Virtual Embryo Challenge更新于 10-03 20:28(北京时间) / 每 5 分钟更新

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节点 n36

fake-plan-36

运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。20261001-124831-search-t1-fake
父节点n11
子节点—
操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。改进
状态没有改动
分数没有分数
审查未审查
用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。不到 1 分
程序版本81706c81797b4d89d604518bc116c358f1f8f5ce (programs.git)
备注no change to solution/

方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。

来自 programs.git 81706c8179:solution/METHOD.md

在 node 8 上加两个独立开关部件:跨阶段 δ 秩投影(两输入视图)与深度残差化增殖分;均未过预注册门槛,默认全关,出货路径与 node 8 逐位一致。

方法

出货配置 = node 8 原样:冻结 heart_jcf_peri 类型配额(心脏×1.6、边缘×0.25、丢 Neural Tube、 largest_remainder、N=4000),类内成熟分 m_i = −z_c(E2F cycle),E-S 加权无放回抽样,θ=0.5、 clip±log4、λ_apopt=0。表达矩阵不修改,输出 100% 真实细胞。 默认参数下输出与 node 8 逐位一致(已验证 max|ΔX|==0)。

本节点新增(默认关,代码保留供后续节点使用):

  • 信号 B(--w-proj):跨阶段 δ 秩投影(solution/delta.py)。视图有第二个可用输入阶段时激活 (proxy2 = Qiu E9.0 心脏,final = 官方 E8.5+E9.5)。每细胞表达在共享基因上转为细胞内百分位秩 (scipy rankdata,消除跨技术分布差);δ_c = mean秩(晚期,映射到 c 的细胞) − mean秩(E8.5, c),去均值; p_i = cosine(细胞秩偏差, δ_c) 只在 |δ_c| 前 500 基因上算;m_i = z_c(−cycle) + w·z_c(p_i)。 Qiu→官方标签映射(发育生物学知识,来源:心脏发育教科书/综述,如 Kelly & Buckingham 2004; Qiu 2024 作者标签语义):First heart field→{LV-CM, AVC-CM, IFT-CM};Second heart field→{aSHF, pSHF}; Endocardial cells→{Endothelium}。两侧各需 ≥30 细胞。 零查分门控通过:全部 6 型 cos(δ,−E2F) ∈ [+0.11,+0.17] > 0(E9.0 心脏确在退出周期方向), max|cos(δ, 随机500基因)| ≤ 0.012 < 0.1(δ 非随机噪声方向)。单输入视图自动 w=0(= node 8 路径)。
  • 信号 A(--resid-depth):深度残差化。cycle 分先对 [1, log1p(伪库大小)] 做类内闭式 OLS 取残差再类内 z。

查分结果(本节点,seed 0 除注明外)

配置p1p2结论
node 8 锚点复现57.887(=p1)环境正确
信号B w=0.25逐位不变57.72de_recovery −0.5
信号B w=0.5逐位不变57.82cell_state +0.4, de_recovery −0.5
信号B w=1.0逐位不变57.86单调逼近但始终 < 基线 57.89
信号A 3-seed (p1)57.06/57.09/57.55,均值 57.23-远低于门槛 57.83,弃用
θ 只施非心脏类(心脏均匀)56.33-cell_state 掉到 57.06,弃用

关键负结果:

  1. 深度残差化增殖分有害(3-seed 均值 57.23 vs 58.13):de_recovery 确实回升(52.71 vs 52.53), 但 cell_state 大跌(59.5–60.7 vs 61.4)——node 8 的增益有一部分正来自"顺带选了低深度细胞", 去掉深度混杂就丢掉了它。与 node 9(3-seed 57.42)互相印证。此路线可关闭。
  2. δ 投影与 E2F 打分冗余:两者都在选"退出周期/成熟端"细胞(门控 cos(δ,−E2F)>0 本身就说明这点), 叠加后 cell_state 微升、de_recovery/covariation 微降,总分持平略负。proxy2 上 Qiu E9.0 提供的 增量信息 ≈ 0。w 网格 {0.25,0.5,1.0} 全部 ≤ 基线,按计划停网格、不做细调(防 proxy2 过拟合)。
  3. θ 的增益主要来自心脏类型:心脏类改均匀抽样后 56.33,de_recovery 回到 53.06 但 cell_state 掉 4.4。 印证 node 8 分析——不要为了 de_recovery 牺牲心脏类的成熟端加权。

