Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 20:28(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n6

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261001-135922-search-t1-g23-spark
父节点n3
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态编写中
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。—
程序版本— (programs.git)

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

没有 METHOD.md。

调研员的计划

名称EB收缩+阻尼α的按类型位移(去硬截断,修X3与covariation)
动机父节点3总分46.87,短板全在位移被施加的尺子/分组:X3=40.53(copy_last节点1为50.00,白白损失9.5分),covariation=38.53(copy_last为50.11),direction=49.53、de_recovery=49.29也略低于copy_last。机制诊断:(a) k018明确记录官方常数位移α=1在真实T1只有48.6、低于copy_last,说明全量重复最后一步差值必然过冲;(b) 每类型加常数列本身不改变类型内相关结构,covariation崩到38.53的主因是clip(x+δ,0)把大量负位移基因截成0点质量、压扁了分布;(c) 按类型均值差里含大量抽样噪声基因,未收缩直接加到每个细胞上伤direction/de_recovery。节点3的proxy=50.04与copy_last完全一致(单输入退化成copy),所以改动只需修'有两阶段时'的位移质量,proxy分不会受损。
做法在父节点run.py基础上改三处,保持整体流程(最新阶段抽样→按类型加位移→write_prediction)不变:
1) 逐基因经验贝叶斯收缩:对每个类型c、基因g,δ_cg = mean(last|c,g) − mean(prev|c,g),se_cg² = var(last|c,g)/n_last_c + var(prev|c,g)/n_prev_c;收缩后 δ̃_cg = δ_cg · δ_cg²/(δ_cg² + se_cg²)(James-Stein式,噪声大的基因自动少动)。类型细胞数下限15(参考k004的分层抽样下限),任一侧不足则该类型不加位移、原样复制;prev缺失的类型仍原样复制(沿用父节点逻辑)。
2) 全局阻尼α:x_new = x + α·δ̃,α初值0.5。搜索范围{0, 0.25, 0.5, 0.75};α=0即copy_last,是保底。若X3视图manifest里有≥2个输入阶段(Engineer先确认),用vec-score在X3上扫α取最优(A半查分、B半正式分,注意过拟合A半:只有当某α比α=0高出>2分噪声才选它,否则取更保守值);若X3只有单输入阶段无法扫α,直接取先验α=0.5(依据k018:α=1官方48.6<copy_last,α=0=copy_last,中点保守)。
3) 去掉大面积硬截断:位移后仅对确需非负的输出格式做下限0截断,但先统计截断比例——EB收缩+α≤0.5后被截细胞值应<5%;若输出允许(write_prediction与copy_last同格式,copy_last本身不截断),则完全不截断,让负值保留以维持协方差。final(官方E8.5+E9.5两输入)上同一套代码直接生效:δ来自E8.5→E9.5,α用X3扫出或先验值。
单输入阶段退路:与父节点相同,退化为copy_last同抽样,proxy/proxy2分数保持50.04不动。
快速筛选流程(≤20次查分、25分钟内):先小样本(如2000细胞)验证代码路径与截断比例→X3上查α∈{0,0.25,0.5,0.75}四次(含EB收缩)→再查一次'EB收缩关掉、仅α'的消融以确认EB贡献→选最优配置跑正式。运行秒级,预算充足。
风险(1) X3可能只有单输入阶段,α无法在可见尺子上调——退路是k018先验α=0.5,此时X3预期仍应≥copy_last(EB收缩只会让位移更温和),Engineer应在第一次查分就对比α=0基线确认不倒退;(2) 在X3 A半上扫α有过拟合风险,差距<2分噪声时一律取更小的α;(3) 小类型(<15细胞)的var估计不稳,已用细胞数下限+不位移兜底;(4) 若输出格式强制非负计数而数据是log空间,负值处理需与copy_last的输出格式核对一致,Engineer应先读write_prediction确认;(5) 尽早发现方式:小样本先跑通并打印每类型位移范数、截断比例、EB收缩因子分布,再上全量查分——若X3上α=0.5仍比α=0低>2分,说明该数据集上位移方向本身不可靠(可能存在类型改名,见k017),应直接退回α=0并如实报告。

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

这个节点没有程序版本(没有生成代码)

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k018Damped per-type shift: shrinkage alpha on the observed deltanotes/plan/cards/T1.md
k017Lineage graph with prior / data / alignment edges and a rename testnotes/competition/05_lineage_graph.md
k004Our OT recipe on the released T1 stages (census)notes/competition/09_t1_census_lineage.md

