节点 n5

升。实验表显示两条教训：节点 3（pseudobulk_shift，跨阶段 delta 以 alpha=1 重放）跌到 46.87（X3 40.53），说明方向类信号必须收缩幅度（文献卡 k018 也指出 alpha=1 低于 copy_last）；节点 2（53.10）cell_state 53.85、direction 55.21 但 de_recovery 仅 50.21，说明它基本没动表达层，且 X3 46.85 低于地板、疑似心脏特异做法伤了外部尺子。本方案针对最弱的 de_recovery/direction（表达层位移）与 cell_state（组成），用与节点 2、3 不同家族的机制：单快照内伪时间梯度作为方向场，且全程数据集无关（不依赖心脏特异先验），保护 X3。",
  "approach": "全部在父节点 run.py 的 view_io 管线上扩展，CPU 可跑，先 3 万细胞子样本调试再全量。步骤：(1) 对最新输入阶段（proxy 为 E8.5）log 表达做 PCA(~50 维)+kNN 图；根细胞取多能性基因（Pou5f1/Nanog/Sox2 等在 panel 中的交集）均值最高的 1% 细胞质心——这是已发布阶段的通用发育知识，不涉及禁窗；沿图算扩散伪时间（scanpy diffusion_pseudotime，退化方案：第一扩散分量定向）。(2) 方向场：按伪时间分 ~15 个 bin，对每个基因用 bin 均值做线性拟合得 slope(pseudotime)，沿伪时间平滑；细胞 i 的位移 d_i = 各基因 slope 在其伪时间处的取值；归一化使 median||d_i||=1。(3) 位移：x_new = clip(x_i + alpha·d_i, 0)（log 空间，与 k018 一致）；alpha 网格 {0.15, 0.3, 0.5}。(4) 组成：按细胞周期 S/G2M 基因集（通用基因集，非任何禁窗统计量）算每类型增殖 z 分，权重 w_c = clip(1+beta·z_c, 0.5, 2)，beta 网格 {0, 0.2}，带权无放回抽到 5118 细胞。(5) 输出为真实细胞+小幅位移，天然保 covariation 不塌（k016 的退化检查：报告每类型方差、稀有类型保留、基因协方差与 alpha=0 基线对比）。查分策略（预算 ~10/20 次）：先 alpha=0,beta=0 sanity（应≈50）；再 alpha×beta 网格，每配置同时看 proxy、proxy2、X3 三把尺子的 A 半；只有当最佳配置在 proxy 与 X3 上都比 copy_last 查分高 >2 分（噪声）才采用，否则回退到 g=0.3 的移位/拷贝细胞级混合，再不行只保留 beta=0.2 的组成项。两输入阶段路（final 与 proxy2）：有 E8.5+E9.5 两个官方输入时，同名类型改用跨阶段伪批量 delta 并收缩 alpha2∈{0.4,0.6}（k018：alpha=1 已证失败），晚出生类型（无 delta）仍用伪时间方向场；proxy2 的 Qiu E9.0 只覆盖 27,883 基因：跨阶段 delta 仅在覆盖基因上计算，未覆盖基因退回伪时间 slope 位移（来自官方阶段）或 0；不把 proxy2 的高分当校准，仅作为两时间点路能工作的信号，final 上 delta 来自官方两阶段、全基因覆盖。",
  "expected_groups": ["direction", "de_recovery", "cell_state", "covariation"],
  "risks": "(1) 快照伪时间轴未必对齐真实 1 天方向——节点 3 的教训是幅度错就跌破地板；对策：alpha 从 0.15 起小网格、sanity 查分先行、任何配置低于 51 立即回退混合/仅组成方案，Engineer 应在前 3 次查分内判断方向是否有效。(2) 增殖重加权可能不匹配真实组成变化，cell_state 反而降；beta 起步 0.2 且单独消融（beta=0 对照），若 cell_state 掉分则弃用组成项。(3) A 半过拟合：所有采纳判据要求 proxy 与 X3 同时超噪声（>2 分），并预留 2 次查分复测最佳配置。(4) 根选择不稳（多能性基因不在 panel）：退路用 PC1 低表达端/kNN 图度最小的末端作根，先在子样本上目测伪时间排序是否从祖细胞到分化细胞。(5) 内存/时间：方向场拟合限 3 万细胞子样本，预计 <5 分钟、<2GB，与父节点 1.2s/1.26GB 相比仍远在限内。",
  "sources": []
}
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