总览 · ← 返回运行 20261001-122903-search-t1-fake
节点 n133
heart_jcf_peri reweighting, heart x1.6, edge x0.1 (fake Engineer, node 133)
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话，有自己的锁定配置和证据包。 | 20261001-122903-search-t1-fake |
|---|---|
| 父节点 | n79 |
| 子节点 | n136、n139、n142、n143 |
| 操作?种子：人写的起点；改进：在父节点上改；草稿：从头写；修复：修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 已打分 |
| 分数 | 搜索目标分 56.02（+0.0） · proxy 56.02（+0.0） · proxy2 56.02（+0.0） · 3 次复测均分 55.59 |
| 审查 | 未审查 |
| 用时?从运行开始到结束（或到现在）的挂钟时间。 | 不到 1 分 |
| 程序版本 | 308e449d2bc15e41a47982c71decda8e45aa49a5 （programs.git） |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md：这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git 308e449d2b:solution/METHOD.md
heart_jcf_peri reweighting, heart x1.6, edge x0.1 (fake Engineer, node 133)
Test run only.
调研员的计划
| 名称 | fake-plan-133 |
|---|---|
| 动机 | test node 133; idea improve |
| 做法 | perturb the heart / edge weights of the parent's reweighting |
| 风险 | none (fake) |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别：绿色是新增，红色是删除。
对比：父节点版本 38f5c34941。改动的文件：solution/METHOD.md +1 −1、solution/run.py +2 −2
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 23c35d3..6d1a936 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,3 +1,3 @@-heart_jcf_peri reweighting, heart x1.6, edge x0.25 (fake Engineer, node 79)+heart_jcf_peri reweighting, heart x1.6, edge x0.1 (fake Engineer, node 133) Test run only.diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex cf8499e..122ae7c 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,5 +1,5 @@ #!/usr/bin/env python3-"""fake-79: heart_jcf_peri weights perturbed by the fake Engineer (test run)."""+"""fake-133: heart_jcf_peri weights perturbed by the fake Engineer (test run).""" from __future__ import annotations @@ -17,7 +17,7 @@ from src.task1_temporal.view_io import ( ) HEART_WEIGHT = 1.6-EDGE_WEIGHT = 0.25+EDGE_WEIGHT = 0.1 N_CELLS = 4000
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果（只列标题和编号）。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k041 | Within-stage pseudotime and graph toolkit offline: scanpy DPT/PAGA/Leiden, Palantir, CellRank 2 | 10.1186/s13059-019-1663-x (PAGA); 10.1038/s41587-019-0068-4 (Palantir); 10.1038/s41592-024-02303-9 (CellRank 2) |
| k031 | Offline OT toolkit in the sandbox: moscot TemporalProblem, wot OTModel, POT, geomloss | 10.1038/s41586-024-08453-2 (moscot); 10.1016/j.cell.2019.01.006 (Waddington-OT) |
| k012 | Official T1 scoring, output contract and adversarial controls | notes/来件/virtualembryo.ai/task1-temporal.md; notes/来件/virtualembryo.ai/baselines.md |
计划里引用的来源
- arxiv: https://arxiv.org/abs/2409.15080v1 — Integrating Optimal Transport and Structural Inference Models for GRN Inference from Single-cell Data
- arxiv: https://arxiv.org/abs/2502.05241v1 — MultistageOT: Multistage optimal transport infers trajectories from a snapshot of single-cell data
文献检索
| 检索词 | 来源库 | 返回（标题 / 编号） |
|---|---|---|
| optimal transport single-cell trajectories | arxiv | Integrating Optimal Transport and Structural Inference Models for GRN Inference from Single-cell Data https://arxiv.org/abs/2409.15080v1 MultistageOT: Multistage optimal transport infers trajectories from a snapshot of single-cell data https://arxiv.org/abs/2502.05241v1 |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json：改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | heart / edge weights |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state：0.29 covariation：-1.06 de_recovery：0.55 direction：0.14 |
| 假设是否成立 | 是 |
| 经验 |
|
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计：轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录；原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录；完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 fake |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮（每轮可以调用多个工具）。 | 1 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数，按工具名统计。 | 共 0 次：— |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出（含思考）的 token 数，来自接口返回的用量。 | 输入 21 · 输出 5 · 思考 0 |
| 任务（第一行） | 分析节点 n133 的打分结果，写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答（摘录） | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径；看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-122903-search-t1-fake/nodes/133/analyst.jsonl 1 KB /home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-122903-search-t1-fake/nodes/133/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 fake |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次：— |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数 | 输入 53 · 输出 13 · 思考 0 |
| 任务（第一行） | 按计划修改程序：fake-plan-133 |
| 最后的回答（摘录） | wrote solution/run.py with heart x1.6, edge x0.1 (ok) |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-122903-search-t1-fake/nodes/133/engineer.jsonl 1 KB /home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-122903-search-t1-fake/nodes/133/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 fake |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 2 次：bash 2 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数 | 输入 17 · 输出 4 · 思考 0 |
| 任务（第一行） | 为节点 n133（改进，父节点 n79）写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答（摘录） | PLAN.json written |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-122903-search-t1-fake/nodes/133/researcher.jsonl 3 KB /home/spark-longxinyang/vec/g18_wt/agent/runs/20261001-122903-search-t1-fake/nodes/133/researcher.stderr |