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

没有分析结果(ANALYSIS.json)。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

调研员

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。调研员 alibaba-token-plan-cn/qwen3.8-max
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。1
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 0 次:—
用时1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 8,456 · 输出 1,449 · 思考 4,133
任务(第一行)为节点 n6(改进,父节点 n3)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
败的 α=1 硬截断有明确机制区别。上下文已足够(k018/k004 给出了参数先验),无需 lit-search。

```json
{
  "name": "EB收缩+阻尼α的按类型位移(去硬截断,修X3与covariation)",
  "motivation": "父节点3总分46.87,短板全在位移被施加的尺子/分组:X3=40.53(copy_last节点1为50.00,白白损失9.5分),covariation=38.53(copy_last为50.11),direction=49.53、de_recovery=49.29也略低于copy_last。机制诊断:(a) k018明确记录官方常数位移α=1在真实T1只有48.6、低于copy_last,说明全量重复最后一步差值必然过冲;(b) 每类型加常数列本身不改变类型内相关结构,covariation崩到38.53的主因是clip(x+δ,0)把大量负位移基因截成0点质量、压扁了分布;(c) 按类型均值差里含大量抽样噪声基因,未收缩直接加到每个细胞上伤direction/de_recovery。节点3的proxy=50.04与copy_last完全一致(单输入退化成copy),所以改动只需修'有两阶段时'的位移质量,proxy分不会受损。",
  "approach": "在父节点run.py基础上改三处,保持整体流程(最新阶段抽样→按类型加位移→write_prediction)不变:\n1) 逐基因经验贝叶斯收缩:对每个类型c、基因g,δ_cg = mean(last|c,g) − mean(prev|c,g),se_cg² = var(last|c,g)/n_last_c + var(prev|c,g)/n_prev_c;收缩后 δ̃_cg = δ_cg · δ_cg²/(δ_cg² + se_cg²)(James-Stein式,噪声大的基因自动少动)。类型细胞数下限15(参考k004的分层抽样下限),任一侧不足则该类型不加位移、原样复制;prev缺失的类型仍原样复制(沿用父节点逻辑)。\n2) 全局阻尼α:x_new = x + α·δ̃,α初值0.5。搜索范围{0, 0.25, 0.5, 0.75};α=0即copy_last,是保底。若X3视图manifest里有≥2个输入阶段(Engineer先确认),用vec-score在X3上扫α取最优(A半查分、B半正式分,注意过拟合A半:只有当某α比α=0高出>2分噪声才选它,否则取更保守值);若X3只有单输入阶段无法扫α,直接取先验α=0.5(依据k018:α=1官方48.6<copy_last,α=0=copy_last,中点保守)。\n3) 去掉大面积硬截断:位移后仅对确需非负的输出格式做下限0截断,但先统计截断比例——EB收缩+α≤0.5后被截细胞值应<5%;若输出允许(write_prediction与copy_last同格式,copy_last本身不截断),则完全不截断,让负值保留以维持协方差。final(官方E8.5+E9.5两输入)上同一套代码直接生效:δ来自E8.5→E9.5,α用X3扫出或先验值。\n单输入阶段退路:与父节点相同,退化为copy_last同抽样,proxy/proxy2分数保持50.04不动。\n快速筛选流程(≤20次查分、25分钟内):先小样本(如2000细胞)验证代码路径与截断比例→X3上查α∈{0,0.25,0.5,0.75}四次(含EB收缩)→再查一次'EB收缩关掉、仅α'的消融以确认EB贡献→选最优配置跑正式。运行秒级,预算充足。",
  "expected_groups": ["covariation", "direction", "de_recovery", "cell_state"],
  "risks": "(1) X3可能只有单输入阶段,α无法在可见尺子上调——退路是k018先验α=0.5,此时X3预期仍应≥copy_last(EB收缩只会让位移更温和),Engineer应在第一次查分就对比α=0基线确认不倒退;(2) 在X3 A半上扫α有过拟合风险,差距<2分噪声时一律取更小的α;(3) 小类型(<15细胞)的var估计不稳,已用细胞数下限+不位移兜底;(4) 若输出格式强制非负计数而数据是log空间,负值处理需与copy_last的输出格式核对一致,Engineer应先读write_prediction确认;(5) 尽早发现方式:小样本先跑通并打印每类型位移范数、截断比例、EB收缩因子分布,再上全量查分——若X3上α=0.5仍比α=0低>2分,说明该数据集上位移方向本身不可靠(可能存在类型改名,见k017),应直接退回α=0并如实报告。"
}
```
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-135922-search-t1-g23-spark/nodes/6/researcher.jsonl 6 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g23_wt/agent/runs/20261001-135922-search-t1-g23-spark/nodes/6/researcher.stderr