四个小项（2026-10-03）

没有 git commit，没有启动或停止 run，Spark 只读（回归用 scripts/test_on_spark.sh）。没有改任何边界内文件（开工时 git status --short 里的 M / ?? 文件，清单在会话里；agent/search/{controller,roles,...}.py、CONTRACT.md、search_spec.md、agent/notify/*、glossary.py 都没碰）。

测试（Spark）：test_compliance、agent.research.test_kg_proxy、agent.research.test_service、agent.dashboard.usage_test、agent.dashboard.build_test、agent.records.llm_usage_test 全部 OK；scripts/check_knowledge.py PASS。

1. Compliance 正则误报

原文（节点 4 的 PLAN）：“父节点在有两个输入阶段时（final：E8.5 + E9.5）完全不用第一阶段……”。AFTER_RE 的后缀分支 {E}{NUM}\s*(?:…|\+) 允许数字与 + 之间有空白，“E8.5 + E9.5” 被当成“E8.5 及以后”。

• agent/search/compliance.py：去掉该分支里的 \+，另加分支 {_E}\s?{_NUM}\+(?!\s*(?:{_E}|\d))：只有 + 紧跟数字（“E10.5+”）且后面不是另一个阶段或数字时才算“以后”；AFTER_RE 命中处取值改为 group(1) or group(2) or group(3)。
• agent/search/tests/test_compliance.py：新增 test_plus_between_stages_is_not_open_ended（误报原文、“E8.5+E9.5”、“E8.5 + then E9.5” 不命中；“E10.5+”、“E9.5 and later”、“≥E9.5”、“> E9.5”、“E9.5 之后” 仍命中）。
• 备注：在 VM 上直接 python3 -m unittest 会因 agent/search/select.py 遮蔽标准库 select 导致一个子进程用例失败（环境问题，与本改动无关）；用 test_on_spark.sh 通过。

2. lit-search 触发条件

• agent/prompts/researcher_spec.md（不在边界内）：把“什么时候查”改成三条触发（方法族/算法在本 run 首次出现；方案引用具体算法参数或生物学机制却没有出处；父节点机制被证否需找替代）：至少查 1 次并写 sources，查不到就在 risks 里写“未找到文献支持”，不强制每个节点都查。
• 无需主会话补丁。控制器若还有一份“lit-search 本次可用”的生成段落（roles.py），不改也能工作。

3. G53b kg-search（第六版：run 内只读已审索引，实时发现异步入队）

状态：封存，待主办方答复第 8 问（官网 KG 在 run 内的使用范围，11_data_use_scope.md §4）后再按答复范围接入。答复前 run 内不接 KG（controller 不写 kg_task，kg 保持 disabled）。

五审后收尾（Codex 2026-10-03_codex_kg_proxy_r5.md）：(1) kg_review 关闭自动 accept：自动审核只输出 reject 与 hold，规则认为"可 accept"的候选一律停在 hold（原因写明等待显式批准）；accept 只能由人工 / 主会话运行 python -m agent.research.kg_safe review-queue --approve <key> --by <谁> --reason <为什么>，批准记录在私有 kg_review_approvals.jsonl，决定日志带 approved_by；批准也不能越过规则的 reject / hold（被规则拒绝的候选批准了仍不入库）。(2) 五审 P0-2 的反例进了测试且不会被 accept：阶段范围变体 E9.5..E14.5、9.5–14.5 dpc（含 mixed 来源，另加 9.5 to 14.5 days、E9.5...E14.5）、数值型元数据（embryonic_day=10.5、cell_count=137、新实体 id 的名称 cardiomyocyte count 137）；为此识别器补了 ..、dpc / days 区间，名称检查补了 count 137 形式，带数值属性的测量边一律 hold。T3 没有阶段窗口，阶段范围在 T3 不构成问题。五审其余项（P0-1 来源白名单、P0-3 别名基因型）因 accept 只能人工批准，不再有自动入库路径；规则本身仍待主办方答复后再统一复审。