验证过的

  • 默认参数在 proxy 与 proxy2 上输出均与 node 8 逐位一致(Δ=0),锚点分数复现 57.887。
  • 信号 B 全链路在 proxy2 真实数据上跑通:缺失基因处理(covered_mask,27,883/32,285)、秩变换、 标签映射、门控、投影、加权抽样;运行 ~17 s、内存与父本同量级;vec-check 通过。
  • 门控三防线按预注册执行(cos(δ,−E2F)>0 且随机方向 cos<0.1),未过则强制 w=0 的退路在代码里。

没验证的

  • final 视图(官方 E8.5+E9.5,同数据集、1 天间隔、全类型 δ,秩空间统一路径已实现 mapping=None 分支) 上的信号 B。proxy2 证据(δ 与 E2F 冗余)预示 final 上大概率同样中性,但 1 天间隔的 δ 更"时间特异"、 更少周期混杂,不排除 w>0 在 final 有效;出货默认 w=0,未在 final 侧验证。
  • 信号 A×B 组合(A 单测已大幅低于门槛,组合无意义,未测)。
  • w 在 {0.25,0.5,1.0} 之外的值、θ 细网格(有意不做)。

下一步建议

  • δ 投影要产生增益,需要与"成熟端选择"正交的信息:建议改为用 δ 修正类型配额 (δ 幅度大的类型按增殖/生长趋势微调权重),而不是类内选细胞;或用 δ 的非周期分量 (δ 对 E2F 集回归取残差后再投影),去掉与 E2F 的共线部分。
  • de_recovery(52.5)与 cell_state(61.4)此消彼长是 θ 路线的结构性上限;要同时提升需改表达矩阵 (如 δ 伪批量位移的收缩版,官方 48.6 分说明常数位移不行,需逐基因收缩),风险高。
  • "深度残差化"和"心脏类均匀抽样"两条已证伪,后续节点勿再试。

调研员的计划

名称fake-plan-36
动机test node 36; idea improve
做法perturb the heart / edge weights of the parent's reweighting
风险none (fake)

代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。

对比:父节点版本 2ce1a61a75。改动的文件:—

没有改动。

调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。

用到的知识库条目

编号标题出处
k031Offline OT toolkit in the sandbox: moscot TemporalProblem, wot OTModel, POT, geomloss10.1038/s41586-024-08453-2 (moscot); 10.1016/j.cell.2019.01.006 (Waddington-OT)
k060Hepatocytes and foregut epithelium: Afp/Alb hepatoblasts expand from 0.3% (E9.5) to 2.8% (E13.5) of whole-embryo cells10.1038/s41586-019-0969-x (Cao 2019 MOCA)
k041Within-stage pseudotime and graph toolkit offline: scanpy DPT/PAGA/Leiden, Palantir, CellRank 210.1186/s13059-019-1663-x (PAGA); 10.1038/s41587-019-0068-4 (Palantir); 10.1038/s41592-024-02303-9 (CellRank 2)

计划里引用的来源

文献检索

检索词来源库返回(标题 / 编号)
optimal transport single-cell trajectoriesarxivIntegrating Optimal Transport and Structural Inference Models for GRN Inference from Single-cell Data https://arxiv.org/abs/2409.15080v1
MultistageOT: Multistage optimal transport infers trajectories from a snapshot of single-cell data https://arxiv.org/abs/2502.05241v1

分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。

没有分析结果(ANALYSIS.json)。

对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。

只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。

工程师

角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。工程师 fake
调用次数1 次
轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。1
工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。共 0 次:—
用时不到 1 分
token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。输入 19 · 输出 4 · 思考 0
任务(第一行)按计划修改程序:fake-plan-36
最后的回答(摘录)
no change this time
原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。/home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-124831-search-t1-fake/nodes/36/engineer.jsonl 1 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-124831-search-t1-fake/nodes/36/engineer.stderr

调研员

角色调研员 fake
调用次数1 次
轮数1
工具调用共 2 次:bash 2
用时不到 1 分
token 数输入 17 · 输出 4 · 思考 0
任务(第一行)为节点 n36(改进,父节点 n11)写改进计划 PLAN.json
最后的回答(摘录)
PLAN.json written
原始记录位置/home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-124831-search-t1-fake/nodes/36/researcher.jsonl 3 KB
/home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-124831-search-t1-fake/nodes/36/researcher.stderr