Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 20:28(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n60

fake-plan-60

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261001-124831-search-t1-fake
父节点n8
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态没有改动
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。不到 1 分
程序版本33cfb90f4b47ec69a41a1dbcffffe812f507e960 (programs.git)
备注no change to solution/

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 33cfb90f4b:solution/METHOD.md

冻结父本类型配额,类内按增殖打分做成熟端加权无放回抽样(θ=0.5,E-S 算法),3-seed 均值 56.06→58.13。

方法

  • 类型配额与父节点 2(heart_jcf_peri)逐位一致:复用 src.task1_temporal.reweight 的 type_weights(心脏×1.6、边缘×0.25、丢 Neural Tube)+ largest_remainder,N=4000。
  • 新自由度:类内选谁。每细胞成熟分 m_i = −z_c(cycle_i):
    • cycle_i = 面板基因全细胞 z 分数后取 HALLMARK_E2F_TARGETS(199 基因,prior/msigdb GMT 现场读取)集内均值;
    • 在每个类型内部再 z 化;凋亡项(HALLMARK_APOPTOSIS,161 基因)实测降分,λ=0 出货。
  • 类内 Efraimidis–Spirakis 加权无放回抽样:v_i = exp(clip(θ·m_i, ±log4)),key_i = log(u_i)/v_i,每类取 top n_c。 单一 default_rng(seed),u_i 按原始行号一次性生成(θ 间配对比较)。θ=0 且 λ=0 时走父本 heart_reweight 原路径(逐位复现 55.97)。
  • 表达矩阵不做任何修改,输出 100% 真实细胞。

关键参数

θ=0.5(出货),λ_apopt=0,N=4000,clip=±log4。

查分结果(proxy,T1:val)

配置seed 0seed 1seed 2均值
父本 A0(θ=0)55.9756.3255.9056.06
θ=+0.2557.40---
θ=+0.557.8958.3458.1658.13
θ=+0.7557.62---
θ=−0.2552.14---
θ=+0.5, λ=0.557.13---

θ=+0.5 分组(seed 0):de_recovery 52.53 / direction 60.75 / cell_state 61.44 / covariation 55.67。 相对 A0:cell_state +4.9、direction +2.2、covariation +1.0、de_recovery −0.5(3-seed 均值口径), 出货门槛(均值 ≥ +2.0 且无组跌 >3.0)满足。

验证过的

  • A0 逐位复现 55.97(锚点);ship 配置对 refactor 前后逐位一致;vec-check 通过;运行 ~6 s、内存与父本同量级。
  • 符号方向确定:负 θ 大幅降分,正 θ 在 0.25–0.75 区间稳定优于父本,峰值 ≈0.5。
  • 深度诊断:corr(cycle, log10 depth)=0.366 < 0.5,未做深度残差化;θ=0.5 输出深度均值仅 −1.6%。
  • 方差守卫:随机 3000 基因上,θ=0.5 vs A0 的全基因方差比 1.045,无类内塌缩。
  • 单输入阶段(proxy)与两输入(final)走完全相同代码路径(只读 inputs_by_time[-1]),θ 可直接迁移。

没验证的

  • final 视图(E8.5+E9.5,目标 E10.5)上的实际分数;E9.5 类型集更大(21 型),θ=0.5 的幅度是否仍最优未测。
  • θ 在 0.5–0.75 之间的细调(有意不做,防 proxy 过拟合)。
  • prior GMT 缺失时的退化路径(代码上回退为类内均匀抽样=父本语义,未在真实缺失场景跑过;final 视图 prior 应存在)。

下一步建议

在 final 两阶段视图上,可用 E8.5→E9.5 的每类型伪批量差值替代/叠加增殖打分作为 m_i(proxy 无法验证此扩展);θ 细网格 {0.4,0.5,0.6} × 3 seed。

调研员的计划

名称fake-plan-60
动机test node 60; idea improve
做法perturb the heart / edge weights of the parent's reweighting
风险none (fake)

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 8936c91c49。改动的文件:—

没有改动。

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k041Within-stage pseudotime and graph toolkit offline: scanpy DPT/PAGA/Leiden, Palantir, CellRank 210.1186/s13059-019-1663-x (PAGA); 10.1038/s41587-019-0068-4 (Palantir); 10.1038/s41592-024-02303-9 (CellRank 2)
k031Offline OT toolkit in the sandbox: moscot TemporalProblem, wot OTModel, POT, geomloss10.1038/s41586-024-08453-2 (moscot); 10.1016/j.cell.2019.01.006 (Waddington-OT)
k060Hepatocytes and foregut epithelium: Afp/Alb hepatoblasts expand from 0.3% (E9.5) to 2.8% (E13.5) of whole-embryo cells10.1038/s41586-019-0969-x (Cao 2019 MOCA)

计划里引用的来源

文献检索

检索词来源库返回(标题 / 编号)
optimal transport single-cell trajectoriesarxivIntegrating Optimal Transport and Structural Inference Models for GRN Inference from Single-cell Data https://arxiv.org/abs/2409.15080v1
MultistageOT: Multistage optimal transport infers trajectories from a snapshot of single-cell data https://arxiv.org/abs/2502.05241v1

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

没有分析结果(ANALYSIS.json)。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

工程师

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。工程师 fake
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。1
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 19 · 输出 4 · 思考 0
任务(第一行)按计划修改程序:fake-plan-60
最后的回答(摘录)
no change this time
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-124831-search-t1-fake/nodes/60/engineer.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-124831-search-t1-fake/nodes/60/engineer.stderr

调研员

角色调研员 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 2 次:bash 2
用时不到 1 分
token 数输入 17 · 输出 4 · 思考 0
任务(第一行)为节点 n60(改进,父节点 n8)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
PLAN.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-124831-search-t1-fake/nodes/60/researcher.jsonl 3 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-124831-search-t1-fake/nodes/60/researcher.stderr