演变：v1 agent Cypher → v2 模板 + 实时 API → v3 本地图 → v4 实时 + 回退 → v5 实时发现、已审准入 → v6 本版（Codex 四审 2026-10-03_codex_kg_proxy_r4.md：背景边直出可带入实测记录、基因型变体、按原始候选数清空答案、响应耗时依赖审计）。接口与输出不变：lit-search kg lineage|regulation|markers|order，输出 {name, relation, direction, source}，≤ 20 行、已排序、无数值 / 证据 / 阶段、无过滤提示。

1. run 内所有答案只取已审索引（kg_proxy.py）：背景与测量型一视同仁，只读 safe/<task>.tsv（随 run 进锁、sha256 对 MANIFEST）。kg_proxy.run 没有任何网络 / transport 参数，查询时不审查、不分页、不计时，所以响应内容和耗时与实时 API、被拦记录完全无关（测试：实时 API 返回正常 / 500 / 乱码 / 500 条被拦记录 / 延迟 1.5 s，run 内答案逐字相同、API 一次都没被调用、耗时 < 1 s）。查询的模板与参数由服务在后台线程里投递到宿主私有任务文件 kg_discovery_jobs.jsonl，不等待、不影响响应。私有区不可用时只关闭发现，答案照常。

2. 发现进程（新 kg_discover.py，python -m agent.research.kg_discover [--once]，run 外后台）：读任务文件，对同一模板查询实时 API 逐页取候选，每页分类后立即追加到 kg_review_queue.jsonl（带每个任务的预分类，仅作提示），请求失败时已收到的页保留（P2-2）；相同任务只处理一次（kg_discovery_state.jsonl）。

3. 审核并入（新 kg_review.py，python -m agent.research.kg_safe review-queue）：对队列里每个待审候选、每个任务按确定性规则重新分为 accept / reject / hold，accept 并入新版本目录 data/external/vekg/safe_v<N+1>/（各任务 TSV、MANIFEST.json：version、父版本与其 MANIFEST 哈希、队列哈希、输入哈希；DIFF.md 差异报告），决定写入私有 kg_review_decisions.jsonl；hold 的下次继续待审；绝不修改运行中 run 所锁定的目录（测试：旧目录字节级不变，输出目录与旧目录相同则报错）。规则本身的修改属于 D 级。规则要点：

• 背景边必须有条目级依据才直出：本体边（无 DOI、本体关系、两端本体 id、无自由文本无数值）或已审论文的文献结论（记录无自由文本、无数值属性、无测量 / 实验词、无阶段）；scRNA-seq cluster membership measured at E10.5、E10.5 加 cell_count=137 都不会被接受（reject / hold）；
• 测量型边：严格审查 + DOI 在来源表且不是窗口论文 / banned 数据集；mixed / unknown 来源的测量边需要已知的窗内阶段，TS_all、空列表、空串按未知阶段 → hold；
• 实时名称是审查输入（Hand2 (Gata4 knockout embryos) 被拒），新 id 的规范名取通过审查的名称，与图里同 id 的已有名称冲突则 hold；
• 基因型识别器是旧识别器（heterozygous、fl/fl、flox、inhibited、overexpress*、tamoxifen 等）与新识别器的并集，对整条记录联合判断，不依赖距离（190 字符间隔的变体全部被拦）；普通 Gata4 调控背景不误伤。

4. 导出器（P1-2、P1-3）：来源判断用解析后的有效阶段（stage_known）：TS_all、空列表、空串、读不出的文本按未知；识别 E9.5 through E14.5、E9.0-E19.75（不再限制到 E19.5）、TS15 through TS23；mixed / unknown 的测量记录需要窗外依据；原先永远为真的测试断言改成真实判定。导出审计检查把实际的输入目录和输出目录也放进保护名单。

