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节点 n46
heart_jcf_peri reweighting, heart x1.9, edge x0.4 (fake Engineer, node 46)
| 运行?一次完整的自动搜索或 Agent 会话,有自己的锁定配置和证据包。 | 20261001-105627-search-t1-fake |
|---|---|
| 父节点 | n37 |
| 子节点 | n47、n50 |
| 操作?种子:人写的起点;改进:在父节点上改;草稿:从头写;修复:修父节点的报错。 | 改进 |
| 状态 | 格式不合格 |
| 分数 | 没有分数 |
| 审查 | 未审查 |
| 用时?从运行开始到结束(或到现在)的挂钟时间。 | 不到 1 分 |
| 程序版本 | 18f00774d6ade27d946cda90c168921e6ee23be2 (programs.git) |
| 备注 | invalid_format: |
方法说明?节点程序自带的 METHOD.md:这个程序做了什么、为什么。
来自 programs.git 18f00774d6:solution/METHOD.md
heart_jcf_peri reweighting, heart x1.9, edge x0.4 (fake Engineer, node 46)
Test run only.
调研员的计划
| 名称 | fake-plan-46 |
|---|---|
| 动机 | test node 46; idea improve |
| 做法 | perturb the heart / edge weights of the parent's reweighting |
| 风险 | none (fake) |
代码改动?这个节点的程序和父节点程序的逐行差别:绿色是新增,红色是删除。
对比:父节点版本 75acbcea02。改动的文件:solution/METHOD.md +1 −1、solution/run.py +3 −3
diff --git a/solution/METHOD.md b/solution/METHOD.mdindex 80520a9..ab7c3bc 100644--- a/solution/METHOD.md+++ b/solution/METHOD.md@@ -1,3 +1,3 @@-heart_jcf_peri reweighting, heart x1.9, edge x0.25 (fake Engineer, node 37)+heart_jcf_peri reweighting, heart x1.9, edge x0.4 (fake Engineer, node 46) Test run only.diff --git a/solution/run.py b/solution/run.pyindex 12a66b2..d252776 100644--- a/solution/run.py+++ b/solution/run.py@@ -1,5 +1,5 @@ #!/usr/bin/env python3-"""fake-37: heart_jcf_peri weights perturbed by the fake Engineer (test run)."""+"""fake-46: heart_jcf_peri weights perturbed by the fake Engineer (test run).""" from __future__ import annotations @@ -17,7 +17,7 @@ from src.task1_temporal.view_io import ( ) HEART_WEIGHT = 1.9-EDGE_WEIGHT = 0.25+EDGE_WEIGHT = 0.4 N_CELLS = 4000 @@ -33,7 +33,7 @@ def main() -> None: pass n = target_n_cells(manifest, N_CELLS) X = heart_reweight(last.X, labels_of(last), n_cells=n, heart_weight=HEART_WEIGHT, edge_weight=EDGE_WEIGHT, seed=args.seed)- write_prediction(X, genes, args.out, seed=args.seed)+ write_prediction(X[:10], genes, args.out, seed=args.seed) if __name__ == "__main__":
调研来源?调研员查到并用到的知识条目和文献检索结果(只列标题和编号)。
用到的知识库条目
| 编号 | 标题 | 出处 |
|---|---|---|
| k037 | Lineage-prior generation of new cell types from literature edges and parent cells | notes/competition/05_lineage_graph.md; 06_e95_parent_draft.md; 09_t1_census_lineage.md §4-6; biology entries k043-k063 |
| k031 | Offline OT toolkit in the sandbox: moscot TemporalProblem, wot OTModel, POT, geomloss | 10.1038/s41586-024-08453-2 (moscot); 10.1016/j.cell.2019.01.006 (Waddington-OT) |
| k007 | Interval staging and held-out-window filtering of external data | notes/来件/virtualembryo.ai/rules.md |
计划里引用的来源
- arxiv: https://arxiv.org/abs/2409.15080v1 — Integrating Optimal Transport and Structural Inference Models for GRN Inference from Single-cell Data
- arxiv: https://arxiv.org/abs/2502.05241v1 — MultistageOT: Multistage optimal transport infers trajectories from a snapshot of single-cell data
文献检索
| 检索词 | 来源库 | 返回(标题 / 编号) |
|---|---|---|
| optimal transport single-cell trajectories | arxiv | Integrating Optimal Transport and Structural Inference Models for GRN Inference from Single-cell Data https://arxiv.org/abs/2409.15080v1 MultistageOT: Multistage optimal transport infers trajectories from a snapshot of single-cell data https://arxiv.org/abs/2502.05241v1 |
分析结果?分析员写的 ANALYSIS.json:改了什么、各组分数怎么变、假设是否成立、经验和下一步建议。
| 改了什么 | heart / edge weights |
|---|---|
| 各组分数的变化 | cell_state:None covariation:None de_recovery:None direction:None |
| 失败原因 | status invalid_format |
| 假设是否成立 | unclear |
| 经验 |
|
| 下一步建议 |
|
对话摘要?每个角色和大模型对话的统计:轮数、工具调用、用时、token 数和最后的回答摘录;原始记录只给路径。
只给统计和最后回答的摘录;完整对话请到原始记录位置里列出的文件看。
分析员
| 角色?调研员写计划、工程师改代码、分析员解读分数、审查员检查作弊。 | 分析员 fake |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数?大模型一共回复了几轮(每轮可以调用多个工具)。 | 1 |
| 工具调用?大模型调用读文件、执行命令等工具的次数,按工具名统计。 | 共 0 次:— |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数?输入 / 输出(含思考)的 token 数,来自接口返回的用量。 | 输入 21 · 输出 5 · 思考 0 |
| 任务(第一行) | 分析节点 n46 的打分结果,写 ANALYSIS.json |
| 最后的回答(摘录) | ANALYSIS.json written |
| 原始记录位置?完整对话记录在 Spark 上的文件路径;看板不复制原始内容。 | /home/spark-longxinyang/vec/g17_wt/agent/runs/20261001-105627-search-t1-fake/nodes/46/analyst.jsonl 1 KB /home/spark-longxinyang/vec/g17_wt/agent/runs/20261001-105627-search-t1-fake/nodes/46/analyst.stderr |
工程师
| 角色 | 工程师 fake |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 0 次:— |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数 | 输入 58 · 输出 14 · 思考 0 |
| 任务(第一行) | 按计划修改程序:fake-plan-46 |
| 最后的回答(摘录) | wrote solution/run.py with heart x1.9, edge x0.4 (invalid) |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/g17_wt/agent/runs/20261001-105627-search-t1-fake/nodes/46/engineer.jsonl 1 KB /home/spark-longxinyang/vec/g17_wt/agent/runs/20261001-105627-search-t1-fake/nodes/46/engineer.stderr |
调研员
| 角色 | 调研员 fake |
|---|---|
| 调用次数 | 1 次 |
| 轮数 | 1 |
| 工具调用 | 共 2 次:bash 2 |
| 用时 | 不到 1 分 |
| token 数 | 输入 17 · 输出 4 · 思考 0 |
| 任务(第一行) | 为节点 n46(改进,父节点 n37)写改进计划 PLAN.json |
| 最后的回答(摘录) | PLAN.json written |
| 原始记录位置 | /home/spark-longxinyang/vec/g17_wt/agent/runs/20261001-105627-search-t1-fake/nodes/46/researcher.jsonl 3 KB /home/spark-longxinyang/vec/g17_wt/agent/runs/20261001-105627-search-t1-fake/nodes/46/researcher.stderr |