚上叠加『按细胞类型的均值位移 × 收缩系数 α + 基因级截断』,机制上直接补 de_recovery,同时因位移是类型内常数、锚是真实细胞,理论上不破坏类型内协方差。",
  "approach": "步骤(在父 run.py 的 heart_reweight 抽样之后、write_prediction 之前插入一步):1) 在输入数据的 log 表达空间按细胞类型算伪批量均值。2) 位移向量 Δ_t 的来源分两种情况:(a) 视图有 ≥2 个输入阶段(final:官方 E8.5+E9.5,或 proxy2 若把 Qiu E9.0 作为第二输入)——Δ_t = mean_t(最新阶段) − mean_t(较早阶段),对无外部数据时的类型用全局 Δ 兜底;(b) 单输入阶段(T1 proxy 只有 E8.5)——若视图 external/ 里有 Qiu E9.0 心脏数据,则只对可映射的心脏类型(CM、内皮/心内膜、SHF/PHM、JCF、心包/心外膜原基)算 Δ_t = mean_Qiu-E9.0(t) − mean_E8.5(t),未覆盖的 4,402 个基因和不可映射类型 Δ=0;若 external/ 不存在,则 α 强制为 0,方案退化为父节点(安全下界)。3) 对 Δ_t 做基因级截断:|Δ| 超过全体基因 |Δ| 的 99 分位或绝对上限 1.0(log 单位)者截断,防止极端基因。4) 每个抽样细胞 x' = clip(x + α·Δ_t(x), 0, ∞),α 初值 0.5,网格 {0, 0.3, 0.5, 0.7};若 proxy 提升但 covariation 或 X3 掉超 2 分,改为只对每类型 |Δ| 前 500 基因施加位移再试。5) 单阶段退路已内建(见 2b/α=0);final 上主路是 2a,外部数据只作缺失类型的兜底,不做 0.5 天间隔专属调参。6) vec-score 筛选流程:先 α=0 复核与父节点同分(sanity),再跑 α 网格(每次 1.2 s 级、内存 ~1.3 GB,很便宜),用 seed 0 和 seed 1 各查一次取均值,只接受 proxy 均值提升 >2 分(T1 噪声)且 covariation/X3 降幅 <2 分的 α;查分预算控制在 ~12 次内(网格 4×2 seed + 精调 2-3 次)。",
  "expected_groups": ["de_recovery", "covariation", "cell_state"],
  "risks": "1) 位移破坏跨类型协方差或 X3(节点 3 的前车之鉴:covariation 38.53、X3 40.53)——Engineer 应在第一次 α=0.5 查分时立即看 covariation 组和 X3 列,掉 >2 分就减小 α 或改用 top-500 基因截断版;2) E8.5→E9.0(Qiu)的 Δ 外推到 E9.5 幅度过小或跨数据集技术偏差使 Δ 方向失真——若 proxy 的 de_recovery 不动而 X3 掉分,说明 Δ 过拟合心脏/0.5 天间隔,应回退 α=0 并只保留重加权;3) 类型映射错误把 Δ 加错细胞——抽查 2-3 个类型(如 JCF、CM)位移后其已知标记方向是否合理;4) 提升小于 2 分噪声被误判——必须双 seed 查分取均值再决定。",
  "sources": []
}
```
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-135922-search-t1-g23-spark/nodes/8/researcher.jsonl 6 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-135922-search-t1-g23-spark/nodes/8/researcher.stderr