5. P2：服务对 KG 结果按最终外层序列化大小（{"source","text"} 的 JSON，含转义）逐行删减后再序列化，order 的来源列表同样，不走文本截断（测试用含反斜杠的 DOI，外层 ≤ 6000 且可解码）。

6. 安全图行数更正：重新导出后各任务行数为 t1 782、t2_heart 662、t2_embryo 853、t3 932（上一版报告误写 925）。相对 v3 版减少的全是 MARKER_FOR（t1 26、t2_heart 14、t2_embryo 70、t3 61 条按集合比较；原因是 mixed / unknown 来源且无已知窗内阶段的测量边不再导出）。

真实连通（VM）：对 lineage / markers / regulation 三个真实查询跑了发现进程（共 54 个候选逐页入队），再用审核命令生成下一版：50 个去重候选，t1 上 accept 22（21 条干净来源的测量边 + 1 条本体边）、reject 18（TS17 / TS19 阶段、定量名称）、hold 10（背景边带文本 / 数字，无法区分结论与测量），下一版 t1 新增 11 行。这些都在临时目录里演练，没有改动真实安全图或私有区。

测试：test_kg_proxy.py 重写，与 test_service 合计 61 个，VM 与 Spark 全 OK：四轮 Codex 的全部反例（Theiler 区间 / 列表、190 字符间隔的 knock out 及 heterozygous / fl/fl / inhibited 变体、mixed / unknown 来源、cardiomyocyte count 137、背景 lookalike、Hand2 (Gata4 knockout embryos)、3000 行与页数边界、含反斜杠的 DOI）、响应与实时 API 无关、发现进程逐页入队与失败保留、审核并入与旧版不变、私有区权限 / 符号链接 / 重叠检查。

需要主会话合入（controller.py，没改）：start_research 写 rcfg["kg_task"]、kg_dir（指向本次要锁定的版本目录，如 data/external/vekg/safe 或某个 safe_v<N>）；该版本目录的 <task>.tsv 与 MANIFEST.json 的 sha256 进锁；kg_vekg_dir 只用于保护名单（可不设）；package 打包必须排除 ~/vec/audit_private/；外层循环：run 之间依次运行 python -m agent.research.kg_discover --once、python -m agent.research.kg_safe review-queue，把 DIFF.md 差异报告写入会话日志，下一次 run 才选用新版本目录。已知局限：run 内答案不含当次 run 期间才发现的新知识（以后版本才有）；order 只比较各实体通过审查的最早 Theiler 阶段；规则比官方"允许的背景知识"口径略严。

4. 成本看板单价

agent/configs/pricing.yaml 原本是 llm_usage.py 的 subscriptions / metered 布局，而看板 usage.py 只认 models:，所以看板其实一直没有价格。

• pricing.yaml：Token Plan、Claude 订阅（claude-cli）、新增 Codex 订阅（gpt-6-astra，usage 记录无 provider，故 providers: [null]）标 billing: subscription、monthly_fee: 0（单价记 0，只计 token 与调用数）；Opus API 与百炼按量标 billing: metered、price_source: unknown，价格保持 null。仓库里没有任何可靠价格记录（grep notes/、configs 无），所以没有填任何数。各条加了 plan:（Token Plan / Opus / ChatGPT / Bailian），沿用邮件里已有的额度桶名。
• agent/dashboard/usage.py：load_pricing 把上述布局转成 models: 形式（_from_llm_usage_layout）；新增 price_state()；_sum 带出 price_unknown / subscription_only；fmt_cost 对未知单价显示“单价未知”（部分未知显示“部分模型单价未知”），today_line 同样。
• agent/dashboard/pages.py：用量页成本列、额度磁贴对订阅显示“订阅（单价 0）”，对未知单价显示“单价未知”。
• 测试：usage_test.py 新增 test_llm_usage_pricing_layout；llm_usage_test.py 原 test_null_prices 断言旧的全 null 文件，改成 test_shipped_prices（订阅单价 0.0，Opus API 仍 incomplete）。